Évaluation des projets prioritaires communs de l'IRDG

1.0 Introduction

Goss Gilroy Inc. (GGI) est heureux de présenter la version définitive du rapport d'évaluation 2019-2020 des projets prioritaires communs (PPC) de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG).

1.1 Contexte

1.1.1 Aperçu des PPC de l'IRDG

L'IRDG a été lancée en 1999 pour établir et maintenir une capacité fondamentale de R-D en génomique au sein des ministères et organismes fédéraux suivants :

• Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC);
• Environnement et Changement climatique Canada (ECCC);
• Pêches et Océans Canada (MPO);
• Santé Canada (SC);
• Agence de la santé publique du Canada (ASPC);
• Conseil national de recherches du Canada (CNRC);
• Ressources naturelles Canada (RNCan);
• Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) (depuis la phase V).

Les recherches appuyées par l'IRDG ont pour objet de soutenir les mandats de réglementation et de politiques publiques, et les activités dans des domaines importants comme la santé, la salubrité des aliments, les ressources naturelles, l'agriculture et la protection de l'environnement. À cette fin, l'IRDG collabore étroitement avec les universités et le secteur privé. Pendant la phase V (de 2011-2012 à 2015-2016), l'IRDG a appuyé 73 projets de recherche individuels autorisés pilotés par divers ministères et organismes (MO). Au cours de la phase VI (2016-2017 à 2020-2021), l'IRDG a financé 85 projets de recherche individuels autorisés pilotés par différents MO en appui à leurs mandats de réglementation et d'établissement de politiques publiques, et à leurs mandats opérationnels.

Au cours de la phase V, l'IRDG a adopté un nouveau modèle consistant à mobiliser des ressources et à les concentrer dans des travaux de recherche concertés sur des enjeux qui outrepassent le mandat d'un seul ministère ou organisme. Dans l'application de ce modèle, il a été décidé de financer deux projets interministériels fortement coordonnés poursuivant des priorités et des objectifs communs, qu'on a appelés les « projets prioritaires communs » ou PPC. L'objectif des PPC est de résoudre certains problèmes émergents ou de longue date de manière à créer des retombées économiques, sociales et environnementales pour les Canadiens. L'intention consiste à utiliser les compétences actuelles des chercheurs fédéraux comme un levier et la collaboration pour poursuivre les priorités définies par le Comité de coordination des sous-ministres adjoints de l'IRDG (CCSMA) dans les domaines qui tireront le plus parti d'une approche intégrée de la R-D fédérale en génomique^{Note de bas de page 1}.

Chaque PPC est constitué d'une série de sous-thèmes ou de blocs de tâches (ci-après appelés les « activités de projet »).

La première vague de financement (phase V) a eu lieu de janvier 2011 à mars 2016 et incluait les projets suivants :

• le projet Salubrité des aliments et de l'eau (SAE), qui visait à améliorer la capacité de déceler, de diagnostiquer et de surveiller des organismes afin de garantir un approvisionnement durable d'aliments et d'eau salubres et sains destinés à la consommation humaine;
• le projet Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ), qui visait à améliorer la capacité de déceler, de reconnaître et de comprendre la diversité biologique canadienne (y compris la surveillance des espèces exotiques invasives justiciables de quarantaine) afin de préparer les ressources naturelles et gérées du Canada, et les marchés canadiens au changement mondial.

Les PPC de la phase VI, qui s'étalera d'avril 2016 à mars 2021, incluent deux projets additionnels reprenant le même modèle :

• le projet Résistance aux antimicrobiens (RAM), qui s'appuie sur la génomique pour tenter de comprendre comment la production alimentaire contribue au développement de la résistance aux antimicrobiens chez les humains et pour explorer des stratégies possibles de réduction de cette résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production alimentaire;
• le projet Écobiomique, qui vise le développement d'outils génomiques de pointe pour évaluer la biodiversité des écosystèmes dulcicoles, la qualité de l'eau des lacs et des rivières, ainsi que la vitalité du sol indispensable à la productivité des systèmes agricoles et forestiers canadiens, mais aussi pour effectuer des recherches sur la réhabilitation des sols dans les secteurs pétrolier et minier.

Les utilisateurs finaux des projets financés par l'IRDG viennent de l'administration fédérale et de l'extérieur. Les utilisateurs finaux de l'IRDG venant de l'interne sont les plus nombreux et sont des fonctionnaires fédéraux comme des chercheurs de laboratoire, des inspecteurs, des agents des services frontaliers, des négociateurs commerciaux et des gestionnaires de ressources. Les utilisateurs qui ne font pas partie de l'administration fédérale sont en général des employés d'entreprises qui utilisent une technologie brevetée ou qui doivent revoir leurs méthodes à la suite d'un changement de politique publique ou des employés d'organismes de réglementation internationaux qui utilisent la technologie ou qui souhaitent le faire.

1.1.2 Profil financier

Au total, une somme de 59,7 millions de dollars a été investie dans les PPC de la phase V et une somme additionnelle de 99,5 millions de dollars dans ceux de la phase VI. On trouvera au tableau 1 un sommaire des dépenses par MO participant aux PPC de la phase V et au tableau 2, des données similaires pour les PPC de la phase VI.

Outre ces investissements, les rapports sur le rendement de la phase V de l'IRDG indiquent qu'une somme approximative de 89,4 millions de dollars est venue des services votés ou d'autres sources, y compris de collaborateurs externes et comprenaient aussi bien des contributions en espèces que des contributions en nature. Dans le cadre de la phase VI, on prévoit que le projet RAM mobilisera un financement additionnel de 15 millions de dollars pour une enveloppe totale de 24 millions de dollars sur cinq ans tandis que le projet Écobiomique devrait mobiliser un financement additionnel de 6 millions de dollars pour une enveloppe totale de 15 millions de dollars sur cinq ans.

1.1.3 Gouvernance horizontale de l'IRDG

Le CCSMA est un comité interministériel constitué de représentants des huit MO participant à l'IRDG dont le président est le représentant du CNRC. Il incombe au CCSMA de gérer les orientations stratégiques globales de l'IRDG, de s'assurer que les MO appliquent des mécanismes efficaces d'établissement des priorités et que l'initiative est conforme aux objectifs et priorités du gouvernement.

Un groupe de travail (GT) interministériel sur l'IRDG, lui aussi présidé par le CNRC, appuie les travaux du CCSMA. Il a pour mandat de formuler, à l'intention du CCSMA, des recommandations et des conseils sur l'établissement des priorités stratégiques et la gestion globale de l'IRDG. Il lui incombe plus particulièrement de formuler les orientations des activités menées dans le cadre de l'IRDG pour tout ce qui concerne les aspects opérationnels, la planification de la mise en œuvre et l'établissement des priorités en matière d'investissement. Le GT appuie par ailleurs les efforts déployés pour répondre aux exigences d'évaluation et de communication de l'information à propos de l'IRDG.

La gestion horizontale de l'initiative est appuyée par le secrétariat de l'IRDG qui épaule le CCSMA et le GT. De plus, elle assure avec les ministères les communications pendant le cycle de planification, en plus de s'occuper des exigences connexes au processus, de l'administration financière et des autres tâches associées à la gestion de projet. Il incombe également au secrétariat de l'IRDG de faciliter la planification des PPC et les processus d'examen par les pairs; de s'assurer que les plans de gestion des projets et les accords de financement nécessaires sont en place; et d'appuyer la gestion du rendement, la communication de l'information, les processus d'évaluation et les communications.

1.2 Objectifs et portée de l'évaluation

Le principal objectif de l'évaluation consistait à réunir des données susceptibles de répondre aux cinq questions de l'évaluation et de formuler des constatations, des conclusions et des recommandations qui aideront le CCSMA à prendre les décisions à venir à propos des PPC. Comme trois des questions d'évaluation portent sur les succès des PPC, l'évaluation a aussi pour objectif de dresser un bilan des réalisations qui leur sont attribuables.

La plus récente évaluation de l'IRDG remonte à 2015-2016 et s'est terminée en 2016-2017. Au moment de la collecte des données, les PPC de la phase V n'étaient pas terminés même si la planification de la phase VI était en cours. Il s'en suit que les constatations et les leçons liées au développement et à la sélection des PPC n'ont pas pu être intégrées entièrement au processus correspondant de la phase VI et que le moment et la portée du processus d'évaluation en cours ont été revus afin qu'ils puissent être pris un peu plus en compte dans le développement et la sélection des PPC de la phase VII^{Note de bas de page 2}.

Les PPC actuels et passés (phases V et VI) font tous partie du périmètre de la présente évaluation. Les PPC de la phase V se sont déroulés de 2011-2012 à 2015-2016 et ceux de la phase VI ne sont pas encore terminés puisqu'ils devaient se dérouler de 2016-2017 à 2020-2021^{Note de bas de page 3}.

1.3 Questions d'évaluation

L'évaluation a été guidée par les questions suivantes :

1. Dans quelle mesure les projets prioritaires communs (PPC) sont-ils bien harmonisés avec les priorités et les mandats actuels et émergents de l'administration fédérale?
2. Les PPC financés dans le cadre des travaux de R-D en génomique ont-ils contribué à l'élaboration de politiques publiques fondées sur des faits probants ou au développement de nouvelles connaissances ou technologies?
   1. Les PPC ont-ils contribué à établir des capacités uniques au sein de l'administration publique fédérale?
   2. Quelles nouvelles réalisations scientifiques sont nées des PPC de l'IRDG?
3. Des connaissances ou des technologies ont-elles été transférées à des utilisateurs finaux à l'intérieur et à l'extérieur de l'administration fédérale?
   1. Quel a été l'impact des technologies transférées ou commercialisées?
4. Dans quelle mesure les partenaires des PPC de l'IRDG ont-ils connu du succès dans la sélection et la gestion des projets de recherche interministériels, la collaboration et l'obtention de résultats? Quels changements pourraient être apportés afin d'amplifier l'impact de ces projets?
5. En ce qui a trait à la collaboration interministérielle en recherche, quelles leçons ont été retenues de la réalisation des PPC financés pendant les phases V et VI et quelles meilleures pratiques en ont émergé?

1.4 Méthodologie

Les évaluateurs ont utilisé trois méthodes pour répondre aux questions d'évaluation. Une grille d'évaluation complète qui comprend des indicateurs et un tableau de concordance entre les questions ainsi que les méthodes est présentée à l'annexe A. Les méthodes d'évaluation comprenaient un examen de la documentation et des données, des entretiens avec des informateurs clés et une analyse bibliométrique. La collecte des données nécessaires à l'évaluation a été effectuée d'octobre 2019 à janvier 2020.

1.4.1 Examen de documents

Des documents ont été examinés afin de collecter des faits probants en réponse aux questions d'évaluation. Plus de 350 documents ont été examinés. Certains portaient sur l'IRDG dans son ensemble (ordres du jour et procès-verbaux des réunions du CCSMA et du GT, rapports annuels sur le rendement), d'autres portaient sur les PPC en général (documents de gouvernance et de planification, résumés et rapports d'ateliers) et d'autres encore sur PPC en particulier (charte de projet, budgets et rapports sur le rendement de projets).

L'examen des documents a été effectué en remplissant une grille de faits probants, puis en préparant des sommaires pour chaque indicateur et chaque question.

1.4.2 Entretiens avec les principaux informateurs

Des entretiens ont été menés avec des informateurs afin d'obtenir des faits probants sur les cinq questions d'évaluation (on trouvera à l'annexe B les guides utilisés pour ces entretiens). Seules les personnes possédant des connaissances sur l'un ou plusieurs des quatre PPC ont été invitées à participer à ces entretiens. Au total, 34 entretiens ont eu lieu. Parmi les personnes invitées, 33 venaient de l'administration fédérale et une autre venait d'une organisation sans but lucratif financée par l'administration fédérale. Sur ces 34 personnes, 19 étaient membres du CCSMA ou du GT. Les autres (15) étaient des chercheurs appartenant à un des huit MO participants. On trouvera au tableau 3 la ventilation des entretiens par MO et par PPC.

Une matrice de faits probants a été établie au moyen des données brutes issues des entretiens. Cette matrice était structurée par catégorie de répondants. Les faits probants ont donc été analysés par catégorie de répondants et, dans la mesure du possible, par PPC.

Les résultats des entretiens présentés dans le présent rapport sont regroupés par catégorie de répondants, lorsqu'il était approprié de le faire. Lorsqu'il n'y avait pas de différence d'opinions entre les catégories de répondants, les résultats ont été présentés ensemble. Par ailleurs, comme il n'y a pas eu d'étude de cas particulière à chaque PPC dans le cadre de l'évaluation, les faits collectés pendant les entretiens ont été utilisés et analysés dans le contexte de l'ensemble des PPC, le cas échéant, ou pour un PPC lorsqu'il était censé de le faire. Prière de vous reporter à l'annexe C pour des descriptions portant sur un PPC donné.

Lorsque les faits collectés au cours d'un entretien sont présentés dans le rapport, la terminologie suivante est utilisée pour décrire les résultats : plus de 90 % des répondants = une grande majorité; >50 % à 90 % = la plupart ou une majorité; 25 % à 50 % = certains; et <25 %, mais plus d'un = quelques-uns.

1.4.3 Analyse bibliométrique

Une analyse bibliométrique a été effectuée par les Services de bibliothèque et de gestion de l'information du CNRC (SBGI) afin de trouver des faits probants en réponse à la question d'évaluation 3 sur le transfert de connaissances et à la question 4 sur la collaboration.

Un ensemble de données sur les publications (2011 à 2018) nous a été fourni dans un fichier Excel par l'équipe du Bureau de la vérification et de l'évaluation du CNRC pour chaque PPC de l'IRDG^{Note de bas de page 4}. Ce fichier contenait aussi toutes les métadonnées nécessaires à l'évaluation, à l'exception de l'affiliation des différents auteurs. Une liste des participants à l'IRDG et des chercheurs de l'initiative nous a aussi été fournie. SBGI a validé tous les ensembles de données, les a épurés et en a éliminé les doublons. Aux fins de cette évaluation, le mot publication s'entend d'un ensemble de travaux publiés ou d'une présentation donnée dans un cadre officiel. Les données sur les affiliations des auteurs ont été trouvées sur Internet, le cas échéant.

Les ensembles de données définitifs ont été approuvés par l'équipe d'évaluation du CNRC. En tout, 602 publications ont été utilisées aux fins de l'analyse de la collaboration, dont 114 pour le projet SAE, 220 pour le projet EEQ, 146 pour le projet RAM et 123 pour le projet Écobiomique^{Note de bas de page 5}.Au total, 1 008 auteurs individuels ont été recensés dans les données sur les publications en répertoriant les noms de tous les chercheurs indiqués et en utilisant des métadonnées d'affiliation de Scopus^{Note de bas de page 6}. Toutefois, nous n'avons trouvé aucune affiliation à 150 de ces auteurs.

Sur les 602 publications, 145 ont été indexées dans Scopus. Seuls ces textes ont été utilisés aux fins de l'analyse bibliométrique qui a servi de base aux constatations sur les transferts de connaissances (y compris, par exemple, l'analyse des citations). Sur les 145 publications en question, trois étaient des comptes rendus de conférences ayant fait l'objet d'un examen par des pairs et ont donc été incluses à l'analyse.

Les ensembles de données ont ensuite été entrés dans le logiciel d'analyse VantagePoint qui permet de créer différents regroupements, des grilles, des graphiques, des corrélations croisées et des analyses statistiques. Les listes de noms et d'affiliations des auteurs ont été épurées afin d'harmoniser les variantes et les différentes graphies. Les affiliations utilisées pour les auteurs sont celles qui étaient indiquées dans les publications.

Des analyses, des schémas et des graphiques ont été générés pour répondre aux questions d'évaluation en utilisant Gephi, un logiciel de réseau social ouvert. Ces graphiques sur les réseaux de collaboration ont été générés au moyen de l'algorithme ForceAtlas qui se spécialise dans la détection de communautés.

1.4.4 Limites

La méthodologie appliquée comportait certaines limites. Voici celles qui ont été relevées :

• Nous avons dû extraire à la pièce des rapports sur le rendement les données utilisées dans le cadre de l'évaluation, pour ensuite les regrouper. Cette méthode nous a à l'occasion forcés à agréger l'information et à en dénombrer certains éléments manuellement, comme les publications. Pour atténuer ce problème, nous avons procédé à des recoupements entre les preuves documentaires et les faits notés pendant les entretiens, et les MO participants ont révisé les passages du présent rapport sur les PPC dans lesquels se trouvaient des chiffres dérivés du processus manuel. Après des recoupements avec des données d'autres sources, nous avons constaté la présence d'inexactitudes dans les données de rendement extraites des documents (dans le cas des publications, ces inexactitudes découlaient de la non-détection de doublons) ou un manque de détails. Aux fins de l'analyse bibliométrique, nous avons utilisé des données fournies par le secrétariat de l'IRDG pour avoir la certitude que les chiffres portant sur les publications étaient exacts. Des exemples donnés par les participants aux entretiens ont été utilisés pour assurer un niveau de détail suffisant.
• Aucun rapport sommaire global n'a été produit sur les projets maintenant terminés (EEQ et SAE). Nous avons donc plutôt utilisé les rapports sur le rendement produits deux fois par trimestre, l'analyse rétrospective des résultats finaux et le diaporama sur l'atelier de transfert des connaissances (dans le cas du projet SAE) aux fins de notre examen.
• À l'exception d'un répondant de l'extérieur, toutes les personnes qui ont participé aux entretiens ont participé ou participent à un PPC de l'IRDG. Il y a donc probablement une propension chez les répondants à parler favorablement des sujets abordés pendant les entretiens. Le raisonnement expliquant qu'un seul répondant de l'extérieur ait été retenu pour les entretiens est que les utilisateurs finaux de l'IRDG sont dans une large mesure des personnes appartenant à l'administration fédérale. Toutefois, des entretiens avec un segment plus important de la population des utilisateurs finaux externes auraient pu donner un portrait plus fidèle des transferts de connaissances et des résultats à plus long terme.
• Comme les PPC RAM et Écobiomique sont toujours en cours, il est impossible pour l'instant de tirer des conclusions définitives sur les réalisations scientifiques ou les transferts de connaissances (TC) qui en résulteront. L'évaluation a néanmoins englobé des entretiens avec plusieurs chercheurs de ces deux projets. On leur a notamment demandé quelles étaient les retombées attendues ou potentielles des projets. On leur a aussi demandé s'ils prévoyaient des transférer des connaissances aux utilisateurs finaux.
• L'analyse bibliométrique s'est limitée à évaluer les transferts de connaissances et la collaboration. Nous n'avons pas analysé les citations pour évaluer la qualité de la recherche effectuée. On ne sait donc pas, par exemple, comment et par qui les citations ont été utilisées. L'analyse tient compte de toutes les citations, que les travaux aient été cités favorablement ou non. Pour atténuer les éventuelles distorsions imputables à cette méthode, on pourrait éventuellement combiner cette analyse à une analyse du contenu, mais on sortirait alors du périmètre (du budget) de l'évaluation. L'analyse des citations sert uniquement à démontrer qu'il y a eu des transferts de connaissances sans se prononcer sur la qualité de la recherche.
• Les taux de collaboration dans la production des publications conjointes issues des PPC calculés dans le cadre de l'analyse bibliométrique sont probablement gonflés. On a en effet inclus dans les publications les présentations données dans le cadre de conférences et comme les résultats d'un même projet de recherche sont souvent présentés à de multiples reprises dans autant de conférences avant d'être publiés dans une revue à comité de lecture, il y a probablement de la redondance entre les documents publiés et les présentations. Soulignons que seulement 145 des 602 publications incluses à l'analyse sont indexées dans Scopus. De plus, les raisons susceptibles d'expliquer la variabilité des taux de collaboration d'un MO à l'autre n'ont pas été étudiées.
• L'évaluation de l'impact s'est limitée aux faits présentés dans les documents des PPC, comme les rapports annuels sur le rendement, et aux opinions des participants aux entretiens. On pourrait obtenir un portrait plus fidèle de la qualité globale de la recherche effectuée en analysant d'autres indicateurs comme la réputation de la revue dans laquelle l'article a été publié, l'intérêt d'autres chercheurs à l'endroit de la publication tel que confirmé par la publication de critiques ou de commentaires, et la nature positive ou négative de ces critiques ou commentaires. Malheureusement, une analyse de cette nature ne fait pas partie du périmètre de la présente évaluation (échéancier, budget). De plus, bon nombre des outils, processus et méthodes développés dans le cadre des PPC ne justifient pas une publication, mais pourraient néanmoins avoir des impacts. Ceux-ci ont été évalués uniquement en s'appuyant sur les opinions formulées par les personnes consultées aux fins de l'évaluation.

2.0 Constatations

Les constatations de l'évaluation sont présentées dans les quatre prochaines sections du présent document. La première section porte sur l'efficacité et le caractère approprié du développement et de la gestion des PPC. Suit une section sur l'étendue et la nature de la collaboration interministérielle. La section suivante porte sur les réalisations scientifiques et l'augmentation des capacités de l'administration fédérale découlant des PPC. Finalement, la dernière section regroupe les constatations liées aux transferts de connaissances (TC).

2.1 Développement et gestion des PPC

2.1.1 Développement des PPC

L'approche de développement des PPC est bien documentée, mais mal comprise, souvent par ceux qui ne participent pas directement au processus

Les premiers PPC ont été créés dans le cadre de la phase V de l'IRDG. Des thèmes de recherche généraux ont été sélectionnés, puis on a défini et choisi des projets de recherche précis. L'approche utilisée pour définir les thèmes a été la même pour les phases V et VI et est bien décrite dans plusieurs documents : cadres de gouvernance, rapports d'ateliers et procès-verbaux de réunions du CCSMA et du GT.

En premier lieu, des membres du GT ont sollicité des idées et des thèmes éventuels pour les PPC auprès de personnes et d'experts de leur propre MO. Ensuite, un atelier interministériel a été organisé au cours duquel on a discuté de thèmes éventuels. Dans les deux phases, les participants à cet atelier étaient des chercheurs, des analystes de politiques publiques et des gestionnaires des MO participants. À l'issue de cet atelier, on a obtenu un sous-ensemble de thèmes susceptibles d'engendrer des retombées appréciables pour le Canada, auxquels les MO participants pourraient apporter une contribution significative et qui correspondraient aux priorités de l'administration fédérale. Ce sous-ensemble a été étoffé, puis présenté au CCSMA pour discussion et décision définitive. Les thèmes ont été sélectionnés en fonction de huit critères :

• l'importance stratégique ou l'urgence de la question ou de l'enjeu;
• la concordance avec les priorités de l'administration fédérale;
• la pertinence de l'approche génomique;
• la pertinence avec le rôle de l'administration fédérale en matière de science et de technologie;
• les impacts et les retombées pour la population canadienne (sur les plans économique, social et environnemental);
• les domaines de spécialisation scientifique, et l'avantage concurrentiel au Canada et à l'étranger;
• l'importance d'une approche fédérale intégrée pour la R-D en génomique;
• l'existence d'une capacité dans plus de trois MO participant à l'IRDG.

Une fois les thèmes développés, un ou plusieurs coordonnateurs scientifiques ont été désignés et ont ensuite sollicité des idées d'activités de projet liées aux thèmes retenus pour les PPC et des propositions concrètes des MO participant à l'IRDG. Des ateliers ont été organisés pour discuter des éventuelles activités de projet puis, le cas échéant, on a demandé aux chercheurs d'apporter des corrections à leurs propositions. Cette approche itérative a été décrite dans les documents comme « autosuffisante ». Elle est non concurrentielle et a été caractérisée dans le cadre de gouvernance de la phase VI de l'IRDG (juin 2017) comme facilitant la création « d'équipes multidisciplinaires fonctionnelles solides ». Comme on l'avait fait précédemment pour les thèmes des PPC, la série d'activités de recherche proposées a été soumise au CCSMA pour étude. S'appuyant sur les données fournies, le coordonnateur scientifique, en collaboration avec le Comité de gestion des projets, a établi une proposition révisée qui a ensuite été soumise à un comité d'examen par ses pairs de l'extérieur, dont le mandat était de valider les démarches scientifiques proposées et de procéder à un contrôle de la qualité et à des améliorations. La contribution de ces comités de pairs a été utilisée dans l'élaboration des plans de gestion de projet définitifs.

Le processus de sélection et de développement des PPC n'a pas été bien compris par certains des répondants. Au cours des entretiens, la description du processus variait de l'un à l'autre surtout lorsqu'il a été question des thèmes de la phase VI. Selon certains participants, ce processus était orienté par la haute direction et les chercheurs y ont très peu participé tandis que selon d'autres, l'approche a été à la fois ascendante et descendante. Ce processus bidirectionnel consiste pour la haute direction à formuler des commentaires de rétroaction sur les sous-thèmes proposés et développés à la base, puis à faire en sorte que les chercheurs développent des projets conformes aux sous-thèmes choisis. La cause de cette incompréhension du processus n'est pas claire si l'on fait abstraction de la probabilité que les personnes qui ont mal compris le processus y aient en général moins participé.

Selon la plupart des répondants, le processus de développement actuel fonctionne bien et répond aux besoins. Le manque de transparence dans la sélection des activités de projet semble être le principal souci

Lorsqu'on leur a demandé de formuler des commentaires sur les forces et faiblesses relatives du processus, la plupart des répondants ont indiqué que le processus actuel fonctionne bien et qu'il répond aux besoins de l'IRDG et des MO participants. La participation de la haute direction et des chercheurs, et le degré élevé de consultation dans les ateliers sont les caractéristiques du processus qui ont reçu le plus d'éloges.

Les personnes ayant une perception plutôt négative du processus étaient surtout des chercheurs. Le point faible du processus le plus souvent cité par ces personnes est l'absence de transparence dans la sélection des activités de projet (une faiblesse mentionnée par des répondants de cinq MO différents). Cette lacune a été mentionnée par quelques répondants appartenant au CCSMA/GT et par certains chercheurs. Ces quelques répondants ont eu l'impression que le choix des activités de projet était fixé à l'avance, que les fonds avaient été accordés en fonction des capacités et des réseaux de collaboration existants, et que les responsables avaient adopté pour la phase VI une approche plus directive en ce qui concerne la sélection des chercheurs et la composition des équipes de recherche. Des répondants ont signalé que dans certains cas, la portée des activités de projet proposées a été révisée ou que certaines activités de projet n'ont tout simplement pas été sélectionnées sans qu'on ne sache trop pourquoi. Par ailleurs, d'autres répondants ont mentionné que l'enveloppe budgétaire de chaque PPC était fixe, d'où la nécessité de sélectionner les activités apportant la contribution la plus utile à la poursuite des objectifs globaux des PPC.

Notre examen des documents a révélé que la dernière évaluation comportait une recommandation invitant les responsables à formaliser la manière de sélectionner les activités de projet des PPC, et notamment d'établir une méthode et un moment pour prendre en compte la contribution des chercheurs. Toutefois, comme cette évaluation a pris fin après la sélection des activités de projet de la phase VI, le problème semble avoir été signalé lorsque les intervenants de cette phase ont été interrogés dans le cadre de la présente évaluation. En réponse à la recommandation de l'évaluation précédente, le cadre de gouvernance a été mis à jour en 2017 afin de préciser le mode de sélection des activités de projet par l'ajout de critères et en ajoutant à la tâche du coordonnateur scientifique la nécessité d'expliquer aux chercheurs dont les propositions n'ont pas été retenues les raisons de ce rejet. Aucune autre preuve documentaire sur le caractère approprié du processus retenu pour la phase VI n'a été trouvée dans le cadre de l'évaluation.

Parmi les autres faiblesses évoquées par quelques répondants du CCSMA ou du GT et par des chercheurs, mentionnons que certaines personnes ont eu l'impression que des membres du CCSMA ayant une personnalité particulièrement forte influent de manière excessive sur les décisions du Comité.

Même si la plupart des répondants sont satisfaits du processus de définition des thèmes et sous-thèmes et de sélection des activités de projet, plusieurs ont formulé des suggestions d'amélioration. Voici quelques-unes de ces suggestions qui portent sur l'ensemble du processus :

• Favoriser une mobilisation plus précoce et plus active des utilisateurs finaux potentiels, de la sélection des thèmes jusqu'à l'élaboration des blocs de tâches.
• Diffuser le plus largement et le plus clairement possible le fait que la définition des thèmes et la sélection des activités de projet ne sont pas des processus consensuels, que tous les MO ne doivent pas nécessairement y participer et qu'ils ne visent pas à favoriser le programme d'un chercheur ou d'un MO donné.
• Accorder plus de temps aux échanges afin de circonscrire la portée du thème, et le développement et l'amorce des activités de projet afin d'éviter toute précipitation au moment du déblocage des fonds.

Voici les suggestions relatives à la sélection des thèmes :

• Envisager différentes approches pour définir les options : prévisions, analyse des écarts stratégiques (c.-à-d. le recensement des forces existantes par rapport aux besoins et priorités de l'avenir) et sollicitation de conseils auprès d'organismes consultatifs indépendants, dont des groupes d'experts existants et le scientifique en chef.
• Optimiser le processus afin de s'assurer que les thèmes retenus ne sont pas trop larges, car il est particulièrement fastidieux d'en réduire la portée après-coup. Les décisions sur la portée des thèmes sont ensuite prises par des chercheurs plutôt que par de hauts dirigeants.

Voici les suggestions relatives à la sélection des sous-thèmes, des blocs de tâches et des activités de projet :

• Assurer une plus grande transparence et une surveillance plus serrée du processus de sélection des activités de projet (notamment en créant des critères de sélection et en les diffusant).
• Miser sur les compétences des organisations fédérales existantes afin qu'elles conçoivent des pratiques exemplaires qui renforceront la méthode de sélection.

Le processus de développement a généré des PPC en harmonie avec les priorités fédérales et qui ont engendré des avantages additionnels

Une majorité de répondants de toutes les catégories et la plupart des MO sont d'avis que les quatre projets prioritaires communs répondent aux mandats de leur organisation ainsi qu'aux mandats et aux priorités de l'administration fédérale. Dans leurs explications des raisons pour lesquelles l'arrimage entre les PPC et les priorités a été si réussi, quelques répondants ont indiqué que les projets représentaient un équilibre idéal entre la recherche fondamentale et ses applications possibles en aval tout en créant des outils pour protéger les gens et l'environnement et générer des retombées économiques (p. ex., exportations, gains d'efficacité).

Les répondants ont en forte proportion reconnu que les PPC ne peuvent concorder avec toutes les priorités de tous les MO, puisqu'ils sont destinés à répondre à des besoins interministériels et transversaux. Toutefois, quelques répondants de deux MO ont souligné l'existence d'un décalage entre les sous-thèmes et activités du PPC Écobiomique et le mandat de leur propre MO. Ces répondants ont aussi eu le sentiment que le processus de sélection des activités de projet de la phase VI manquait de transparence. Fondamentalement, ces participants estiment que les activités de projet proposées par leurs chercheurs n'ont pas été étudiées avec suffisamment d'ouverture pour qu'il soit possible de démontrer qu'elles étaient conformes à la fois au thème du PPC et au mandat de leur MO. Selon ces quelques répondants, leur contribution au PPC a été pertinente et efficace (et est à l'origine de certains avantages liés à la création d'une capacité génomique), mais elle a soutenu de manière très limitée le mandat de leur MO.

D'autres avantages découlant des PPC de l'IRDG ont été mentionnés par quelques répondants dans chaque cas. Voici quelques exemples :

• création de connaissances scientifiques ouvertes et accessibles au public;
• offre aux chercheurs du secteur public d'une expérience de travail en collaboration pour le plus grand avantage des Canadiens;
• création de solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pu être réglés par un seul MO;
• démonstration de compétences en science horizontale susceptibles d'être réutilisées dans d'autres programmes et par d'autres organisations.

La décision du CCSMA de faire porter les nouveaux PPC sur d'autres domaines de recherche et applications plutôt que d'en faire des projets de suivi aux PPC précédents a été bien accueillie malgré la dissidence de quelques répondants

La plupart des répondants sont d'accord avec la décision du CCSMA de faire en sorte que les PPC de la phase VI ne soient pas simplement la suite des PPC de la phase V ou ne s'appuient pas trop fortement sur ceux-ci^{Note de bas de page 7}. Selon ces répondants, il leur a été clairement indiqué que les PPC bénéficiaient d'un financement de cinq ans seulement et que de nombreux projets valables dans d'autres domaines de recherche méritaient aussi du financement en tant que PPC.

Nous avons cependant entendu quelques notes discordantes. Certains répondants ont l'impression que le PPC Écobiomique est étroitement lié au PPC EEQ et que les résultats de ce dernier n'ont pas été bien exploités dans le PPC subséquent. Selon ces répondants, une intégration plus poussée des deux PPC aurait peut-être permis de mieux atténuer les risques liés à la détection d'agents pathogènes et d'aider le Canada à s'acquitter de ses obligations sur le plan des politiques publiques et de la réglementation en matière de protection et de gestion de la biodiversité. Il importe ici de souligner que les personnes qui ont exprimé cette opinion ne représentent qu'une faible minorité de répondants.

Par ailleurs, d'autres répondants ont explicitement mentionné que le PPC EEQ avait été utilisé d'une manière particulièrement appropriée par Écobiomique. Par exemple, les bibliothèques générées dans le cadre du projet EEQ ont servi à valider la classification biologique des échantillons lorsqu'il était pertinent de le faire, et la plateforme de bio-informatique a été réutilisée et son développement, poursuivi.

2.1.2 Gestion des PPC

Presque tous les répondants sont d'avis que les PPC de la phase VI sont bien gérés, et selon certains d'entre eux, la gestion des PPC s'est améliorée de la phase V à la phase VI

L'examen des documents a confirmé l'existence d'artéfacts de la gestion des projets : plans de gestion de projet, documents d'évaluation des risques et rapports sur le rendement. Le caractère approprié de la gestion des PPC a surtout été évalué en s'appuyant sur les opinions des participants aux entretiens.

Presque tous les répondants (de toutes les catégories et de tous les MO) ont exprimé l'opinion que les PPC de la phase VI étaient bien gérés. Les participants aux entretiens des deux catégories ont souligné les forces suivantes (chacune ayant été mentionnée par quelques répondants) : communication régulière d'information au CCSMA, réunions d'équipe de projet fréquentes, rôle des comités consultatifs de gestion (CCG) et plans de travail détaillés. Quelques participants ont aussi mentionné que les PPC en cours respectent les budgets établis et que des ajustements au financement avaient été apportés afin de garantir l'efficience des projets. Les documents budgétaires confirment que les écarts entre les coûts prévus et les coûts réels des PPC sont minimes.

Certains répondants ont mentionné de leur propre initiative pendant les entretiens que la gestion des PPC s'était améliorée d'une phase à l'autre. Les répondants estiment plus particulièrement que la gouvernance est solide : la nature, la structure et la fréquence des réunions sont appropriées. Ils ont aussi mentionné que la production du rapport de mi-exercice avait été rationalisée pour la phase VI, une mesure appréciée.

En ce qui concerne les possibilités d'améliorations, quelques répondants du CCSMA/GT ont mentionné que les rapports produits pourraient être améliorés en y intégrant davantage d'information sur les résultats obtenus et les retombées générées pour les Canadiens. Quelques chercheurs ont souligné les difficultés inhérentes à la transition d'un financement temporaire à des services votés, notamment les retards et les efforts exigés des gestionnaires de projet pendant la transition.

2.2 Collaboration interministérielle

Les PPC constituent un instrument formel qui facilite la collaboration et la recherche interministérielles. De plus, en éliminant certains obstacles (liés à l'infrastructure infotechnologique, aux politiques et à la gestion des données) la collaboration s'en trouverait améliorée

Les PPC encouragent et appuient intrinsèquement la collaboration interministérielle. La plupart des répondants sont d'avis qu'en consacrant des sommes importantes à la résolution d'un problème unique, les PPC procurent à de nombreux chercheurs venant de multiples MO une occasion de travailler ensemble à la résolution d'un problème qu'un MO travaillant seul ne pourrait résoudre.

En fait, selon les documents de planification de l'IRDG, les blocs de tâches des PPC sont conçus pour intégrer les compétences et capacités de multiples MO et pour en tirer parti. On se trouve ainsi à créer des interdépendances dans les flux de travail et selon les plans de gestion des PPC et certains répondants, on facilite ainsi concrètement la collaboration interministérielle.

Selon certains répondants, les PPC favorisent aussi l'établissement de liens de confiance entre les chercheurs de multiples MO. Certains répondants (y compris des chercheurs et des membres du CCSMA/GT) ont mentionné que les liens créés pendant les PPC de la phase V ont été maintenus et ont démontré à d'autres chercheurs (ceux qui n'avaient pas participé directement à la phase V) que la collaboration interministérielle peut fonctionner.

Les répondants ont expliqué que la collaboration interministérielle générée par les PPC densifie les réseaux, rehausse l'accès aux compétences de l'administration fédérale, facilite l'élaboration d'approches et de protocoles communs, et permet d'obtenir plus rapidement des résultats qu'un MO travaillant seul. Certains répondants ont notamment signalé que les PPC Écobiomique et EEQ sont à l'origine d'autres projets de collaboration entre l'ACIA et d'autres MO participants (p. ex., MPO, ECCC, CNRC) qui utilisent les mêmes approches et techniques génomiques, mais avec qui les chercheurs de l'ACIA n'interagissent normalement pas parce qu'ils travaillent sur des questions différentes.

Parmi les facteurs mentionnés par quelques répondants pour expliquer le succès de la collaboration interministérielle, mentionnons l'adhésion de la haute direction/des MO, le financement garanti, les mécanismes et méthodes de centralisation des données et les exigences de communication de l'information et de responsabilisation.

En ce qui concerne les facteurs qui nuisent à la collaboration, certains répondants ont mentionné les lacunes de l'infrastructure bio-informatique (notamment le caractère désuet de certains serveurs) qui forcent le recours à des solutions de rechange. Quelques répondants ont mentionné que les politiques du Conseil du Trésor (CT) sont lourdes, ralentissent le travail ou créent des obstacles au transfert des fonds et à l'embauche, et aussi, que les MO participants n'utilisent pas tous les mêmes méthodes de gestion des données (notamment en ce qui concerne l'utilisation des étiquettes et la définition des données communes dans les bases de données).

Le taux de collaboration dans la production des publications issues des PPC de l'IRDG est élevé par rapport à celui des publications dans des domaines connexes

L'analyse bibliométrique a tenté d'établir dans quelle mesure les publications des PPC^{Note de bas de page 8} découlaient de la collaboration interministérielle ou d'une autre forme de collaboration. Selon cette analyse, tout juste un peu plus de la moitié (53 %) des publications issues de l'IRDG ont des auteurs venant de plus d'une organisation (administration fédérale, entreprises privées et universités canadiennes ou étrangères). Parmi les publications des PPC dont les auteurs appartiennent à plus d'une organisation, la majorité comptait de trois à cinq partenaires. Voir la figure 1.

Figure 1 : Nombre d'organisations ayant collaboré aux publications des PPC

Figure 1 - Version textuelle

Diagramme circulaire illustrant le nombre d'organisations collaborant aux publications liées aux projets à priorités partagées (PPP).

• 1,3 % (8 au total) des publications liées aux PPP sont rédigées par 10 organisations ou plus.
• 6,3 % (38 au total) des publications liées aux PPP sont rédigées par 6 à 9 organisations.
• 25,6 % (154 au total) des publications liées aux PPP sont rédigées par 3 à 5 organisations.
• 19,8 % (119 au total) des publications liées aux PPP sont rédigées par 2 organisations.
• 47 % (2 863) des publications liées aux PPP sont rédigées par 1 organisation.

À 53 %, le taux de collaboration des PPC de l'IRDG (soit le pourcentage de publications dont le groupe d'auteurs comprend des personnes d'au moins deux organisations) est faible comparativement à d'autres points de comparaison si on prend en compte l'ensemble des domaines. Toutefois, l'analyse des publications dans des domaines plus précis de la génomique comme « la biochimie des sciences agricoles et biologiques » et « la génétique et la biologie moléculaires » révèle que le taux de collaboration des PPC de l'IRDG est le plus élevé parmi les entités de référence. Par exemple, le taux de collaboration des PPC est de 89 % en ce qui concerne les publications dans le domaine de la « biochimie des sciences agricoles et biologiques » et de 88,4 % pour les publications dans le domaine de la « génétique et de la biologie moléculaires », comparativement à 73,9 % et 69,9 % respectivement pour l'ensemble du Canada. Voir la figure 2.

Figure 2 : Taux de collaboration des PPC de l'IRDG mis en contexte^{Note de bas de page 9}

Figure 2 - Version textuelle

Trois diagrammes à barres verticales qui font état du taux de collaboration dans le cadre des PPP de l'Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG) dans différents contextes, chacun comparant l'IRDG au Canada, au Regroupement des universités de recherche du Canada (U15) et à l'ensemble du monde.

Pour l'ensemble des domaines :

• Le taux de collaboration de l'IRDG est de 52,9 %.
• Le taux de collaboration du Canada est de 63,8 %.
• Le taux de collaboration de l'U15 est de 66,6 %.
• Le taux de collaboration à l'échelle mondiale est de 49,4 %.

Dans le domaine des sciences agricoles et biologiques :

• Le taux de collaboration de l'IRDG est de 89 %.
• Le taux de collaboration du Canada est de 73,9 %.
• Le taux de collaboration de l'U15 est de 76,3 %.
• Le taux de collaboration à l'échelle mondiale est de 61,8 %.

Dans les domaines de la biochimie, de la génétique et de la biologie moléculaire :

• Le taux de collaboration de l'IRDG est de 88,4 %.
• Le taux de collaboration du Canada est de 69,9 %.
• Le taux de collaboration de l'U15 est de 71,2 %.
• Le taux de collaboration à l'échelle mondiale est de 61 %.

Le taux de collaboration de tous les MO participants et de la plupart des PPC est supérieur à 50 %

Si l'on prend en compte^{Note de bas de page 10} le taux de collaboration par MO (y compris la collaboration avec d'autres MO fédéraux, des organismes internationaux, des universités et des entreprises privées) des PPC, le taux le plus élevé est celui du MPO à 90,5 %, suivi par RNCan et SC à 75,9 % et 75,0 % respectivement. Les MO avec qui les taux de collaboration sont les plus bas sont AAC^{Note de bas de page 11} (à 54,9 %), l'ASPC (à 59,9 %) et l'ACIA (à 64,1 %). Ces trois MO sont cependant à l'origine, et de loin, du plus grand nombre de publications et par conséquent, le nombre absolu de publications conjointes de ces trois organisations est plus élevé que celui de toute autre organisation. Voir la figure 3.

Figure 3 : Taux de collaboration par MO, pour tous les PPC

Figure 3 - Version textuelle

Diagramme à barres horizontales illustrant les taux de collaboration par ministère et organisme, pour l'ensemble des PPP.

• Le taux de collaboration de l'IRDG est de 52,9 %.
• Le taux de collaboration du MPO est de 90,5 %.
• Le taux de collaboration de RNCan est de 75,9 %.
• Le taux de collaboration de SC est de 75 %.
• Le taux de collaboration du CNRC est de 71,9 %.
• Le taux de collaboration d'ECCC est de 71 %.
• Le taux de collaboration de l'ACIA est de 64,1 %.
• Le taux de collaboration de l'ASPC est de 59,9 %.
• Le taux de collaboration d'AAC est de 56,1 %.

Le tableau 4 fait état du taux de collaboration par PPC. À l'exception de SAE, plus de la moitié des publications des PPC sont venues de plus d'une organisation. Les PPC actuels affichent des pourcentages élevés de publication conjointe par de multiples organisations non gouvernementales canadiennes et plus du cinquième des publications issues des projets terminés sont le fruit d'une collaboration internationale. Parmi les quatre PPC, EEQ est celui qui affiche le taux de collaboration le plus élevé (57,7 %). Il est suivi par RAM à 54,8 %. Le projet SAE a quant à lui l'incidence la plus élevée de publications par une seule organisation (57,9 %) et est suivi à ce chapitre par Écobiomique (47,1 %). Il importe de ne pas oublier que les PPC RAM et Écobiomique se poursuivent et que le nombre total de publications continuera d'augmenter.

L'analyse de la collaboration effectuée dans le cadre de l'analyse bibliométrique comprenait une étude de la nature et de l'étendue des collaborations entre les différents MO fédéraux auteurs de publications. La figure 4 présente un diagramme à flèches pour chaque PPC. La taille relative des bulles correspond au nombre de publications de cette organisation. L'épaisseur des traits qui relient les bulles et les nombres illustre le nombre de publications conjointes de ces organisations.

Figure 4 : Nature et étendue des collaborations

Figure 4 - Version textuelle

Série de diagrammes à flèches illustrant la nature et l'étendue des collaborations entre les différents ministères et organismes rédacteurs — un diagramme par PPP. La taille respective des bulles correspond au nombre de publications de cette organisation. L'épaisseur des lignes de connexion et les numéros associés indiquent le nombre de publications corédigées par ces organisations.

Diagramme à flèches pour la salubrité des aliments et de l'eau (SAE) :

• L'ASPC est l'auteure la plus fréquente pour les PPP liés à la SAE, suivie par le CNRC. L'ACIA, SC et AAC sont suivis par le CNRC puis par ECCC.
• Le CNRC et SC, ainsi que le CNRC et AAC, affichent le plus grand nombre de publications corédigées, avec un volume répertorié de 6.

Diagramme à flèches pour les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) :

• AAC est l'auteur le plus fréquent pour les PPP liés aux EEQ, suivi par l'ACIA, le MPO et RNCan. Les auteurs les moins fréquents sont SC, l'ASPC, le CNRC et la Commission canadienne des grains (CCG).
• AAC et l'ACIA affichent le plus grand nombre de publications corédigées, avec un volume répertorié de 23 publications. L'ACIA et RNCan arrivent en deuxième position avec 16 publications corédigées.

Diagramme à flèches pour la résistance aux antimicrobiens (RAM) :

• AAC est l'auteur le plus fréquent pour les PPP liés à la RAM, suivi de l'ASPC, de l'ACIA, puis de SC.
• AAC et l'ASPC affichent le plus grand nombre de publications corédigées, avec un volume répertorié de 12 publications. AAC et l'ACIA arrivent en deuxième position avec 11 publications corédigées.

Diagramme à flèches pour l'Écobiomique :

• ECCC est le coauteur le plus fréquent pour les PPP liés à l'Écobiomique, suivi de RNCan et d'AAC. Les auteurs les moins fréquents sont le CNRC, l'ACIA, le MPO et l'ASPC.
• ECCC et RNCan affichent le plus grand nombre de publications corédigées, avec un volume répertorié de 9. RNCan et le CNRC arrivent en deuxième position avec 8 publications corédigées.

Selon cette figure, le PPC EEQ est le projet dans le cadre duquel le plus grand nombre de MO ont participé à des publications conjointes tandis que le PPC RAM est celui où il y en a eu le moins. L'ampleur des publications conjointes issues du PPC Écobiomique dénote peut-être l'existence de liens plus étroits dans ce projet. Toutefois, à la rédaction du présent rapport, ces deux PPC se poursuivaient et il est donc trop tôt pour établir la véritable étendue de la collaboration.

Dans le cas du PPC SAE, c'est l'ASPC qui compte le plus de publications, dont 13 conjointes, le plus souvent avec l'ACIA ou le CNRC. Le CNRC a dans l'ensemble moins de publications, mais 20 d'entre elles ont été produites en collaboration, le plus souvent avec SC et AAC. ECCC ne compte qu'une seule publication dans le cadre du PPC SAE, et elle a été produite sans la collaboration d'un autre MO.

Dans le cas du PPC EEQ, tous les MO participants ont participé à des publications conjointes. L'ACIA a des liens avec tous les autres MO et AAC, avec tous les autres MO sauf un (ECCC). AAC est le MO qui compte le plus grand nombre de publications conjointes et qui entretient les liens les plus forts avec l'ACIA (23 publications en collaboration entre eux). L'ACIA est l'organisme qui affiche le plus grand nombre de publications conjointes et de liens avec trois autres MO (RNCan, MPO et AAC), avec plus de dix publications conjointes avec chacun.

Pour le projet RAM (jusqu'à 2018 inclusivement), seulement quatre MO ont procédé à des publications conjointes, mais chaque MO a collaboré à au moins une publication avec chacun des autres MO. Les liens les plus étroits sont entre AAC et l'ASPC et entre AAC et l'ACIA.

En ce qui concerne le projet Écobiomique (jusqu'à 2018 inclusivement), il y a eu de nombreuses publications conjointes par les différents MO participants, la plupart des MO comptant au moins une publication conjointe avec chacun des autres MO. ECCC est le MO affichant le plus grand nombre de publications conjointes et entretient des liens étroits avec RNCan, suivi par le MPO et par AAC. RNCan et AAC ont tous les deux un grand nombre de publications conjointes. RNCan a des liens particulièrement étroits avec cinq MO (y compris ECCC, le CNRC, AAC, l'ACIA et le MPO). AAC entretient des liens étroits avec ECCC, RNCan et l'ACIA.

2.3 Réussites scientifiques et augmentation des capacités de l'administration fédérale

Les PPC ont contribué à d'importants développements scientifiques en génomique et ont eu des retombées positives sur l'application de la génomique au sein de l'administration fédérale

Les PPC appuient les activités de plus de 150 chercheurs de différents MO fédéraux ainsi que les activités de centaines de collaborateurs et de personnes hautement qualifiées. La grande majorité des répondants ont confirmé que sans les ressources et le modèle de collaboration des PPC, la recherche effectuée aurait été impossible ou aurait eu moins d'effet et aurait été moins avancée. Selon certains répondants du CCSMA et du GT, les PPC sont un exemple unique de collaboration scientifique horizontale et, à leur avis, accroissent en soi la capacité de recherche fédérale. Des MO participants ont aussi indiqué que certains développements issus de la collaboration ont été rendus possibles par les réseaux des PPC en dehors des cadres des projets individuels comme tels. Par exemple, certains volets des recherches menées dans le cadre de SAE et d'EEQ se sont poursuivis après la fin de ces deux PPC.

Les PPC ont doté les MO fédéraux de capacités nouvelles ou ont accru leurs capacités existantes, accélérant du même souffle les progrès des applications de la génomique dans le secteur public. Selon certains répondants, les PPC ont procuré au Canada une « avance technologique » dans l'utilisation des outils génomiques à des fins de réglementation et autres. Comme un répondant l'a décrit, les PPC contribuent aux progrès des « approches génomiques qui sont nettement supérieures sur le plan de l'exhaustivité et de la capacité de résolution et qui remplacent peu à peu les approches de laboratoire traditionnelles ». En 2016, les équipes de direction des PPC de l'IRDG ont reçu le Prix d'excellence de la fonction publique dans la catégorie « contribution scientifique ».

Les PPC ont été à la source d'importantes réalisations scientifiques dans les domaines de la génomique comme tels. Encore plus important, ils ont permis de compiler et de diffuser une quantité énorme de données génomiques auxquelles les chercheurs de l'administration fédérale et d'autres organisations ont maintenant accès. Les répondants ont été nombreux à insister sur la formidable quantité de données générées et ont présenté cette production comme un développement scientifique majeur susceptible de lancer d'autres projets de recherche et, au bout du compte, d'étayer les décisions et les actions des utilisateurs finaux. Par exemple, le PPC SAE a permis le développement de la plateforme d'analyse intégrée rapide des maladies infectieuses (IRIDA), un système de bout en bout qui permet le stockage, la gestion, l'analyse, le partage et la diffusion de données de séquence génomique entière à des fins d'épidémiologie génomique. Le projet EEQ a quant à lui mené au développement d'ensembles de données sur des séquences d'ADN moléculaire de qualité supérieure d'espèces présentant des risques élevés, qui sont maintenant utilisés pour documenter des organismes présents au Canada. Le PPC RAM développe actuellement une importante collection de séquences bactériennes pour mieux comprendre la propagation de la RAM dans la chaîne alimentaire. Le projet Écobiomique a quant à lui fourni de nouveaux matériaux de référence pour le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA), qui, comme son nom l'indique, surveille la santé des écosystèmes dulcicoles. La base de données d'EEQ est utilisée par le MPO comme bibliothèque de référence pour l'identification et la surveillance des poissons. Le PPC Écobiomique devrait engendrer la première base de données génomiques sur la biodiversité de grande ampleur. Dans tous les projets, une majorité de chercheurs participants ont souligné que le modèle de collaboration mis en place pour les PPC a été au cœur de la création de matériel fondamental. Aucun MO n'aurait pu générer la même quantité de données à lui seul et la coordination est cruciale au développement de méthodes efficaces et harmonisées de partage des données.

Les PPC sont aussi à l'origine du développement de nouvelles méthodes de recherche en génomique (notamment des procédures opérationnelles normalisées [PON]) et d'outils qui ont été mis en œuvre avec succès par des MO fédéraux et d'autres. Ces extrants, notamment les nouvelles lignes directrices sur la gestion des échantillons et les nouvelles techniques de séquençage du génome, ont influé favorablement sur les capacités de l'administration fédérale : les résultats sont plus rapides et précis et la recherche en génomique est plus accessible et offre un ratio coût-efficacité supérieur.

Les activités de recherche et de développement menées dans le cadre des PPC ont donné lieu à des percées technologiques en génomique, ce qui a accru la capacité de l'administration fédérale de détecter et d'étudier des espèces envahissantes, des agents pathogènes d'origine alimentaire, la résistance aux antimicrobiens et les effets des changements climatiques. Les PPC ont également permis aux chercheurs de mieux comprendre comment différents facteurs (dont les changements environnementaux et l'activité humaine) influent sur les organismes menaçants.

Les capacités développées dans le cadre des PPC contribuent ou devraient éventuellement contribuer au travail des MO fédéraux

La majorité des membres du CCSMA et du GT et des chercheurs interrogés font des liens entre les développements issus des PPC et les retombées en aval réelles ou attendues au sein de l'administration fédérale. De nouvelles données, connaissances et technologies développées dans le cadre des PPC ont eu des retombées (ou pourraient en avoir) sur les politiques publiques, les règlements et d'autres activités de l'administration publique, comme en témoignent les exemples ci-dessous extraits des documents de chaque PPC.

Il est difficile de mesurer la contribution des PPC aux résultats à long terme, car il faut plus de cinq ans pour créer des retombées socio-économiques

Des répondants de toutes les catégories ont insisté sur le fait que dans l'univers de la recherche scientifique, des retombées socio-économiques sont rarement perceptibles après seulement cinq ans. Ils remettent en question la pertinence d'exiger des PPC qu'ils génèrent des retombées concrètes en une si courte période. Dans l'ensemble, nous avons recensé peu de documents liés aux PPC confirmant des retombées concrètes des connaissances ou des technologies transférées à des utilisateurs finaux, particulièrement à ceux de l'extérieur de l'administration publique. Les preuves de retombées socio-économiques des activités en question sont surtout venues des participants aux PPC de l'IRDG et de hauts fonctionnaires des ministères en cause. Les répondants avaient aussi l'impression que même s'il est trop tôt pour déterminer les retombées à long terme des PPC en cours, il est possible de répertorier les résultats importants obtenus à ce jour. Les documents des projets RAM et Écobiomique font entre autres état de retombées potentielles importantes en aval.

Certains répondants (aussi bien des membres du CCSMA et du GT que des chercheurs) se sont interrogés sur les possibilités de poursuivre les recherches lorsque les projets prendront fin et sur les occasions qui pourraient ainsi être perdues lorsque le financement accordé aux PPC se tarira. Ces répondants ont notamment souligné l'absence de plan pour poursuivre les transferts de connaissances au-delà de la période de cinq ans, l'absence de mécanisme formel pour maintenir les réseaux créés et finalement, l'absence de moyens pour poursuivre la commercialisation des technologies les plus prometteuses. Des répondants s'inquiètent de la possibilité que des développements positifs soient tués dans l'œuf à la fin des PPC, une perspective qui à leur avis limite les retombées potentielles des projets en aval. Par exemple, si certaines activités du projet EEQ se poursuivent actuellement (p. ex., des travaux sur les virus végétaux menés en Colombie-Britannique qui ont obtenu du financement en 2017), d'autres ont dû être interrompues dès la fin du projet. Par ailleurs, nous avons recensé des exemples de retombées potentielles des projets SAE et EEQ qui ne se sont pas concrétisées parce qu'il a été impossible de transférer les technologies et de les faire adopter à cause de la fin du financement.

Certains répondants ont recommandé que les PPC de l'IRDG soient conçus de telle sorte qu'on puisse détecter en cours de projet les éléments les plus prometteurs d'un PPC et les sélectionner en leur destinant un soutien ciblé lorsque le financement des PPC prendra fin. Subsidiairement, les MO intéressés devraient se doter de stratégies solides pour continuer de soutenir ces éléments à l'échéance des PPC afin que leurs objectifs soient complètement et véritablement atteints.

On trouvera dans les sections ci-dessous certains des résultats à moyen ou à long terme qui peuvent être attribués aux PPC terminés.

2.4 Transfert de connaissances (TC)

Les PPC comportent des caractéristiques intrinsèques favorisant les TC. Les faits démontrent l'existence de TC efficaces entre les MO fédéraux et l'ensemble des milieux de la recherche

La création de valeur pour les utilisateurs finaux visés et les transferts de connaissances et de technologies sont deux principes sous-jacents aux PPC. En 2015, la stratégie de gestion des innovations (SGI) de l'IRDG a été échafaudée afin d'améliorer les transferts de technologies et de renforcer la mobilisation des utilisateurs finaux. La SGI a orienté la conception des PPC et la préparation des plans de gestion de projet afin « d'accroître la participation des utilisateurs finaux et de favoriser l'adoption des livrables des projets » à la phase VI.

Le plan des TC de chaque PPC dresse une liste des utilisateurs finaux potentiels à l'intérieur et à l'extérieur de l'administration fédérale, et décrit les stratégies d'engagement envisagées. Les PPC (et leurs différents blocs de tâches) englobent toute une gamme d'activités de TC. Voici quelques exemples : collaboration directe et communications avec d'autres groupes de recherche et d'utilisateurs finaux; ateliers; publications évaluées par des pairs; participation à des conférences; participation à des réunions, des comités et des groupes consultatifs d'experts; contribution à des bases de données et des bibliothèques, et communiqués de presse. Les chercheurs des PPC peuvent aussi transférer des connaissances dans le cadre de forums spécialisés tenus au Canada et à l'étranger. Il va de soi que le volume de TC effectués à ce jour varie selon que le PPC en question est terminé ou se poursuit. Nous disposons de preuves solides démontrant de nombreux transferts de connaissances dans le cas des projets terminés, mais les TC se poursuivent dans le cas des projets RAM et Écobiomique.

Les faits démontrent l'existence de TC efficaces entre les chercheurs appartenant aux MO participants. Plusieurs répondants ont constaté que les PPC en cours sont beaucoup mieux coordonnés que les précédents et que les groupes de recherche des différents MO partagent entre eux les connaissances acquises. Quelques répondants ont souligné la nécessité de continuer de concevoir avec soin des PPC axés sur la réglementation et branchés aux canaux officiels afin que l'élaboration et la mise en œuvre de la réglementation s'appuient sur des connaissances scientifiques.

Le volume et la visibilité des extrants des projets de recherche qui se présentent sous la forme de publications (présentations et participations à des conférences; articles évalués par des pairs, parution de livres et de rapports) sont des indicateurs des transferts de connaissances, de la diffusion des connaissances et de la collaboration. L'analyse bibliométrique effectuée dans le cadre de l'évaluation a révélé que les PPC ont généré la parution d'un nombre élevé de publications scientifiques. Les présentations et participations à des conférences constituent la forme la plus fréquente des extrants dans le cas de l'IRDG et des PPC. Les projets ont aussi généré la publication d'articles, de livres, de rapports et d'autres documents. Selon une analyse bibliométrique des titres offerts dans Scopus (c.-à-d., ceux publiés après un examen par des pairs), ces publications sont considérablement utilisées et citées. L'analyse du réseau de collaboration ayant mené aux publications indique les équipes de chercheurs des PPC sont bien intégrées à leurs milieux scientifiques respectifs.

On trouvera ci-dessous les résultats de l'analyse des publications par PPC ainsi que cinq exemples clés d'activités de transfert de connaissances (TC).

Salubrité des aliments et de l'eau

Salubrité des aliments et de l'eau - Version textuelle

Diagramme circulaire illustrant les formats des publications liées aux PPP concernant la salubrité des aliments et de l'eau.

• 50,9 % des publications se présentent sous la forme de présentations à des conférences.
• 31,6 % des publications se présentent sous la forme de participation à des conférences.
• 14,9 % des publications se présentent sous la forme d'articles.
• 2,6 % des publications se présentent sous la forme d'ouvrages et de rapports.

Au total, 114 publications liées au PPC SAE ont été répertoriées aux fins de notre analyse bibliométrique. Ces publications avaient pour auteur 216 chercheurs venant de 10 pays différents et appartenant à 41 organisations, y compris six MO fédéraux, comme nous l'avons déjà mentionné. Comme c'est le cas pour les extrants des recherches de l'IRDG en général, la plupart des publications sont dans les faits des présentations ou des participations à des conférences (94 sur 114, soit 82 %). Les 18 % restants sont des articles (15 %), des livres ou des études (3 %). Environ 42 % des publications issues du projet SAE ont été publiées conjointement par de multiples organisations.

L'analyse bibliométrique s'est aussi penchée sur les taux de citation. Pour les 23 publications indexées dans Scopus, le nombre moyen de citations par document est de 18,1, avec un facteur d'impact pondéré par discipline^{Note de bas de page 12} (FIPD) de 1,92 qui est comparable à la moyenne de l'ensemble des publications de l'IRDG (1,95).

Quelques chercheurs du projet SAE ont indiqué que le partage de l'information et des données entre les MO a été problématique au début du projet. Les participants ont cependant uni leurs efforts et abattu les obstacles, mais dans certains MO, des contraintes juridiques et administratives ont initialement nui à la circulation de l'information. Ce problème a été signalé au CCSMA afin qu'il conclue un protocole d'entente global avec les MO, un projet qui ne s'est pas concrétisé en raison de la durée prévue du projet. Toutefois, le protocole d'entente a ensuite été conclu et mis en œuvre. Et il s'applique maintenant aux travaux menés en collaboration et pour d'autres projets indépendants.

L'atelier de deux jours de février 2016 dans les locaux de la Bibliothèque et des archives nationales à Ottawa a été une des principales activités de transfert de connaissances du projet SAE. Les documents à propos de cet événement sur lesquels nous nous sommes penchés démontrent que l'atelier avait réuni 85 délégués de tout le Canada, y compris des représentants de l'industrie alimentaire, des chercheurs, des représentants des organismes de réglementation, des responsables de la santé publique et des fabricants d'outils de diagnostic rapide. Son but était de mettre en vitrine certaines des innovations générées par le projet SAE et de favoriser la collaboration entre chercheurs et utilisateurs finaux afin de stimuler l'adoption commerciale des outils et processus mis au point. Les entreprises, les universités et les organismes publics ont discuté des difficultés mondiales liées à la salubrité alimentaire et à la santé publique, des lacunes scientifiques à combler et des applications possibles des outils et des plateformes mis au point dans le cadre du SAE ainsi que de la nécessité de maintenir la communication et la collaboration.

Selon les entretiens que nous avons eus et les rapports sur le projet, les membres du projet SAE ont aussi assisté à plusieurs réunions internationales sur les enquêtes relatives aux éclosions de maladies infectieuses s'appuyant sur des séquences du génome entier et ils y ont joué un rôle de premier plan. Comme nous l'avons souligné précédemment, les outils d'épidémiologie génomique et de détection des éclosions mis au point dans le cadre du projet SAE sont utilisés dans le cadre du programme fédéral de surveillance PulseNet, un programme actuellement engagé dans le transfert de cette capacité aux laboratoires provinciaux de santé publique.

Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

L'analyse bibliométrique démontre que le projet EEQ a généré un volume important d'extrants scientifiques fréquemment cités grâce à un très large réseau de collaborateurs. Au total, 220 publications issues du PPC EEQ ont été répertoriées aux fins de l'évaluation. Elles découlaient des travaux de 394 chercheurs venant de 37 pays et appartenant à 173 organisations, dont 9 MO fédéraux du Canada. Environ six publications sur dix du projet EEQ sont des présentations ou des participations à des conférences (132 sur 220 ou 60 %) et presque le tiers sont des articles examinés par des pairs (29 %). Selon l'analyse bibliométrique des 59 publications indexées dans Scopus, le taux de citation moyen par document est 50,8, un résultat impressionnant tout comme d'ailleurs le FIPD de 2,09, qui est supérieur au FIPD de l'ensemble des publications émanant de l'IRDG (1,95).

Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine - Version textuelle

Diagramme circulaire illustrant les formats des publications liées aux PPP concernant les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine.

• 45,9 % des publications se présentent sous la forme de présentations à des conférences.
• 28,6 % des publications se présentent sous la forme d'articles.
• 14,1 % des publications se présentent sous la forme de participation à des conférences.
• 5,9 % des publications se présentent sous la forme d'ouvrages et de rapports.
• 5,5 % des publications se présentent sous diverses autres formes.

L'examen des documents issus du projet EEQ démontre que les activités de bio-informatique ont connu du succès et eu pour résultat le partage de données, l'intégration et la formation des utilisateurs finaux. Le projet est venu éclairer un débat transnational avec des partenaires commerciaux sur la nécessité d'harmoniser la terminologie sur les espèces étrangères envahissantes et justiciables de quarantaine. Un répondant du CCSMA/GT a ajouté que l'information sur les espèces envahissantes et les écosystèmes émanant du projet EEQ est aussi précieuse pour les administrations municipales et provinciales.

Selon deux personnes interrogées, il importe de souligner que le projet EEQ a été un facteur clé dans l'obtention par AAC du financement nécessaire à la numérisation de sa collection de séquences de génome (30 millions de dollars venant du budget 2016). Les données issues du projet EEQ seront transférées dans le domaine public dans le cadre d'un projet mené de concert avec l'Université de Guelph (financé par AAC).

Résistance aux antimicrobiens

Au total, 146 publications issues du PPC RAM ont été répertoriées dans l'analyse bibliométrique. Elles émanaient de 300 chercheurs provenant de 17 pays et 79 organisations, y compris 4 MO fédéraux. Comme le projet RAM se poursuit, il faut s'attendre à ce que ce nombre continue d'augmenter jusqu'en 2021. Six publications sur dix émanant du projet RAM sont des présentations ou des participations à des conférences (88 sur 146, soit 60 %) et plus du tiers sont des articles (35 %).

Résistance aux antimicrobiens - Version textuelle

Diagramme circulaire illustrant les formats des publications liées aux PPP concernant la résistance aux antimicrobiens.

• 34,9 % des publications se présentent sous la forme d'articles.
• 33,6 % des publications se présentent sous la forme de présentations à des conférences.
• 26,7 % des publications se présentent sous la forme de participation à des conférences.
• 4,1 % des publications se présentent sous diverses autres formes.
• 0,7 % des publications se présentent sous la forme d'ouvrages et de rapports.

L'analyse bibliométrique a porté sur les 46 publications indexées dans Scopus. Le taux moyen de citations par document est de 9,2. Le FIPD des publications du projet RAM est de 1,61.

L'examen des documents a révélé l'existence d'autres activités importantes de transfert de connaissances dans le cadre du projet RAM, notamment les réunions mensuelles du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) ainsi que la participation des chercheurs du projet RAM à l'Initiative de programmation conjointe sur la résistance aux antimicrobiens (IPCRAM) et du Groupe de travail transatlantique sur la résistance aux antimicrobiens (TATFAR). Les documents du projet et les personnes interrogées ont fait état de la participation des chercheurs du projet RAM à des rencontres d'experts de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) et de l'Organisation mondiale de la santé sur la résistance aux antimicrobiens d'origine alimentaire.

De la recherche sur des solutions de substitution aux antimicrobiens est effectuée sur des fermes, en collaboration directe avec des producteurs (notamment, des producteurs de porc au Québec). Les répondants ont aussi souligné que l'équipe du PPC RAM travaille à la mobilisation du secteur des soins de santé pour les humains, même si cette tâche a été décrite comme plus difficile, vu la nécessité d'obtenir l'engagement des autorités provinciales et vu la complexité des activités en ce domaine, notamment les essais cliniques et l'accès à des isolats d'origine humaine provenant des établissements de santé publique provinciaux (complexité imputable à la confidentialité de l'information). Finalement, l'outil logiciel à source ouverte StarAMR, qui contribue à la détection des gènes de RAM, a été distribué gratuitement par l'entremise de GitHub^{Note de bas de page 13} et par les archives publiques, ce qui a facilité son adoption par des universités et d'autres administrations publiques.

Écobiomique

Au total, l'analyse bibliométrique a permis de répertorier 123 publications du PPC Écobiomique, produites par 179 chercheurs de 8 pays et de 46 organisations, dont 7 MO fédéraux canadiens (ECCC, AAC, RNCan, l'ACIA, CNRC, MPO et l'ASPC). Environ 70 % des publications issues du projet Écobiomique sont des présentations ou des participations à des conférences (87 sur 123 ou 71 %) et 17 % sont des articles. Les chercheurs du projet Écobiomique interrogés s'attendent à ce que l'intégration des données pendant la dernière année du PPC, après quatre années d'échantillonnage provenant de différents projets de recherche, génère un grand volume de produits de recherche additionnels. Par exemple, certains chercheurs ont mentionné la publication prochaine d'un document de recherche examiné par des pairs dans un compte rendu de la National Academy of Sciences et portant sur la génomique appliquée à un très gros et complexe écosystème et estiment que le contenu de ce compte rendu est novateur et avant-gardiste.

Écobiomique - Version textuelle

Diagramme circulaire illustrant les formats des publications liés aux PPP concernant l'Écobiomique.

• 52,8 % des publications se présentent sous la forme de présentations à des conférences.
• 17,8 % des publications se présentent sous la forme de participation à des conférences.
• 17,1 % des publications se présentent sous la forme d'articles.
• 7,3 % des publications se présentent sous diverses autres formes.
• 4,9 % des publications se présentent sous la forme d'ouvrages et de rapports.

L'analyse bibliométrique a porté sur les 21 publications indexées dans Scopus. Le taux de citation moyen par document est de 12,6 et le FIPD est plutôt élevé à 2,35.

Selon les participants aux entretiens, les utilisateurs finaux étaient déjà mobilisés dès le début du projet, car Écobiomique était la suite logique des efforts de recherche déployés antérieurement dans le cadre, entre autres, du PPC EEQ, et que des liens avaient donc déjà été créés. Chaque élément du projet Écobiomique tire parti de l'engagement de différents utilisateurs finaux dans le cadre de programmes d'échantillonnage existants un peu partout au pays. Les documents du projet démontrent que les organisations mobilisées depuis le début sont le réseau CABIN, le Programme de surveillance de la qualité des eaux douces et l'Institut canadien des politiques agroalimentaires. Les répondants ont ajouté que la mobilisation des utilisateurs finaux ne cesse d'augmenter depuis le début du projet et que ceux-ci sont aussi de plus en plus consultés. Les participants au projet Écobiomique entretiennent des contacts réguliers avec ECCC et avec le ministère ontarien de l'Environnement afin d'intégrer la métagénomique aux programmes fédéraux et provinciaux dans les Grands Lacs.

La mobilisation des utilisateurs finaux et les transferts de connaissances aux intervenants ont été renforcés pendant les phases V et VI, mais ils pourraient l'être encore plus

Les exemples qui précèdent démontrent que les connaissances générées par les PPC sont bien transférées aux utilisateurs finaux. La plupart des répondants de tous les groupes ont confirmé qu'il y a bien eu des TC vers des utilisateurs finaux de l'extérieur, mais que cet aspect des choses peut encore être amélioré.

Certains répondants du CCSMA/GT ont ressenti le besoin d'insister un peu plus sur les TC vers les utilisateurs finaux en adaptant mieux l'information communiquée en fonction de l'auditoire ciblé et en intensifiant les activités de sensibilisation pour favoriser l'adoption et les applications. En ce qui concerne la diffusion de l'information, quelques répondants du CCSMA/GT ont laissé entendre que les TC pourraient être améliorés si les choses étaient présentées d'une manière plus convaincante et plus percutante. Les utilisateurs finaux sont des organisations venant d'une multitude de secteurs, dont l'industrie. Les répondants ont eu l'impression que les réalisations des PPC ne sont pas toujours très bien communiquées et que les solutions proposées, vu leur complexité, sont difficiles à comprendre par un public cible qui ne maîtrise pas nécessairement les notions utilisées par des chercheurs spécialisés en génomique. Il est donc difficile pour les intervenants d'utiliser les extrants des PPC dans des initiatives concrètes. Les répondants ont donc proposé d'utiliser un langage plus simple dans les communications et d'avoir recours à d'autres véhicules (vidéos sur YouTube, balados, etc.). Certains chercheurs ont mentionné que les ateliers en direct et les rencontres en personne sont particulièrement efficaces pour tisser des liens avec les utilisateurs finaux et avec les autres chercheurs de l'IRDG. Quelques répondants ont proposé que les interactions en personne entre chercheurs participants, collaborateurs et utilisateurs finaux soient plus régulières, ce qui pourrait améliorer les transferts de connaissances et faciliter l'établissement de liens.

En ce qui concerne l'engagement direct des PPC auprès des intervenants de l'extérieur, certains hauts dirigeants et chercheurs participants ont souligné l'importance de consultations régulières dès les toutes premières étapes et d'échanges continus par la suite. La plupart des répondants participant à des PPC en cours ont mentionné que l'engagement hâtif auprès des utilisateurs finaux joue un rôle essentiel dans les transferts de connaissances à des parties extérieures à l'administration fédérale. Des liens de cause à effet ont été établis entre la participation directe des collaborateurs au développement des outils et des processus et leur adoption dans différents secteurs. Toutefois, quelques répondants appartenant au CCSMA/GT ont noté que le transfert de connaissances ou de technologies à l'industrie (un des buts du projet RAM, notamment) ne fait pas partie du mandat de la plupart des MO. Le CNRC dispose certes de tous les outils nécessaires pour créer des partenariats avec des entreprises privées et des organismes de réglementation, mais il n'est pas dans le mandat des autres MO de s'engager ainsi et de transférer des technologies à des organisations n'appartenant pas à l'administration fédérale.

3.0 Conclusions et recommandations

L'évaluation mène à la conclusion que les projets prioritaires communs (PPC) sont en général développés de la manière appropriée et sont bien gérés. Le processus global de développement et de sélection des thèmes et des activités de projet est, dans une large mesure, efficace et approprié. Les thèmes et les activités de projet sont bien arrimés aux priorités du gouvernement fédéral et sont porteurs d'une combinaison de retombées touchant à la fois l'économie, l'environnement, la santé et la sécurité en plus d'aider les ministères et organismes (MO) fédéraux sur les plans réglementaires et opérationnels. Les évaluateurs estiment que les mécanismes de sélection des thèmes sont particulièrement bien conçus et que les PPC arrivent ainsi à générer des connaissances nouvelles pour le plus grand avantage des MO à vocation scientifique et des utilisateurs finaux.

La large portée des thèmes retenus facilite leur harmonisation avec les mandats de chaque MO. Les quelques incohérences sont d'ailleurs imputables au fait que les PPC ne collent par conséquent parfaitement au mandat d'aucun MO en particulier. Cet aspect des choses est bien compris par la plupart des personnes consultées pour l'évaluation.

Cela étant dit, quelques MO jugent que certains éléments de leur proposition n'ont pas été analysés de manière appropriée et déplorent que les activités de projet qu'ils avaient proposées aient finalement été exclues du PPC ou que leur portée ait été revue. Ces répondants ont dit ne pas connaître les raisons de ce refus et ont estimé ne pas trop savoir quelles étaient les attentes à leur endroit. Soulignons toutefois que ce point de vue est largement minoritaire parmi les répondants. La plupart d'entre eux, de même que les documents décrivant le processus d'élaboration des thèmes et de sélection des activités de projet, ont insisté sur le fait que chaque MO ne devait pas nécessairement participer à tous les PPC et que chaque PPC n'était pas tenu de retenir la participation des huit MO. En fait, chaque PPC devait retenir la participation d'au moins trois MO et créer un projet intégré susceptible d'optimiser les échanges interministériels.

Au moins un répondant de cinq MO différents a évoqué un manque de transparence du processus de sélection. Les auteurs de l'évaluation précédente avaient recommandé de définir formellement le mode de sélection des activités des différents PPC et notamment de mettre sur papier une procédure précisant comment et quand la contribution des chercheurs devait être considérée. Le cadre de gouvernance a donc été modifié en conséquence. Toutefois, comme la dernière évaluation a pris fin seulement après la sélection des projets de la phase VI, les recommandations n'ont pu être mises en œuvre à temps, le problème s'est répété et il a de nouveau été soulevé pendant la présente évaluation.

Voici quelques autres propositions d'améliorations au processus de définition des thèmes et de sélection des activités de projet entendues : s'inspirer de différentes analyses (notamment une analyse de carences stratégique) et s'appuyer sur différents intervenants pour mieux étayer les thèmes; amorcer le processus de définition des thèmes des PPC plus tôt et insister sur le fait que l'intention n'est pas que les PPC soient calqués sur les mandats des MO.

Une plus grande mobilisation des utilisateurs finaux, qu'ils appartiennent ou non à l'administration fédérale, mais surtout des premiers, est une possibilité d'amélioration qui a émergé des discussions. Actuellement, les PPC sont définis dans le cadre d'une série d'ateliers auxquels sont conviés différents intervenants. Les utilisateurs finaux pourraient être plus fortement représentés à ces ateliers. Il arrive que des MO délèguent à ces ateliers un ou deux éventuels utilisateurs finaux, mais cette approche n'est pas répandue et n'est pas le fruit d'un effort délibéré. Comme l'évaluation a aussi mené au constat que les transferts de connaissances aux utilisateurs finaux constituent une autre faiblesse des PPC, la participation plus précoce des utilisateurs finaux à la définition des activités de projet ainsi qu'à l'élaboration du plan de transfert des connaissances des PPC devrait être requise.

Les transferts de connaissances ont fait l'objet d'une recommandation dans l'évaluation précédente. On y exhortait les intéressés à formuler un plan établissant comment les technologies et les connaissances issues de PPC seraient transférées aux utilisateurs finaux et utilisées par eux. L'évaluation actuelle a confirmé que cette recommandation a été suivie, que des transferts de connaissances efficaces ont bien lieu grâce aux PPC, notamment grâce à la collaboration interministérielle, à la contribution directe de chercheurs à différentes activités et au volume élevé de publications fréquemment citées. La plupart des participants aux entretiens, sans égard au groupe particulier auquel ils appartiennent, ont confirmé que des transferts de connaissances vers des utilisateurs finaux de l'extérieur ont bien lieu, mais cela peut être amélioré davantage. Les répondants ont aussi fait état du besoin de mieux faire connaître les réalisations des PPC en créant des produits et des activités qui mettront les résultats de la recherche à la portée de différents publics. Pour y arriver, il faudra des communications adaptées aux utilisateurs finaux qui ne possèdent pas tous des connaissances avancées en génomique. Le langage utilisé devra être simple et il faudra recourir à des véhicules de diffusion différents pour que le message se rende à un éventail diversifié d'intervenants. Les interactions en personne ont aussi été désignées comme un canal important pour le transfert des connaissances et l'établissement de liens. La participation et la mobilisation hâtives des intervenants et des utilisateurs finaux par l'entremise des PPC faciliteraient les transferts de connaissances et l'adoption des nouvelles technologies à l'intérieur et à l'extérieur de l'administration fédérale après les cinq premières années. Toutefois, certains MO n'ont pas pour mandat de transférer des connaissances ou des technologies à l'industrie.

L'évaluation a mené au constat que le financement et le soutien offerts aux PPC favorisent la collaboration interministérielle, ce qui est fort compréhensible puisque la raison initiale invoquée pour lancer les PPC consistait à permettre de faire des recherches dont la portée serait plus large que le strict mandat de l'un ou l'autre MO. Il n'en reste pas moins que l'étendue et la nature de la collaboration interministérielle sont dignes de mention. En fait, la collaboration interministérielle actuelle dans le cadre des PPC est unique au sein de l'administration fédérale et devrait servir de modèle aux autres programmes scientifiques.

Non seulement les chercheurs rédigent des publications et donnent des présentations, mais ils le font en collaboration avec des chercheurs d'autres organisations. Le taux global de collaboration dans la production des publications générées par les PPC (des publications dont les auteurs viennent de plus d'une organisation) est supérieur à 50 %. En fait, comparativement aux autres organismes de recherche travaillant dans des domaines similaires, les chercheurs des PPC de l'IRDG produisent beaucoup plus de publications à auteurs multiples. De plus, le taux de collaboration aux publications de chacun des MO participants est supérieur à 50 % (et est dans certains cas supérieur à 75 %).

L'adhésion de la haute direction, le financement garanti, la confiance, les réseaux professionnels qui donnent accès à des compétences et les approches et les protocoles communs sont autant d'éléments qui ont été cités comme des facteurs facilitant la collaboration. Tous ces éléments sont appuyés par le financement des PPC et par leurs mécanismes de gouvernance. Certains facteurs nuisent néanmoins à la collaboration (notamment, l'infrastructure de bio-informatique, les politiques du Conseil du Trésor et les divergences dans les méthodes de gestion des données), mais les chercheurs des PPC ont trouvé le moyen de contourner la plupart de ces problèmes.

Sur le plan des réalisations scientifiques, les PPC ont généré d'importants ensembles de données ainsi que des méthodes et des outils innovants. Ces percées ont doté les MO de nouvelles capacités de recherche en génomique et renforcé les capacités existantes grâce à des applications concrètes dans les domaines de la recherche, de l'établissement des politiques publiques et de la réglementation. Les répondants ont été catégoriques : sans le financement et le cadre de collaboration unique des PPC, ces développements ne seraient jamais survenus ou, à tout le moins, n'auraient pas eu la même ampleur ni auraient été aussi rapides. Toutefois, il est difficile de quantifier les retombées à long terme des transferts de connaissances ou de technologies vers les utilisateurs finaux, surtout ceux de l'extérieur de l'administration publique, même lorsque les projets sont terminés. D'une part, une période de cinq ans est trop courte pour mesurer les résultats socio-économiques de la recherche scientifique. D'autre part, les hauts dirigeants et les chercheurs s'inquiètent de la possibilité que des développements prometteurs n'aboutissent jamais et meurent en même temps que finiront les PPC, comme on l'a vu pour certains volets des projets SAE et EEQ, ce qui limiterait les retombées en aval.

4.0 Réponse de la direction et plan d'action

Annexe A – Grille d'évaluation

L'évaluation 2019-2020 des projets prioritaires communs (PPC) de l'IRDG générera de l'information de suivi à l'évaluation horizontale de mars 2017 qui portait quant à elle sur la pertinence et le rendement de l'initiative de 2011-2012 à 2013-2014 et plus particulièrement, sur le travail associé aux projets prioritaires communs en 2014-2015 et en 2015 2016. La présente évaluation porte donc surtout sur la période écoulée depuis 2015-2016. Par ailleurs elle porte uniquement sur les PPC :

• PPC de la phase V :
  • Salubrité des aliments et de l'eau (SAE)
  • Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ)
• PPC de la phase VI :
  • Résistance aux antimicrobiens (RAM)
  • Biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique)

Annexe B – Instruments

Évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de R-D en génomique

Guide d'entretien — membres du CCSMA et du groupe de travail interministériel

Contexte

Goss Gilroy effectue, pour le compte du Conseil national de recherches du Canada (CNRC), une évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG). L'objet principal de l'évaluation consiste à évaluer la pertinence et le rendement des projets prioritaires communs par rapport aux résultats escomptés. La portée de l'évaluation comprend les projets prioritaires communs réalisés, notamment celui des Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) et celui sur la Salubrité des aliments et de l'eau (SAE), ainsi que les deux projets prioritaires communs actuellement en cours, soit celui sur la Résistance aux antimicrobiens (RAM) et celui de la Biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique). Le résultat attendu de l'évaluation est de fournir de l'information reposant sur des données probantes au comité de coordination des sous-ministres adjoints (CCSMA) de l'IRDG.

Parmi les méthodes d'évaluation utilisées se trouvent des entretiens, l'examen de documents et de publications, et une analyse des données administratives. Vos réponses seront présentées uniquement sous forme agrégée, et vous ne serez pas identifiés personnellement dans un quelconque rapport.

L'entrevue durera environ 60 minutes.

Nous vous remercions de votre collaboration.

Contexte

1. Veuillez décrire brièvement votre participation à l'IRDG au fil du temps.

Pertinence

2. Dans quelle mesure les projets prioritaires communs s'alignent-ils avec le mandat actuel de votre ministère ou organisme? (1.2)^{Note de bas de page 14}

1. Si vous constatez un manque d'harmonisation, décrivez les facteurs qui y contribuent.
2. Ce manque d'harmonisation existait-il depuis le lancement des projets prioritaires communs (indiquant que le manque résulte du processus de sélection des projets), ou y a-t-il eu un changement dans le mandat de votre ministère ou organisme au cours des trois dernières années?

3. Selon vous, le processus utilisé pour choisir les projets prioritaires communs actuels a-t-il suffisamment tenu compte de l'harmonisation avec le mandat et les priorités de votre ministère ou organisme? Pourquoi/pourquoi pas? (1.1)

1. En général, estimez-vous que le processus de sélection ait permis d'assurer l'harmonisation avec les priorités du gouvernement du Canada? Pourquoi/pourquoi pas? (1.1)

Sélection et gestion des projets prioritaires communs

4. Quelles étaient les forces et les faiblesses du processus de sélection des deux projets prioritaires communs actuellement financés (Écobiomique et RAM)? (3.1)

1. Comment le processus d'évaluation aurait-il pu être amélioré? (3.1)
2. Quels aspects du processus de sélection devraient être conservés pour la sélection du prochain groupe de projets? (3.1)
3. Connaissez-vous d'autres programmes semblables dont nous pourrions nous inspirer pour établir des pratiques exemplaires en matière de sélection de projets prioritaires communs? Quels sont ces programmes?

5. À votre avis, les deux projets prioritaires communs qui sont actuellement financés sont-ils gérés de façon appropriée? (3.2)

[Approfondissement : par « gestion », on entend la supervision, la gouvernance, l'attribution des tâches, les rapports et la gestion des budgets, des échéances et de la portée des projets]

1. Comment pourrait-on améliorer la gestion des projets prioritaires communs? (3.2)
2. Comment les projets prioritaires communs pourraient-ils être rendus plus efficaces? (3.3)

6. Ont-ils amélioré la collaboration interministérielle de la façon attendue? Veuillez motiver votre réponse. (3.4)

1. Les deux projets prioritaires communs qui sont actuellement financés ont-ils apporté des solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pas pu être réalisées par un seul ministère/organisme? (3.3)
2. Pour autant que vous le sachiez, quels sont les principaux facteurs qui ont facilité ou entravé la capacité des partenaires de collaborer dans le cadre d'un projet interministériel?

Efficacité

7. Quelles ont été les répercussions réelles et potentielles des quatre projets prioritaires communs qui ont été financés (SAE, EEQ, Écobiomique, RAM)? (2.3)

1. Quelles ont été les répercussions pour votre ministère ou organisme?
2. Quelles ont été les répercussions pour d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les retombées pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

[Approfondissement : Par retombées, on entend de nouvelles capacités uniques pour la fonction publique fédérale, ainsi que des réalisations scientifiques.]

8. À votre avis, dans quelle mesure les connaissances ou les technologies obtenues dans le cadre des projets prioritaires communs financés ont-elles répondu — ou sont susceptibles de répondre — aux besoins des utilisateurs, notamment : (2.6)

1. Dans votre ministère ou organisme?
2. Dans d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les répercussions pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

9. Quelles ont été les retombées des technologies qui ont été transférées ou commercialisées? Quelles sont les répercussions potentielles des technologies qui n'ont pas encore été transférées?

[Approfondissement :
Impacts à long terme du projet EEQ : Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les impacts des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justiciables de quarantaine. Impacts à long terme du projet SAE : Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada.
Impacts à long terme du projet RAM : Prendre des décisions éclairées en matière de santé publique et de production d'aliments pour s'attaquer à l'une des menaces les plus lourdes qui pèsent actuellement sur la santé dans le monde. Atténuer la résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production d'aliments.
Impacts à long terme du projet Écobiomique : Brosser un panorama exhaustif de l'eau et du sol en tant que systèmes vivants indispensables aux services écosystémiques et aux activités économiques. Prendre des décisions en matière de gestion de l'environnement et de développement des ressources éclairées par la surveillance de la qualité des eaux douces et du sol (dans le but de caractériser la biodiversité complexe des eaux douces et du sol pour ce qui est des micro-organismes et des invertébrés grâce à de nouvelles approches de métagénomique).]

10. Dans quelle mesure les approches de transfert des nouvelles connaissances et technologies ont-elles été efficaces? (2.5)

[Approfondissement : Les transferts comprennent les données ouvertes et le niveau d'accessibilité et de transparence de l'information fournie aux utilisateurs finaux.]

11. Quels sont quelques-uns des facteurs qui exercent une influence favorable ou défavorable sur le transfert de connaissances/technologie aux utilisateurs finaux? (2.5)

12. Selon vous, est-il probable que le niveau d'impact atteint à ce jour grâce aux projets prioritaires communs aurait été atteint en l'absence du financement octroyé par l'IRDG pour ces projets? (2.7)

Leçons retenues

13. De votre point de vue, quelles sont les principales leçons retenues et les pratiques exemplaires découlant des quatre projets prioritaires communs qui ont été lancés jusqu'ici? (4.1)

Commentaires supplémentaires

14. Souhaitez-vous formuler des commentaires supplémentaires pour cette évaluation?

Merci.

Évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de R-D en génomique

Guide pour la conduite des entrevues — chefs de projet et chercheurs — PPC actuels

Contexte

Goss Gilroy effectue, pour le compte du Conseil national de recherches du Canada (CNRC), une évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG). L'objet principal de l'évaluation consiste à évaluer la pertinence et le rendement des projets prioritaires communs par rapport aux résultats escomptés. La portée de l'évaluation comprend les projets prioritaires communs réalisés, notamment celui des Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) et celui sur la Salubrité des aliments et de l'eau (SAE), ainsi que les deux projets prioritaires communs actuellement en cours, soit celui sur la Résistance aux antimicrobiens (RAM) et celui de la Biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique). Le résultat attendu de l'évaluation est de fournir de l'information reposant sur des données probantes au comité de coordination des sous-ministres adjoints (CCSMA) de l'IRDG.

Parmi les méthodes d'évaluation utilisées se trouvent des entretiens, l'examen de documents et de publications, et une analyse des données administratives. Vos réponses seront présentées uniquement sous forme agrégée, et vous ne serez pas identifiés personnellement dans un quelconque rapport.

L'entrevue durera environ 60 minutes.

Nous vous remercions de votre collaboration.

Selon nos dossiers, vous avez participé au projet [NOM DU PROJET] dans le cadre des PPC. Est-ce exact? Sinon, quelle a été votre contribution à l'IRDG/PPC?

Contexte

1. Pourriez-vous décrire votre participation à ce projet?

2. Auriez-vous l'obligeance d'expliquer quel besoin détermine cette recherche? En d'autres termes, pourquoi cette recherche est-elle effectuée?

3. Jusqu'à présent, le projet de recherche respecte-t-il les délais, la portée et le budget?

Pertinence

4. Dans quelle mesure ce projet prioritaire commun concorde-t-il avec le mandat actuel de votre ministère ou organisme? (1.2)^{Note de bas de page 15}

1. Si vous constatez un manque d'harmonisation, décrivez les facteurs qui y contribuent.
2. Ce manque de concordance existait-il depuis le début du projet (c.-à-d., inhérent à la sélection des PPC) ou y a-t-il eu un changement dans le mandat de votre ministère ou organisme au cours des trois dernières années?

Sélection et gestion des projets prioritaires communs

5. Avez-vous participé à la sélection des PPC actuellement financés? Quelles étaient les forces et les faiblesses du processus de sélection des deux projets prioritaires communs actuellement financés (Écobiomique et RAM)? (3.1)

1. Comment le processus d'évaluation aurait-il pu être amélioré? (3.1)

6. Quelles sont les forces et les faiblesses dans la façon dont votre PPC est géré? (3.2)

1. Veuillez commenter les éléments suivants : (3.2)
   1. Surveillance
   2. Gouvernance
   3. Attribution des tâches
   4. Contrôle et rapport
   5. Stratégies pour respecter le budget, les délais et la portée du projet
2. Comment votre projet pourrait-il faire un meilleur usage des ressources disponibles? (3.3)

7. Votre projet favorise-t-il la collaboration interministérielle? Veuillez motiver votre réponse. (3.4)

1. Votre projet apporte-t-il des solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pu être réglés par un seul ministère ou organisme? Veuillez motiver votre réponse. (3.3)
2. Autant que vous le sachiez, quels sont les facteurs clés qui ont facilité la capacité des partenaires à collaborer à votre projet ou qui ont nui à celle-ci? (3.4)

Efficacité : résultats des travaux de recherche à ce jour

8. Veuillez expliquer dans quelle mesure le projet contribue (ou a contribué) à l'un des résultats potentiels suivants. Veuillez quantifier les estimations dans la mesure du possible. (2.3)

• Amélioration des processus
• Amélioration des diagnostics/des instruments
• Amélioration des produits
• Acquisition de nouvelles capacités
• Réalisations scientifiques
• Réduction des effets nocifs (santé), amélioration des soins, sauvetage de vie
• Réduction des coûts des soins de santé
• Autres économies de coûts (veuillez fournir une fourchette d'estimations)
• Amélioration de la durabilité et de la gestion des ressources
• Réduction des dommages environnementaux
• Politiques, règlements, lois et programmes améliorés ou éclairés
• autre

Veuillez fournir tout document que vous seriez disposé à partager avec nous au sujet des résultats éventuels.

9. Pour votre PPC, quels sont les effets potentiels à long terme de ce projet? (2.3)

1. Quelles ont été les répercussions pour votre ministère ou organisme?
2. Quelles ont été les répercussions pour d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les répercussions pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

[Approfondissement :
Impacts à long terme du projet RAM : Prendre des décisions éclairées en matière de santé publique et de production d'aliments pour s'attaquer à l'une des menaces les plus lourdes qui pèsent actuellement sur la santé dans le monde. Atténuer la résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production d'aliments.
Impacts à long terme du projet Écobiomique : Brosser un panorama exhaustif de l'eau et du sol en tant que systèmes vivants indispensables aux services écosystémiques et aux activités économiques. Prendre des décisions en matière de gestion de l'environnement et de développement des ressources éclairées par la surveillance de la qualité des eaux douces et du sol (dans le but de caractériser la biodiversité complexe des eaux douces et du sol pour ce qui est des micro-organismes et des invertébrés grâce à de nouvelles approches de métagénomique).]

10. Veuillez décrire si et comment les résultats de la recherche ont été diffusés, transférés aux utilisateurs finaux à l'intérieur et à l'extérieur du gouvernement fédéral et protégés (c.-à-d. PI) à ce jour. (2.5)

1. Dans quelle mesure les approches de transfert des nouvelles connaissances et technologies ont-elles été efficaces? (2.5)

[Approfondissement : Les transferts comprennent les données ouvertes et le niveau d'accessibilité et de transparence de l'information fournie aux utilisateurs finaux]

11. Quels sont quelques-uns des facteurs qui exercent une influence favorable ou défavorable sur le transfert de connaissances/technologie aux utilisateurs finaux? (2.5)

12. Selon vous, dans quelle mesure les connaissances ou les technologies développées par le projet sont-elles susceptibles de répondre aux besoins des utilisateurs, notamment : (2.6) (2.6)

1. Dans votre ministère ou organisme?
2. Dans d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les répercussions pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

13. Selon vous, est-il probable que le niveau d'impact atteint à ce jour grâce aux projets prioritaires communs aurait été atteint en l'absence du financement octroyé par l'IRDG pour ces projets? (2.7)

Leçons retenues

14. Selon vous, quelles sont les principales leçons apprises et les meilleures pratiques qui découlent de votre projet en particulier ou plus généralement des quatre PPC menés à ce jour? (4.1)

Commentaires supplémentaires

15. Souhaitez-vous formuler des commentaires supplémentaires pour cette évaluation?

Merci.

Évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de R-D en génomique

Guide pour la conduite des entrevues — chefs de projet et chercheurs — PPC achevés

Contexte

Goss Gilroy effectue, pour le compte du Conseil national de recherches du Canada (CNRC), une évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG). L'objet principal de l'évaluation consiste à évaluer la pertinence et le rendement des projets prioritaires communs par rapport aux résultats escomptés. La portée de l'évaluation comprend les projets prioritaires communs réalisés, notamment celui des Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) et celui sur la Salubrité des aliments et de l'eau (SAE), ainsi que les deux projets prioritaires communs actuellement en cours, soit celui sur la Résistance aux antimicrobiens (RAM) et celui de la Biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique). Le résultat attendu de l'évaluation est de fournir de l'information reposant sur des données probantes au comité de coordination des sous-ministres adjoints (CCSMA) de l'IRDG.

Parmi les méthodes d'évaluation utilisées se trouvent des entretiens, l'examen de documents et de publications, et une analyse des données administratives. Vos réponses seront présentées uniquement sous forme agrégée, et vous ne serez pas identifiés personnellement dans un quelconque rapport.

L'entrevue durera environ 60 minutes.

Nous vous remercions de votre collaboration.

Selon nos dossiers, vous avez participé au projet [NOM DU PROJET] dans le cadre des PPC. Est-ce exact? Sinon, quelle a été votre contribution à l'IRDG/PPC?

Contexte

1. Pourriez-vous décrire votre participation à ce projet?

Gestion des PPC

2. Le projet de recherche a-t-il respecté les délais, la portée et le budget? (3.2)^{Note de bas de page 16}

3. Quelles sont les forces et les faiblesses dans la façon dont votre PPC a été géré? (3.2)

1. Veuillez commenter les éléments suivants : (3.2)
   1. Surveillance
   2. Gouvernance
   3. Attribution des tâches
   4. Contrôle et rapport
   5. Stratégies pour respecter le budget, les délais et la portée du projet
2. Comment votre projet aurait-il pu faire un meilleur usage des ressources disponibles? (3.3)

4. Dans quelle mesure le projet a-t-il amélioré les collaborations interministérielles? Veuillez motiver votre réponse. (3.4)

1. Votre projet a-t-il apporté des solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pu être réglés par un seul ministère ou organisme? (3.3)
2. Autant que vous sachiez, quels ont été les facteurs clés qui ont facilité la capacité des partenaires à collaborer à votre projet ou qui ont nui à celle-ci? (3.4)

Efficacité : résultats des travaux de recherche à ce jour

5. Pour votre PPC, quels sont les effets potentiels à long terme de ce projet? (2.3)

1. Quelles ont été les retombées pour votre ministère ou organisme?
2. Quelles ont été les retombées pour d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les retombées pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

[Approfondissement :
Impacts à long terme du projet EEQ : Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les impacts des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justiciables de quarantaine Impacts à long terme du projet SAE : Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada.]

6. Veuillez indiquer comment les résultats de la recherche ont été diffusés et transférés aux utilisateurs finaux à l'intérieur et à l'extérieur du gouvernement fédéral, et protégés (c.-à-d. la PI) à ce jour. (2.5)

1. Dans quelle mesure les approches de transfert des nouvelles connaissances et technologies ont-elles été efficaces? (2.5)

[Approfondissement : Les transferts comprennent les données ouvertes et le niveau d'accessibilité et de transparence de l'information fournie aux utilisateurs finaux]

7. Quels sont quelques-uns des facteurs qui exercent une influence favorable ou défavorable sur le transfert de connaissances/technologie aux utilisateurs finaux? (2.5)

8. Selon vous, dans quelle mesure les connaissances ou les technologies développées par le projet répondent-elles (ou sont-elles susceptibles de répondre) aux besoins des utilisateurs, notamment : (2.6)

1. Dans votre ministère ou organisme?
2. Dans d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les répercussions pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

9. Selon vous, est-il probable que les retombées générées à ce jour grâce aux projets prioritaires communs auraient été atteintes en l'absence du financement octroyé par l'IRDG pour ces projets? (2.7)

Leçons retenues

10. Selon vous, quelles sont les principales leçons apprises et les meilleures pratiques qui découlent de votre projet en particulier ou plus généralement des quatre PPC menés à ce jour? (4.1)

Commentaires supplémentaires

11. Souhaitez-vous formuler des commentaires supplémentaires pour cette évaluation?

Merci.

Évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de R-D en génomique

Guide pour la conduite des entrevues — chefs de projet et chercheurs — PPC actuels et achevés

Contexte

Goss Gilroy effectue, pour le compte du Conseil national de recherches du Canada (CNRC), une évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG). L'objet principal de l'évaluation consiste à évaluer la pertinence et le rendement des projets prioritaires communs par rapport aux résultats escomptés. La portée de l'évaluation comprend les projets prioritaires communs réalisés, notamment celui des Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) et celui sur la Salubrité des aliments et de l'eau (SAE), ainsi que les deux projets prioritaires communs actuellement en cours, soit celui sur la Résistance aux antimicrobiens (RAM) et celui de la Biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique). Le résultat attendu de l'évaluation est de fournir de l'information reposant sur des données probantes au comité de coordination des sous-ministres adjoints (CCSMA) de l'IRDG.

Parmi les méthodes d'évaluation utilisées se trouvent des entretiens, l'examen de documents et de publications, et une analyse des données administratives. Vos réponses seront présentées uniquement sous forme agrégée, et vous ne serez pas identifiés personnellement dans un quelconque rapport.

L'entrevue durera environ 60 minutes.

Nous vous remercions de votre collaboration.

Selon nos dossiers, vous avez participé à deux PPC, y compris le projet [NOM DU PROJET] achevé et le projet [NOM DU PROJET] en cours. Est-ce exact? Sinon, quelle a été votre contribution à l'IRDG/PPC?

Contexte

1. Pourriez-vous décrire votre participation à ce projet?

2. En ce qui a trait au projet actuel, pouvez-vous nous expliquer quel besoin motive la réalisation de ces travaux de recherche? En d'autres termes, pourquoi cette recherche est-elle effectuée?

3. Jusqu'à présent, le projet de recherche actuel respecte-t-il les délais, la portée et le budget?

Pertinence

4. Dans quelle mesure le projet à priorités partagées actuel concorde-t-il avec le mandat actuel de votre ministère ou organisme? (1.2)^{Note de bas de page 17}

1. Si vous constatez un manque d'harmonisation, décrivez les facteurs qui y contribuent.
2. Ce manque de concordance existait-il depuis le début du projet (c.-à-d., inhérent à la sélection des PPC) ou y a-t-il eu un changement dans le mandat de votre ministère ou organisme au cours des trois dernières années?

Sélection et gestion des projets prioritaires communs

5. Quelles étaient les forces et les faiblesses du processus de sélection des deux projets prioritaires communs actuellement financés (Écobiomique et RAM)? (3.1)

1. Comment le processus d'évaluation aurait-il pu être amélioré? (3.1)

6. Quelles sont les forces et les faiblesses dans la façon dont votre PPC est géré? (3.2)

1. Veuillez commenter les éléments suivants : (3.2)
   1. Surveillance
   2. Gouvernance
   3. Attribution des tâches
   4. Contrôle et rapport
   5. Comment votre projet pourrait-il faire un meilleur usage des ressources disponibles? (3.3)
2. Comment votre projet pourrait-il faire un meilleur usage des ressources disponibles? (3.3)

7. En ce qui concerne le PPC achevé, quelles étaient les forces et les faiblesses de la gestion de ce projet? (3.2)

8. Votre projet actuel favorise-t-il la collaboration interministérielle? Veuillez motiver votre réponse. (3.4)

1. Votre projet apporte-t-il des solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pu être réglés par un seul ministère ou organisme? (3.3)
2. Autant que vous le sachiez, quels sont les facteurs clés qui ont facilité la capacité des partenaires à collaborer à votre projet ou qui ont nui à celle-ci? (3.4)

9. En pensant maintenant aux PPC terminés, veuillez commenter le degré de collaboration interministérielle et les facteurs qui ont facilité ou entravé la capacité des partenaires à collaborer à ce projet. (3.4)

1. Votre projet a-t-il apporté des solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pu être réglés par un seul ministère ou organisme? (3.3)

Efficacité : résultats des travaux de recherche à ce jour

10. En ce qui concerne votre PPC actuel, veuillez expliquer dans quelle mesure le projet a contribué à l'un ou l'autre des résultats potentiels explorés à la question précédente. Veuillez quantifier les estimations dans la mesure du possible. (2.3)

• Amélioration des processus
• Amélioration des diagnostics/des instruments
• Amélioration des produits
• Acquisition de nouvelles capacités
• Réalisations scientifiques
• Réduction des effets nocifs (santé), amélioration des soins, sauvetage de vie
• Réduction des coûts des soins de santé
• Autres économies de coûts (veuillez fournir une fourchette d'estimations)
• Amélioration de la durabilité et de la gestion des ressources
• Réduction des dommages environnementaux
• Politiques, règlements, lois et programmes améliorés ou éclairés
• autre

Veuillez fournir tout document que vous seriez disposé à partager avec nous au sujet des résultats éventuels.

11. Concernant vos deux projets (actuel et achevé), quels sont les impacts à long terme potentiels de chacun des projets? (2.3)

1. Quelles ont été les retombées pour votre ministère ou organisme?
2. Quelles ont été les retombées pour d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Quelles ont été les retombées pour d'autres organismes à l'extérieur du gouvernement du Canada?

[Approfondissement :
Impacts à long terme du projet EEQ : Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les impacts des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justiciables de quarantaine. Impacts à long terme du projet SAE : Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada.
Impacts à long terme du projet RAM : Prendre des décisions éclairées en matière de santé publique et de production d'aliments pour s'attaquer à l'une des menaces les plus lourdes qui pèsent actuellement sur la santé dans le monde. Atténuer la résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production d'aliments.
Impacts à long terme du projet Écobiomique : Brosser un panorama exhaustif de l'eau et du sol en tant que systèmes vivants indispensables aux services écosystémiques et aux activités économiques. Prendre des décisions en matière de gestion de l'environnement et de développement des ressources éclairées par la surveillance de la qualité des eaux douces et du sol (dans le but de caractériser la biodiversité complexe des eaux douces et du sol pour ce qui est des micro-organismes et des invertébrés grâce à de nouvelles approches de métagénomique).]

12. En ce qui concerne vos deux projets (actuel et achevé), veuillez indiquer comment les résultats de la recherche ont été diffusés, transférés aux utilisateurs finaux à l'intérieur et à l'extérieur du gouvernement fédéral, et protégés (c.-à-d. la PI) à ce jour. (2.5)

1. Dans quelle mesure les approches de transfert des nouvelles connaissances et technologies ont-elles été efficaces? (2.5)

[Approfondissement : Les transferts comprennent les données ouvertes et le niveau d'accessibilité et de transparence de l'information fournie aux utilisateurs finaux]

13. Quels sont quelques-uns des facteurs qui exercent une influence favorable ou défavorable sur le transfert de connaissances/technologie aux utilisateurs finaux? (2.5)

14. Selon vous, dans quelle mesure les connaissances ou les technologies développées par les deux projets (actuel et achevé) sont-elles susceptibles de répondre aux besoins des utilisateurs, notamment : (2.6)

1. Dans votre ministère ou organisme?
2. Dans d'autres ministères ou organismes fédéraux?
3. Dans d'autres organismes qui ne font pas partie du gouvernement du Canada?

15. Selon vous, est-il probable que les retombées générées à ce jour grâce à ces deux projets auraient été atteintes en l'absence du financement octroyé par l'IRDG pour ces projets? (2.7)

Leçons retenues

16. Selon vous, quelles sont les principales leçons apprises et les meilleures pratiques qui découlent de votre projet en particulier ou plus généralement des quatre PPC menés à ce jour? (4.1)

Commentaires supplémentaires

17. Souhaitez-vous formuler des commentaires supplémentaires pour cette évaluation?

Merci.

Évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de R-D en génomique

Guide d'entrevue – Intervenants externes

Contexte

Goss Gilroy effectue, pour le compte du Conseil national de recherches du Canada (CNRC), une évaluation horizontale des projets prioritaires communs de l'Initiative de recherche et de développement en génomique (IRDG). L'objet principal de l'évaluation consiste à évaluer la pertinence et le rendement des projets prioritaires communs par rapport aux résultats escomptés. La portée de l'évaluation comprend les projets prioritaires communs réalisés, notamment celui des Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (EEQ) et celui sur la Salubrité des aliments et de l'eau (SAE), ainsi que les deux projets prioritaires communs actuellement en cours, soit celui sur la Résistance aux antimicrobiens (RAM) et celui de la Biosurveillance des écosystèmes fondée sur la métagénomique (Écobiomique). Le résultat attendu de l'évaluation est de fournir de l'information reposant sur des données probantes au comité de coordination des sous-ministres adjoints (CCSMA) de l'IRDG.

Les méthodes d'évaluation comprennent des entretiens, un examen des documents et un examen des données. Vos réponses seront présentées uniquement sous forme agrégée, et vous ne serez pas identifiés personnellement dans un quelconque rapport.

L'entrevue durera environ 60 minutes. Nous vous remercions de votre collaboration.

Contexte

1. Veuillez décrire brièvement votre degré de familiarité et d'implication avec l'IRDG au fil du temps.

Pertinence

2. Dans quelle mesure les PPC actuels sont-ils harmonisés avec les priorités du gouvernement fédéral? (1.1)^{Note de bas de page 18}

1. Si vous constatez un manque d'harmonisation, décrivez les facteurs qui y contribuent.
2. Ce manque d'harmonisation existait-il depuis le lancement des projets prioritaires communs (indiquant que le manque résulte du processus de sélection des PPC), ou y a-t-il eu un changement dans le mandat de votre ministère ou organisme au cours des trois dernières années?
3. Y a-t-il un chevauchement avec les projets financés par Génome Canada? Veuillez expliquer la nature de ce chevauchement.

3. Selon vous, le processus utilisé pour choisir les projets actuels a-t-il suffisamment tenu compte de l'harmonisation avec le mandat et les priorités de votre ministère ou organisme? Pourquoi/pourquoi pas? (1.1)

Sélection et gestion des projets prioritaires communs

4. Quelles ont été les forces et les faiblesses du processus de développement des thèmes actuels des PPC (Écobiomique et RAM) et de la sélection ultérieure des projets? (3.1)

1. Comment le processus d'évaluation aurait-il pu être amélioré? (3.1)
2. Quels aspects du processus de développement et de la sélection devraient être maintenus pour le prochain cycle de projets? (3.1)

5. Y a-t-il des caractéristiques du processus de sélection des projets de Génome Canada qui, selon vous, pourraient et devraient être adoptées par l'IRDG? Veuillez motiver votre réponse.

1. Connaissez-vous d'autres programmes semblables dont nous pourrions nous inspirer pour établir des pratiques exemplaires en matière de sélection de projets prioritaires communs? Quels sont ces programmes?

6. Selon vous, dans quelle mesure les PPC de l'IRDG renforcent-ils les collaborations interministérielles? Veuillez motiver votre réponse. (3.4)

1. Les deux projets prioritaires communs qui sont actuellement financés ont-ils apporté des solutions novatrices à des problèmes qui n'auraient pas pu être réalisées par un seul ministère/organisme? (3.3)

7. À votre avis, quels sont les facteurs clés qui facilitent ou entravent la capacité des partenaires à collaborer dans le cadre d'un projet interministériel? (3.3)

Efficacité

8. À votre avis, dans quelle mesure les connaissances ou les technologies obtenues dans le cadre des projets prioritaires communs financés ont-elles répondu — ou sont susceptibles de répondre — aux besoins des utilisateurs, notamment : (2.6)

1. Au sein du gouvernement fédéral.
2. Dans d'autres organismes qui ne font pas partie du gouvernement du Canada?

9. Quelles ont été les retombées des technologies qui ont été transférées ou commercialisées? Quelles sont les retombées potentielles des technologies qui n'ont pas encore été transférées?

[Approfondissement :
Impacts à long terme du projet EEQ : Protection de la biodiversité et des échanges commerciaux du Canada contre les impacts des changements planétaires, par une augmentation de la capacité de surveillance des espèces exotiques envahissantes et des espèces justiciables de quarantaine. Impacts à long terme du projet SAE : Amélioration de la salubrité et de la sécurité des aliments au Canada.
Impacts à long terme du projet RAM : Prendre des décisions éclairées en matière de santé publique et de production d'aliments pour s'attaquer à l'une des menaces les plus lourdes qui pèsent actuellement sur la santé dans le monde. Atténuer la résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production d'aliments.
Impacts à long terme du projet Écobiomique : Brosser un panorama exhaustif de l'eau et du sol en tant que systèmes vivants indispensables aux services écosystémiques et aux activités économiques. Prendre des décisions en matière de gestion de l'environnement et de développement des ressources éclairées par la surveillance de la qualité des eaux douces et du sol (dans le but de caractériser la biodiversité complexe des eaux douces et du sol pour ce qui est des micro-organismes et des invertébrés grâce à de nouvelles approches de métagénomique).]

10. Quels sont quelques-uns des facteurs qui exercent une influence favorable ou défavorable sur le transfert de connaissances/technologie aux utilisateurs finaux? (2.5)

11. Selon vous, est-il probable que le niveau d'impact atteint à ce jour grâce aux projets prioritaires communs aurait été atteint en l'absence du financement octroyé par l'IRDG pour ces projets? (2.7)

Leçons retenues

12. De votre point de vue, quelles sont les principales leçons retenues et les pratiques exemplaires découlant des quatre projets prioritaires communs qui ont été lancés jusqu'ici? (4.1)

Commentaires supplémentaires

13. Souhaitez-vous formuler des commentaires supplémentaires pour cette évaluation?

Merci.

Annexe C – Description technique des PPC

C1 : Salubrité des aliments et de l'eau (SAE)

1.0 Objectifs et activités du projet

1.1 Contexte et besoins

Lorsque le PPC SAE a été développé, l'ASPC estimait à environ 4 millions le nombre annuel de Canadiens atteints d'une maladie d'origine alimentaire. Ces maladies sont en bonne partie associées à la présence dans les aliments de bactéries comme Campylobacter, Clostridium Perfringens, Listeriosis, Salmonella, E. coli et Shigella. Les bactéries E. coli et Salmonella, sont particulièrement répandues et infectent de nombreux Canadiens.

L'ASPC, l'ACIA et leurs partenaires jouent un rôle clé dans la surveillance des éclosions. Lorsque des infections ou des symptômes sont signalés, des échantillons d'aliments sont envoyés en laboratoire pour y être analysés. Il faut parfois attendre jusqu'à cinq jours les résultats des tests traditionnels, période pendant laquelle les produits contaminés continuent d'être distribués et consommés par le public. L'IRDG a décidé de financer ce PPC pour favoriser le développement de techniques qui réduiraient la durée du travail en laboratoire nécessaire pour détecter la présence des bactéries. Ces techniques d'identification s'appuieraient sur la génomique et une nouvelle technologie de micropuce.

1.2 But, objectifs et activités de recherche

Le projet SAE est né de la collaboration de six ministères et organismes^{Note de bas de page 19} qui ont mis en commun leurs efforts pour développer les outils et l'infrastructure nécessaires à l'application de méthodes génomiques pour détecter les agents pathogènes, les isoler, les caractériser et en découvrir la provenance. Ce projet a été coordonné par Sabah Bidawid de Santé Canada et a bénéficié d'une enveloppe budgétaire totale de 7 567 727 $ sur la période de cinq ans allant de 2011 à 2016.

Les objectifs du projet SAE étaient d'abréger les analyses et de réduire les coûts des méthodes génomiques permettant de détecter, d'isoler et de caractériser les agents pathogènes, et de développer un système intégré à l'échelle fédérale pour gérer et stocker des données génomiques et les rendre librement accessibles de même que l'information connexe sur les agents pathogènes d'origine alimentaire ou hydrique.

Les activités menées dans le cadre du projet appartenaient à l'un ou l'autre de trois grands thèmes : 1) isolement et détection; 2) production d'information; et 3) bio-informatique.

Le thème isolement et détection comportait trois objectifs généraux (SC, AAC, ACIA, CNRC, EC, ASPC) :

• Réduire le délai nécessaire à la détection des agents pathogènes de 5 jours à 8 heures.
• Capturer avec précision une cellule unique et viable d'E. coli vérotoxinogène (ECVT) dans une unité d'aliment ou d'eau à analyser.
• Développer un appareil portatif et personnalisable pour détecter rapidement sur place les agents pathogènes d'origine alimentaire ou hydrique (technologie de micropuce) et en faire la caractérisation moléculaire.

Le thème production d'information regroupait les activités visant à appliquer la génomique à la poursuite de quatre objectifs globaux (ASPC, ACIA, CNRC, AAC, EC) :

• Améliorer les connaissances issues de la caractérisation moléculaire des ECVT collectées rétrospectivement et prospectivement, et de souches de Salmonella enterica (SE) dans le contexte canadien.
• Obtenir des caractérisations bactériennes traditionnelles et génomiques afin de mieux comprendre la provenance, la distribution et la signification sur le plan de la santé publique d'Escherichia coli vérotoxinogène (ECVT) et de SE au Canada.
• Appliquer la génomique à l'identification et à la différenciation rapides des souches d'ECVT et de SE.
• Développer, valider et transférer de nouveaux outils génomiques ou des outils génomiques améliorés s'appuyant sur des marqueurs discriminatoires pour établir la provenance des aliments et de l'eau, d'en faire le suivi et d'évaluer les risques qu'ils posent en raison de la présence d'ECVT et de SE.

Le thème bio-informatique avait trois objectifs globaux (ASPC, ACIA, SC, AAC) :

• Développer l'infrastructure computationnelle et informatique nécessaire pour stocker, gérer et analyser les données de la nouvelle génération pour améliorer les analyses épidémiologiques.
• Développer des outils analytiques pour extraire l'information nécessaire et l'intégrer aux méthodes améliorées d'identification, de différenciation et de caractérisation d'ECVT et de SE.
• Développer des programmes de formation pour rehausser les connaissances et les compétences en bio-informatique de tous les ministères et organismes participants.

1.3 Harmonisation avec les mandats et priorités de l'administration fédérale

Selon le rapport semestriel sur le rendement de 2013 des PPC (1^er avril 2013 au 30 septembre 2013, page 60), le projet SAE était, durant cette période, bien arrimé aux priorités coordonnées existantes et en émergence des ministères et organismes participant à la poursuite de ses objectifs.

La section 1.2 de l'architecture d'harmonisation de programme (AHP) de l'ASPC (2015) portait sur la promotion de la santé et la prévention des maladies. Cette section de l'AHP englobait le sous-sous-programme 1.2.1.3 : Maladies infectieuses d'origine alimentaire, environnementale et zoonotique, avec lequel le PPC SAE a été harmonisé.

Lorsque le PPC SAE a été lancé, d'autres organismes publics avaient aussi pour mandat de protéger les Canadiens contre les risques évitables pour la santé. Le but de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA) était de s'associer avec des organisations de recherche pour améliorer la salubrité des aliments et les systèmes de contrôle des maladies. Santé Canada (SC) jouait aussi un rôle dans la surveillance de la salubrité des aliments. Dans le sous-programme 2.2.1 de son AHP intitulé « Salubrité des aliments », il est stipulé que le Règlement sur les aliments et drogues fixe le cadre réglementaire nécessaire à l'élaboration, à la mise à jour et à la mise en œuvre du programme sur la salubrité des aliments. Les activités du PPC SAE concordaient aussi avec les mandats de recherche des autres ministères participants (AAC, CNRC et ECCC). Ainsi, l'AHP d'AAC (2015) incluait le secteur d'intervention portant sur les systèmes d'assurance qui englobait lui-même les problèmes de salubrité des aliments; et l'AHP du CNRC incluait une obligation de développer et de faire progresser des technologies susceptibles d'accroître la prospérité des industries canadiennes en appui aux priorités fédérales.

1.4 Partenaires, collaborateurs et intervenants

Le PPC SAE est le fruit de la collaboration entre six ministères et organismes fédéraux (AAC, l'ACIA, ECCC, SC, le CNRC et l'ASPC). Le projet a mis en cause plus de 50 chercheurs de ces organisations.

1.5 Profil financier

Le profil financier du projet SAE faisant état des fonds versés par l'IRDG et des fonds d'autres provenances (données sur l'effet de levier) est présenté aux tableaux C1.1 et C1.2 ci-dessous. Sur une période de cinq ans, l'investissement total dans le projet SAE a été d'environ 22,5 millions de dollars. Les crédits venant de l'IRDG représentaient environ 34 % des coûts totaux du projet et ceux venant d'ailleurs, et notamment des budgets ministériels (services votés) et d'autres sources, représentaient donc 66 % du financement total du projet^{Note de bas de page 20}.

2.0 Réalisations

2.1 Nouvelles réalisations scientifiques

On trouvera ci-dessous un résumé des progrès accomplis dans les différents volets du projet.

Projet d'isolement et de détection. Deux jalons ont été franchis. Premièrement, les travaux qui se concentraient sur la préparation initiale des échantillons et sur leur purification partielle ou complète afin d'isoler les agents pathogènes ciblés des particules de la matrice alimentaire susceptibles de nuire aux applications en aval sont terminés. Deuxièmement, des progrès ont été accomplis dans la réingénierie de la plateforme centrifuge à pales articulées et de la cartouche microfluidique m CHAS. Grâce à cette nouvelle conception, il est possible d'utiliser les méthodes industrielles de moulage par injection.

Plateforme d'essai en microfluidique. L'ACIA s'est associée au CNRC et à SC pour développer un nouveau test automatisé d'identification rapide des colonies de bactéries E. coli O157:H7 dans des échantillons alimentaires. Ce nouveau test est une adaptation d'un système « d'hybridation de puces à ADN sur tissu » (CHAS) développé par l'ACIA pour identifier la bactérie E. coli O157:H7 par la détection de marqueurs génomiques au moyen de la technique de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) pour qu'il fonctionne sur une nouvelle plateforme microfluidique développée par le CNRC qui automatise entièrement toutes les étapes d'ajout de réactif. Cette nouvelle version microfluidique de la CHAS élimine les opérations à forte intensité de main-d'œuvre inhérentes à cette procédure et augmente considérablement la productivité des analystes. Elle garantit aussi que les résultats des tests en laboratoire sont accessibles au moment opportun pour soutenir les décisions de gestion du risque pendant les enquêtes sur la salubrité des aliments.

Utilisation de micropuces pour identifier des bactéries. Dans les premières années du projet SAE, l'équipe du CNRC a perfectionné sa plateforme de capteurs photoniques avec câble au silicium. Des micropuces contenant jusqu'à 128 capteurs ont été fabriquées. La capacité de détection et d'identification multiplexées d'E. coli pathogène en suspension a été démontrée grâce à des anticorps monoclonaux (AcM) développés dans les laboratoires de l'ACIA. Les équipes de chercheurs ont établi un protocole d'essai pour le typage sérologique multiplex d'E. coli dans des échantillons d'aliments préparés par des laboratoires de SC et en ont fait la démonstration^{Note de bas de page 21}.

Thème de la production d'information. Des expériences de polissage de la séquence se sont poursuivies en 2015-2016 dans le but de générer des ressources génomiques complètes et entièrement fermées (c.-à-d. des génomes de qualité supérieure à ceux accessibles publiquement). En collaboration avec l'équipe du thème de la bio informatique, tous les génomes d'ECVT de SAE ont été utilisés pour développer et valider un outil de typage in silico d'E. coli (ECISTR) et d'autres nouveaux outils de bio-informatique. Le thème de la production d'information, en partenariat avec le thème de la bio-informatique a généré le catalogage et la caractérisation moléculaire les plus complets de la toxine de Shiga produisant E. coli dans les aliments et dans l'eau (STEC) et de SE au Canada à ce jour, ce qui a permis de comprendre quels sont les agents pathogènes ECVT et SE existant sur le territoire canadien, où ils se trouvent, à quel moment et pourquoi.

Thème de la bio-informatique. Un pipeline (SigSeekr) a été développé pour identifier les signatures génomiques de séquences d'une souche bactérienne donnée (p. ex., une souche d'ECVT associée à une éclosion de maladie d'origine alimentaire), ce qui a permis le développement rapide d'amorces PCR particulières à une souche et qui peuvent ensuite être déployées dans les laboratoires de première ligne pendant les enquêtes sur la salubrité des aliments. Le projet a ainsi développé une méthode PCR issue de souches spécifiques ciblant une souche de contrôle courante d'E. coli O157:H7. Un nouveau système a été développé pour accroître la capacité du Canada d'identifier rapidement les empreintes génomiques à des fins de diagnostic et de sous-typage en identifiant les signatures cibles dans des génomes pathogènes arbitraires ou dans des groupes de génomes en s'appuyant sur la plateforme d'analyse rapide et intégrée des maladies (IRIDA). Ces systèmes ont été mis en œuvre dans des laboratoires provinciaux.

2.2 Élaboration de politiques publiques fondées sur des faits et développement de nouvelles connaissances et technologies

Le PPC SAE a eu plusieurs retombées nouvelles dans ce domaine :

• Méthode génomique d'évaluation des effets des produits chimiques alimentaires sur le développement des allergies : Des chercheurs de SC se sont efforcés de développer des outils génomiques pour évaluer le potentiel allergène de produits chimiques susceptibles de contribuer à une augmentation de la prévalence des maladies causées par les allergies au Canada. Ces recherches effectuées en 2015-2016 ont produit des données qui intéressent les toxicologues du monde entier, les organismes de réglementation de SC ainsi que les responsables du Plan de gestion des produits chimiques du gouvernement du Canada qui participent tous à l'évaluation de nouveaux additifs et contaminants chimiques alimentaires, y compris les colorants et les nanomatériaux.
• Sécurité des prébiotiques pour les nourrissons : Dans le cadre de cette activité de projet, les chercheurs de SC ont évalué l'effet des fructooligosaccharides sur les communautés bactériennes intestinales des nourrissons pendant le sevrage et chez les rats, à plus long terme, afin de développer des méthodes génomiques d'évaluation de la composition des communautés bactériennes associées à l'ingestion de matières fermentescibles dans les laits maternisés. Cette activité de projet a déjà sensibilisé les organismes de réglementation de SC aux conséquences physiologiques éventuelles de l'ingestion de matières fermentescibles, surtout celles utilisées pour enrichir les préparations destinées aux nourrissons.
• Identification et caractérisation du microARN dans le sérum et le lait pour mesurer les effets sur la santé des toxines fongiques et des contaminants chimiques dans les aliments : Des chercheurs de SC se sont efforcés d'identifier et de caractériser le microARN dont la présence dans le sérum et le lait est associée à l'exposition alimentaire à des toxines fongiques et à des contaminants chimiques actuellement détectés dans les aliments. Ces travaux permettront la production de données toxicologiques réglementaires importantes qui éclaireront le processus d'évaluation des risques, accroîtront la capacité de SC de détecter la présence des toxines fongiques et des contaminants chimiques dans les aliments consommés par les Canadiens, et d'y réagir.
• Méthode génomique pour prédire les pathologies pulmonaires induites par des nanomatériaux : Les nanomatériaux peuvent avoir des effets néfastes chez les animaux. En s'appuyant sur ces résultats, un parcours de résultats néfastes décrivant les voies de toxicité de la fibrose pulmonaire induite par les nanomatériaux a été développé et présenté à l'OCDE en appui à des activités d'évaluation du risque.
• Méthode génomique appliquée à la compréhension du vaccin contre le virus respiratoire syncytial : Le virus respiratoire syncytial est courant et très contagieux. Il infecte les voies respiratoires des nourrissons et des jeunes enfants et il est la cause la plus fréquente de bronchite. Cette activité de projet visait à mieux comprendre la toxicité du vaccin contre ce virus et à établir des outils de réglementation pour en évaluer l'innocuité. Les données des recherches préliminaires ont été communiquées aux organismes de réglementation de SC responsables de l'évaluation des médicaments biologiques au Canada.
• Utilisation du séquençage de nouvelle génération pour la détection des mutations de novo afin d'établir les risques liés aux cellules germinales : Les mutations de novo sont associées à tout un éventail de phénotypes génétiques et sont de plus en plus reconnues comme contribuant à de nombreuses maladies humaines. Un génome de référence d'une souris Muta^MC a été cartographié, par séquençage complet, et un pipeline bio-informatique a été mis en place pour établir le spectre de mutation.
• Méthode génomique d'analyse de la normalisation et de l'évaluation du risque des produits de santé fondés sur des cellules souches : Dans cette activité de projet, les chercheurs de SC ont développé des outils diagnostiques qui permettraient une évaluation exhaustive des risques et des avantages associés à l'utilisation thérapeutique de cellules souches mésenchymateuses humaines. Deux nouveaux biomarqueurs ont été identifiés. La validation réussie de ces biomarqueurs sera à la base du développement de tests diagnostiques pour l'évaluation de produits de santé à base de cellules souches.
• Développement de méthodes toxicogénomiques pratiques pour la détection des dangers et l'évaluation des risques associés aux produits chimiques dans l'environnement : Dans cette activité de projet, les chercheurs de SC ont développé et validé des méthodes génomiques d'évaluation des risques qui épargneront du temps et offriront un meilleur ratio coût-efficacité dans le processus consistant à prédire si un produit chimique est susceptible d'endommager l'ADN ou d'avoir d'autres effets génétiques néfastes. Les données ont été fournies par le Health and Environmental Sciences Institute en vue d'une présentation au programme de qualification des biomarqueurs de la Food and Drug Administration des États-Unis pour faire valider ces outils génomiques. Des contributions importantes ont été apportées à la publication Next Generation Risk Assessment de l'Environmental Protection Agency des États-Unis sur l'application de la génomique à l'évaluation des risques pour la santé humaine.
• Utilisation des connaissances génomiques pour améliorer les programmes et les activités de santé publique associés aux maladies infectieuses et aux maladies chroniques : Surtout grâce aux activités de projet de l'ASPC, les chercheurs ont ajouté au développement d'une technologie génomique dans un réseau de laboratoires, la détection et l'épidémiologie génomique des agents pathogènes prioritaires et la réponse des collectivités, hôpitaux et organismes internationaux à la résistance aux antimicrobiens.

2.3 Connaissances ou technologies transférées aux utilisateurs finaux

Selon le rapport annuel sur le rendement 2015-2016, un total de 51 ateliers de transfert de connaissances aux utilisateurs finaux ont eu lieu au cours de cette période.

L'efficacité des technologies d'identification d'E. coli (tests en laboratoire) a été démontrée et les tests sont rendus aux phases de validation finales. La réaction en chaîne par polymérase 795 a été déployée dans le réseau des laboratoires d'essai en microbiologie alimentaire de l'ACIA, et elle finira par être aussi utilisée dans les laboratoires provinciaux.

• Le développement de micropuces a aussi progressé et on est rendu à l'étape des prototypes. Cette technologie est utilisée aux étapes finales des essais de détection des bactéries au moyen d'un appareil portatif qui a d'abord été adopté par les laboratoires de l'ACIA, mais qui devrait finir par être adopté par d'autres laboratoires publics.
• Les activités en bio-informatique ont donné de bons résultats : deux logiciels de bio-informatique ont été développés, soit SigSeeker qui sert à identifier les séquences signatures d'E. coli, et Neptune, un algorithme unique capable d'identifier les séquences signatures de tout organisme et d'effectuer des associations génotype-phénotype. Une plateforme logicielle a été déployée par PulseNet Canada pour mener ses activités de surveillance moléculaire des maladies d'origine alimentaire. La plateforme a été adoptée par les provinces qui ont intégré dans un seul grand réseau leurs bases de données et leurs serveurs. L'autre plateforme est FoodNet. Elle est utilisée par l'ASPC dans ses activités de surveillance.

La figure C1.1 ci-dessous schématise les transferts de connaissances entre les intervenants :

Figure C1.1 : Réseau de transferts de connaissances

Figure C1.1 : Réseau de transferts de connaissances - Version textuelle

Diagramme Web sur le transfert de connaissances entre les intervenants.

Les intervenants comprennent 13 institutions universitaires, 3 ministères provinciaux ou d'État, 4 ministères fédéraux canadiens et une organisation scientifique internationale.

L'ASPC a établi des liens concernant le transfert de connaissances avec 15 intervenants :

• Université de l'Alberta
• Université Dalhousie
• Université Simon Fraser
• Université de la Colombie-Britannique
• Université du Maryland, États-Unis
• Université de Lisbonne, Portugal
• Université du Manitoba
• Université de Guelph
• Université de Lisbonne
• Santé publique de la Colombie-Britannique
• CDC Atlanta, États-Unis
• ACIA
• AAC
• CNRC
• SC

Un volume important de transferts des connaissances, compris entre 10 et 13, a eu lieu avec la Santé publique de la Colombie-Britannique, l'Université Simon Fraser, l'Université de la Colombie-Britannique, l'Université du Maryland et l'Université de Lisbonne.

Le CNRC a également établi des liens concernant le transfert de connaissances avec 11 intervenants :

• Université d'Ottawa
• Université de Malaga, Espagne
• Université de Paris, France
• INRS
• Département de l'Agriculture de la Caroline du Nord, États-Unis
• CDC Atlanta, États-Unis
• Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (Conseil supérieur de la recherche scientifique)
• SC
• AAC
• ASPC
• ACIA

Le volume de transferts des connaissances entre le CNRC et les intervenants varie de 6 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre le CNRC et AAC et SC.

AAC a établi des liens concernant le transfert de connaissances avec 9 intervenants :

• Université d'Ottawa
• Université de Malaga, Espagne
• Université de Paris, France
• Université de la Colombie-Britannique
• Consejo Superior de Investigaciones Cientificas (Conseil supérieur de la recherche scientifique)
• Département de l'Agriculture de la Caroline du Nord, États-Unis
• CDC Atlanta, États-Unis
• CNRC
• ASPC

Le volume de transferts des connaissances entre AAC et les intervenants varie de 6 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre AAC et le CNRC.

L'ACIA a établi des liens concernant le transfert de connaissances avec 7 intervenants :

• Université de la Colombie-Britannique
• Université de Lisbonne
• Université de Guelph
• Santé publique de la Colombie-Britannique
• SC
• ASPC
• CNRC

Le volume de transferts des connaissances entre l'ACIA et les intervenants varie de 4 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre l'ACIA et l'ASPC et le CNRC.

SC a établi des liens concernant le transfert de connaissances avec 8 intervenants :

• INRS
• Université de Lethbridge
• Université d'Ottawa
• Université de Guelph
• Université du Manitoba
• ACIA
• CNRC
• ASPC

Le volume de transferts des connaissances entre SC et les intervenants varie de 6 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre SC et le CNRC.

2.4 Impact des technologies transférées

On estime que les maladies bactériennes aiguës d'origine alimentaire et hydrique coûtent aux Canadiens plus de 12 milliards de dollars par année. Le PPC SAE avait pour objet d'améliorer les systèmes de surveillance des aliments afin de détecter plus rapidement et plus précisément les agents pathogènes d'origine alimentaire et hydrique. Ce programme a eu deux impacts importants.

1. Il a donné lieu au développement d'un système fédéral intégré (PulseNet Canada) pour gérer, stocker et ouvrir l'accès aux données génomiques sur E. coli vérotoxinogène et Salmonella enteritidis à des fins de détection et de caractérisation dans un éventail diversifié de matrices d'aliments et d'eau et de matrices environnementales. Grâce à ce système, les utilisateurs ont plus rapidement accès à l'information et aux données et notamment à l'information sur les souches d'agents pathogènes préséquencées qui sont maintenant plus facilement accessibles en région, ce qui réduit les efforts nécessaires pour assurer la surveillance et permet d'intervenir rapidement pour protéger la santé publique après la détection d'un agent pathogène est détecté. Il facilite aussi la collaboration continue et le partage des pratiques exemplaires partout au Canada. Par exemple, grâce à l'information accessible sur PulseNet sur une maladie fongique récemment découverte qui attaque les cultures, la même maladie a été détectée chez les poissons. Des mesures ont ensuite été prises pour protéger la vie aquatique. Cette intervention n'aurait peut-être pas été possible sans cette base de données centralisée.
2. Le programme a aussi permis de développer des méthodes plus rapides d'isolement et de détection des sources d'agents pathogènes et le délai nécessaire est passé de cinq jours à moins de huit heures. Grâce au séquençage génomique uniformisé des souches d'agents pathogènes connues, les enquêteurs identifient plus rapidement et plus précisément les agents pathogènes dont la présence est ainsi confirmée plus rapidement. Portatives, ces nouvelles technologies facilitent énormément les tests d'échantillons d'aliments et d'eau à la source ou au point d'entrée dans le pays, ce qui réduit et continuera de réduire le temps de réponse en plus d'améliorer la précision de la réponse aux agents pathogènes d'origine alimentaire ou hydrique.

Les faits démontrent qu'à eux seuls, ces avantages partiels (sur une période de 10 ans) auront une valeur supérieure à celle des investissements de l'IRDG dans le projet SAE, soit 17 millions de dollars pendant la phase V (voir tableau C1.3).

Malheureusement, il est difficile d'évaluer les impacts réels du PPC SAE, car aucune analyse économique n'a été effectuée. Par ailleurs, si l'on fait abstraction du rapport sur le rendement de 2015-2016, on a peu d'information sur l'adoption réelle des technologies développées.

3.0 Collaboration interministérielle

3.1 Efficacité, efficience et portée de la collaboration interministérielle

Les participants aux entretiens ont reconnu que la collaboration entre les ministères et organismes participants a été utile et a joué un rôle important dans le succès du projet et que l'IRDG a facilité la collaboration active en simplifiant les échanges d'échantillons, de protocoles et d'information; le travail concret en collaboration et les réunions de travail sur des tâches précises. Selon les participants, avant l'IRDG, il y avait entre les ministères et organismes beaucoup de distance et de cloisons que l'IRDG a contribué à abattre grâce au projet SAE. Cette collaboration a été possible grâce au soutien financier et au cadre (charte de projet) offerts par l'IRDG.

La première vague de PPC de l'IRDG a été lancée dans le cadre de la phase V. Elle répondait à un besoin de collaboration interministérielle. Le principal avantage de cette collaboration est l'effet multiplicateur qu'elle a sur le savoir-faire dans plusieurs domaines. Le projet SAE était multidisciplinaire et englobait des activités de recherche en génomique et de développement de matériel informatique et de logiciels, des tâches qui ont été facilitées par la participation de plusieurs ministères, organismes et groupes de recherche.

L'analyse bibliométrique de l'évaluation de 2019-2020 illustre bien la collaboration interministérielle facilitée par le projet. Selon les constatations :

• Trois organismes fédéraux se situent parmi les vingt principaux collaborateurs selon le graphique des réseaux de collaboration : l'ASPC, SC et le CNRC.
• Un noyau solide d'institutions canadiennes participe aux activités de projet du PPC SAE de l'IRDG.
• Les institutions qui sont à la source du plus grand nombre de publications conjointes sont également celles qui comptent le plus grand nombre de collaborateurs.

Le rapport fait aussi état des conclusions suivantes :

• Quarante-deux pour cent (42 %) des publications ont été produites en collaboration avec au moins une autre institution.
• Trente-deux virgule cinq pour cent (32,5 %) des publications ont été produites par un auteur unique. Elles découlent le plus souvent d'une participation à une conférence.
• Cinquante-sept virgule neuf pour cent (57,9 %) des publications proviennent d'une seule institution. Il s'agit du taux de publications à auteur unique le plus élevé pour nos quatre ensembles de données prioritaires.
• Vingt-neuf virgule huit pour cent (29,8 %) des publications ont été produites en collaboration par trois institutions ou plus et sont associées à un article paru dans une revue et à une participation à une conférence.
• Trente-trois virgule trois pour cent (33,3 %) des publications ont été produites en collaboration avec au moins une organisation canadienne n'appartenant pas à l'administration fédérale, habituellement une université.
• Vingt virgule deux pour cent (20,2 %) des collaborations du PPC SAE ont été produites en collaboration avec des partenaires internationaux.

Les participants aux entretiens ont aussi reconnu que sans le cadre de collaboration créé par l'IRDG, les succès du projet SAE auraient été moindres.

3.2 Leçons retenues et pratiques exemplaires découlant de la collaboration interministérielle

Pratiques exemplaires

Les constatations qui suivent sont extraites du document sur la gestion de l'innovation produit durant la phase V des PPC.

• Il faudrait établir conjointement une liste (ou une base de données) d'utilisateurs finaux potentiels qui servirait initialement à recenser les organisations ou les personnes susceptibles d'être sollicitées pour une participation à la conception du projet.
• Pour faciliter le développement et l'exécution efficaces des projets, les participants à l'IRDG ont convenu à l'occasion d'un atelier tenu en novembre 2014 qu'il serait utile de créer un groupe « d'experts en la matière » qui, lorsque le besoin s'en ferait sentir, appuierait les PPC de l'IRDG. Cette communauté d'experts serait guidée par les Principes directeurs de la gestion de l'innovation.
• Dans le cas particulier du PPC SAE, l'équipe IRIDA a créé un nouveau chiffrier activé par macrocommandes pour saisir manuellement et conserver des métadonnées, un « gestionnaire de métadonnées » avec menus déroulants qui permet la saisie uniforme de l'Information. Cet outil a généré les données soumises aux archives publiques. Il a ensuite été adapté et utilisé pour d'autres projets, dont le projet RAM-IRDG. L'équipe d'IRIDA s'est aussi associée à celle du National Center for Biotechnology Information (NCBI) dans un effort pour rationaliser ses procédures de téléchargement en amont de données par lots, ce qui pourrait mener à la simplification du processus et faciliter la tâche consistant à ouvrir l'accès à toutes les données aux utilisateurs finaux.
• Le projet SAE a aussi mis en lumière l'importance d'uniformiser les annotations de données.

Problèmes et solutions

• En déployant plus d'efforts en amont pour bien définir les rôles et les responsabilités, on se serait épargné des efforts en aval.
• Les communications par conférence téléphonique avec les intervenants de l'extérieur devraient être plus suivies. Il a été proposé d'organiser de telles téléconférences à intervalles réguliers (une fois tous les six mois) afin d'échanger idées et perceptions. Certains intervenants de l'extérieur ont eu tendance à « amasser » de l'information, un phénomène qui découle des tendances traditionnelles dans les projets interministériels.
• Il faudrait augmenter le nombre d'utilisateurs finaux de l'extérieur dans les premières phases du projet afin d'accroître le volume des transferts de connaissances et d'obtenir des commentaires de rétroaction représentant un plus large éventail de points de vue.

C2 : Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine

1.0 Objectifs et activités du projet

1.1 Contexte et besoins

Selon l'Union internationale pour la conservation de la nature, après la destruction des habitats, les espèces envahissantes représentent la deuxième plus grande menace qui pèse sur la biodiversité. L'impact des espèces exotiques envahissantes (EEE) sur les écosystèmes, les habitats et les espèces indigènes est grave et souvent irréversible, et ses coûts annuels se chiffrent en milliards de dollars. La valeur des dommages causés à l'échelle mondiale par les espèces envahissantes est estimée à plus de 1 400 milliards de dollars (5 % de la valeur de l'économie mondiale)^{Note de bas de page 24 Note de bas de page 25}. Selon des études portant sur plus de 100 espèces, les coûts annuels moyens associés à chaque espèce envahissante en Amérique du Nord varient de 14 millions de dollars à 39 millions de dollars^{Note de bas de page 26}. Selon une étude de 2006 sur les retombées économiques prévues des dommages causés par les espèces non indigènes sur les pêches, l'agriculture et la foresterie canadiennes (l'étude porte sur 16 espèces nuisibles seulement), le coût annuel des dommages causés par ces espèces se chiffre entre 13,3 milliards et 34,5 milliards de dollars^{Note de bas de page 27}. Suivant le même principe, l'ACIA a estimé que l'impact annuel des espèces envahissantes se chiffre à 30 milliards de dollars, soit 20 milliards de dollars dans le secteur forestier, 7 milliards de dollars dans l'écosystème des Grands Lacs et 2,2 milliards de dollars dans le secteur agricole^{Note de bas de page 28}. De plus, la mondialisation, les changements climatiques et l'intensification des échanges commerciaux ont accru les risques d'introduction d'EEE.

La détection rapide des EEE et la mise en place de mesures préventives aux frontières coûtent moins cher que d'ensuite tenter de contrôler, de gérer et d'éradiquer les espèces envahissantes; et de composer avec le recul de la biodiversité et la perte de valeur intrinsèque des écosystèmes et les coûts associés aux activités tributaires des écosystèmes terrestres et aquatiques. Parmi les grands principes directeurs préconisés par la Convention sur la diversité biologique des Nations Unies (CDB) pour atténuer les effets des espèces exotiques qui menacent les écosystèmes, les habitats ou d'autres espèces, mentionnons la recherche et la surveillance, les échanges d'information, les contrôles aux frontières par des inspections des livraisons internationales, les vérifications douanières et des mesures de quarantaine et de collaboration.

Le PPC intitulé Protection de la biodiversité et du commerce au Canada contre les répercussions des changements à l'échelle mondiale grâce à une capacité accrue de surveillance des espèces envahissantes et de quarantaine (aussi appelé projet Espèces envahissantes et justiciables de quarantaine ou EEQ) se voulait un effort de recherche conjointe. Il a fait suite à la publication des principes directeurs invitant les intéressés à se concentrer sur le développement des connaissances et des outils génomiques afin de diminuer le nombre d'espèces envahissantes et justiciables de quarantaine pénétrant au Canada et d'atténuer les problèmes qui y sont associés.

1.2 But, objectifs et activités de recherche

Grâce à la génomique, le PPC EEQ a accru la rapidité, la sensibilité et la spécificité de la détection, d'où l'efficacité accrue des efforts de prévention et d'éradication visant à réduire le plus possible les pertes environnementales et économiques imputables à l'introduction et à la propagation d'espèces envahissantes. Le PPC EEQ avait pour objet d'augmenter la capacité des ministères et organismes (MO) de réglementation de manière à renforcer le rôle et la capacité de l'ensemble de l'administration fédérale dans la protection des ressources canadiennes et dans l'élargissement de l'accès aux marchés des produits canadiens en utilisant les outils les plus modernes pour détecter les espèces envahissantes et justiciables de quarantaine. Le PPC comptait cinq activités de projet (appelées sous-projets). Le nom de l'organisme responsable de chaque sous-projet figure en gras dans les paragraphes qui suivent.

Sous-projet 1 : Optimisation et normalisation des méthodes d'extraction des acides nucléiques (dirigé par l'ACIA, tous les MO)
Développer, optimiser et normaliser des méthodes efficaces d'extraction de l'ADN pour : 1) préserver et archiver des tissus provenant de diverses collections fédérales et 2) rassembler des échantillons prélevés sur le terrain en vrac pour une utilisation en détection directe sensible.

Sous-projet 2 : Codage à barres des espèces aquatiques envahissantes qui présentent le plus grand risque pour la faune indigène et le commerce au Canada (dirigé par le MPO, avec ECCC)
Développer des séquences d'ADN de référence afin de faciliter la détection des espèces envahissantes aquatiques qui présentent des risques élevés de causer des torts graves à la pêche commerciale et récréative, qui menacent la productivité de l'aquaculture, qui ont un impact sur la qualité de l'habitat et sur la productivité de l'écosystème, qui délogent les espèces indigènes et qui modifient la dynamique du réseau alimentaire. Ce sous-projet comptait trois thèmes : 1) aliments vivants et commerce des espèces pour aquarium, 2) invertébrés aquatiques dans les voies de transport maritime et 3) parasites aquatiques envahissants.

Sous-projet 3 : Codage à barres des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine dans les écosystèmes terrestres (dirigé par AAC, avec l'ACIA et RNCan)
Générer des bibliothèques de codes à barres qui fourniraient des éléments d'identification de base pour confirmer les identités et également des bibliothèques numériques taxonomiques fiables qui seraient au centre du développement de la prochaine génération de technologies de détection précoce. Ce sous-projet englobait cinq thèmes : 1) insectes et acariens, 2) nématodes, 3) champignons, 4) virus et phytoplasmes et 5) plantes envahissantes.

Sous-projet 4 : Détection directe des espèces envahissantes et justiciables de quarantaine (dirigé par l'ACIA, avec AAC, le MPO, ECCC, le CNRC et RNCan)
Évaluer l'application des méthodes de séquençage de la prochaine génération (SPG) pour la détection de différents groupes d'espèces envahissantes à partir d'échantillons environnementaux en vrac. Ce sous-projet englobait quatre thèmes : 1) insectes nuisibles aux forêts et à l'agriculture, 2) virus infectant les arbres fruitiers et la vigne, 3) cyanobactéries toxiques envahissantes et 4) analyse des voies d'entrée des espèces envahissantes.

Sous-projet 5 : Bio-informatique (dirigé par AAC, tous les MO)
Création d'une plateforme de cyberinfrastructure et de flux de travail accessibles à tous les MO participants afin de stocker l'information liée aux échantillons environnementaux et aux spécimens individuels, et pour gérer et analyser les données générées par les quatre autres sous-projets du PPC EEQ.

1.3 Harmonisation avec les mandats et priorités de l'administration fédérale

Signataire de la Convention sur la diversité biologique des Nations-Unies, le Canada est engagé dans la prévention, le contrôle et l'éradication des espèces envahissantes qui menacent les écosystèmes, les habitats naturels et les espèces indigènes^{Note de bas de page 29}. Les administrations fédérale, provinciales et territoriales se sont dotées en 2004 d'une Stratégie nationale sur les espèces exotiques envahissantes (la « stratégie sur les EEE »)^{Note de bas de page 30}, qui a pour objet de réduire les risques que font courir les espèces envahissantes à l'environnement, à l'économie et à la société, et de promouvoir des valeurs environnementales comme la biodiversité et le développement durable.

Les MO fédéraux à vocation scientifique appuient la stratégie sur les EEE et en guise de réponse aux problèmes causés par les espèces envahissantes terrestres et aquatiques, ont lancé un certain nombre de programmes et d'initiatives horizontales qui contribuent aussi à l'obtention des résultats stratégiques recherchés par l'administration fédérale^{Note de bas de page 31}. Conformément au partage des responsabilités en matière de prévention et de gestion des EEE, ECCC dirige les efforts liés aux espèces envahissantes animales (sous-programme Conservation des habitats fauniques et Stratégie fédérale de développement durable), le MPO s'occupe des problèmes liés aux espèces envahissantes aquatiques (Règlement sur les espèces aquatiques envahissantes), l'ACIA gère les plantes envahissantes et autres plantes nuisibles (Plan d'action pour les plantes terrestres et les phytoravageurs étrangers envahissants) et RNCan s'occupe des parasites forestiers (sous programme Science des perturbations des forêts et son application)^{Note de bas de page 32}. Il était prévu que les connaissances et les outils génomiques issus du PPC EEQ viennent appuyer les responsabilités fédérales clés suivantes :

• Résoudre ou prévenir les litiges commerciaux découlant d'allégations des partenaires commerciaux du Canada que des produits canadiens contiennent des organismes biologiques réglementés en confirmant l'absence de tels organismes.
• Maintenir ou élargir l'accès au marché des produits canadiens en confirmant l'absence d'organismes (ou d'espèces) biologiques faisant l'objet de restrictions chez nos partenaires commerciaux.
• Abréger la période de quarantaine des matières biologiques commerciales importées (p. ex., plantes d'importation à des fins de production agricole) en détectant la présence ou l'absence d'organismes biologiques ou espèces faisant l'objet de restrictions.
• Protéger les ressources agroalimentaires, halieutiques et forestières ainsi que les marchés intérieurs et internationaux connexes contre les espèces exotiques.
• Empêcher les pertes de biodiversité causées par des espèces exotiques.

Finalement, la diffusion et l'utilisation d'information génomique par le projet EEQ afin d'appuyer l'élaboration et la mise en œuvre de politiques publiques étaient aussi conformes à la stratégie en science, en technologie et en innovation du gouvernement fédéral publiée en 2014^{Note de bas de page 33}. Le projet contribue aux trois piliers décrits dans cette stratégie (personnes, connaissances, innovation) et appuie directement les priorités de recherche que sont l'environnement et l'agriculture et la plupart des domaines connexes.

1.4 Partenaires, collaborateurs et intervenants

Les chercheurs du PPC EEQ provenaient surtout de six MO fédéraux, en l'occurrence AAC, l'ACIA, le MPO, EC, le CNRC et RNCan. Ce projet était dirigé par AAC et comportait cinq sous-projets et thèmes dotés de responsables et de chercheurs principaux venant des MO participants. Le PPC EEQ était fortement axé sur la collaboration entre chercheurs et utilisateurs finaux appartenant ou non à l'administration fédérale. Un large éventail d'intervenants et d'utilisateurs finaux ont été mobilisés dans les universités, l'administration publique et l'industrie. Près de 140 chercheurs de plus de 60 organisations ont participé à ce projet, y compris dans le cadre d'une collaboration informelle ou non avec des collaborateurs de l'extérieur (41 % des collaborateurs venaient d'organisations internationales)^{Note de bas de page 34}.

Le PPC avait aussi conclu un accord de collaboration avec des chercheurs de l'Université de Colombie-Britannique (UBC). Ce partenariat a généré des données complémentaires pour le PPC EEQ et pour le projet d'identification par des méthodes génomiques des organismes attaquant les arbres (TIAGA) portant sur la génomique de la santé des forêts^{Note de bas de page 35}. Ce projet de grande envergure financé par Génome Canada a pour objet d'augmenter la capacité du Canada de diagnostiquer les maladies des arbres forestiers et de détecter et de surveiller les agents pathogènes en développant des ressources génomiques et en les utilisant (p. ex., outils diagnostiques pour utilisation sur place ou dans le cadre d'une offre de services à haut débit aux utilisateurs finaux).

Le Biodiversity Institute of Ontario (BIO) de l'Université de Guelph était aussi un partenaire important pour le traitement des données, pour les échanges de données et pour la recherche conjointe. Le 12 août 2012, AAC et l'Université de Guelph ont signé par l'entremise du BIO un protocole d'entente portant sur la constitution d'une bibliothèque de références exactes de codes à barres d'ADN d'espèces d'insectes de la Collection nationale canadienne d'insectes, d'arachnides et de nématodes d'AAC qui sera elle-même intégrée à la base de données du Réseau canadien des codes à barres ADN (BOLD). Le Centre canadien des codes à barres d'ADN (CCDB)^{Note de bas de page 36} a procédé au séquençage initial pour le PPC EEQ et lui a accordé un rabais de 50 % sur le coût du séquençage des spécimens aquatiques. Le PPC EEQ a aussi officialisé un accord conclu avec le Réseau canadien des codes à barres ADN^{Note de bas de page 37} qui a été financé par Génome Canada à des fins d'échange de données.

1.5 Profil financier

Le PPC EEQ a duré cinq ans de 2011-2012 à 2015-2016. Il était doté d'une enveloppe globale de huit millions de dollars venant de l'IRDG. Les MO participants ont par ailleurs apporté au projet des contributions en nature d'une valeur estimée à 14 millions de dollars, soit 64 % des coûts totaux prévus du projet (tableau C2.1). AAC a reçu la part du lion du financement venant de l'IRDG (40 %, dont 20 % pour le volet de bio-informatique partagée), mais a aussi été le MO dont les contributions en nature représentaient la plus forte proportion de l'ensemble des contributions reçues (35 %).

2.0 Réalisations

2.1 Développement de capacités uniques au sein de l'administration publique fédérale

Le PPC EEQ a soutenu au sein de l'administration fédérale la collaboration entre plus de 50 chercheurs scientifiques, professionnels et techniciens, boursiers postdoctoraux et étudiants des premier, deuxième et troisième cycles appartenant à six MO fédéraux^{Note de bas de page 38}. En ce qui concerne le développement de capacités uniques dans l'administration publique fédérale, le projet a jusqu'à maintenant contribué à :

• la mobilisation des ressources fédérales pour la recherche conjointe sur les espèces envahissantes;
• la mise en œuvre réussie, non sans problèmes techniques et administratifs, de la première plateforme horizontale bio-informatique de la cyberinfrastructure qui gère et analyse les données génomiques générées et mises à la disposition de l'ensemble des MO participants;
• l'établissement d'une base de données génomiques nationale élargie et de qualité supérieure qui peut être utilisée par tous les MO (et désormais par des organisations de l'extérieur) qui ont un intérêt pour la biodiversité et l'identification des espèces.

2.1 Nouvelles réalisations scientifiques

Les points suivants résument les réalisations scientifiques du PPC^{Note de bas de page 39} :

• Optimisation et normalisation : Près de 30 procédures opérationnelles normalisées (PON) pour l'extraction d'ADN à partir d'échantillons prélevés sur le terrain et d'échantillons en vrac, et de spécimens des collections de référence ont été créées, optimisées et normalisées :
  • PON sur l'extraction d'ADN provenant de tissus fixés au formol ou préservés dans l'éthanol;
  • PON sur l'extraction d'ADN végétal provenant d'herbiers, d'insectes, de sols et d'eaux.
• Codage à barres des espèces envahissantes aquatiques à risque élevé : Livraison de 11 800 séquences d'ADN ou codes à barres :
  • Les espèces de poissons d'eau douce canadiens ont été documentées, séquencées et entrées dans la base de données au Canada dans le cadre du PPC EEQ.
  • En ce qui concerne les invertébrés aquatiques, une collection de séquences d'ADN et d'information numérique connexe a été assemblée grâce aux activités du PPC EEQ et contient maintenant près de 3 000 spécimens qui ont été ajoutés à la base de données d'AAC.
  • En ce qui concerne les parasites aquatiques, des codes à barres de séquences ont été obtenus à partir de centaines de spécimens représentant quatre taxons cibles et ont été utilisés pour créer une base de données d'ADN de référence pour l'identification des espèces.
• Codage à barres des EEQ dans les écosystèmes terrestres : Échantillons d'insectes, d'acariens, de nématodes, de champignons, de phytovirus, de phytoplasmes et de plantes envahissantes. D'importants nouveaux échantillons provenant du Canada et de nos partenaires commerciaux ont été acquis, documentés, entrés dans les bases de données, séquencés et déposés dans les collections d'histoire naturelle fédérales.
• Détection directe d'espèces envahissantes ou justiciables de quarantaine : le projet EEQ a fait progresser les protocoles expérimentaux et de bio-informatique et a généré des données qui facilitent l'identification précise et rapide d'organismes cibles (notamment, des insectes, des phytovirus, des cyanobactéries et des poissons d'eau douce) à partir d'échantillons environnementaux. Le principe de la détection directe d'insectes ravageurs forestiers et des bases de données de référence connexes a été validé dans le cadre du PPC EEQ. Des manuscrits sur le développement des essais pour l'extraction d'ADN d'échantillons en vrac d'insectes ont été publiés. Toutefois, selon un répondant, les insectes et les autres groupes (nématodes, champignons, virus et phytoplasmes et plantes envahissantes) étaient trop diversifiés et la décision a été prise de se concentrer simplement sur les espèces envahissantes faisant courir un risque élevé aux écosystèmes aquatiques, ce qui a généré des ensembles de données de qualité supérieure. Toutefois, il a été impossible de développer une trousse d'outils de détection rapide des agents pathogènes et des espèces envahissantes réglementés pendant la durée du projet (cinq ans).
• Bio-informatique : Mise en œuvre et utilisation d'une plateforme de bio-informatique pour gérer et analyser les données génomiques générées et les rendre accessibles à tous les MO participants.

De 2012-2013 à 2014-2015, plus de 16 outils et méthodes de recherche ont été créés dans le cadre de ce sous-projet d'EEQ, puis transférés à des utilisateurs finaux.

Depuis la fin du PPC, des scientifiques ont effectué de la recherche en s'appuyant sur les données et les flux de travail en bio-informatique issus du PPC EEQ. Plusieurs publications ont été achevées ou sont encore en cours de rédaction (selon le plus récent rapport bilanciel d'EEQ mis à la disposition de l'équipe d'évaluation qui n'était cependant pas daté). Par exemple, AAC et RNCan ont récemment publié un manuscrit sur l'établissement d'espèces exotiques de coccinelles au Canada en s'appuyant sur 8 000 espèces de coccinelles et sur un ensemble de données comptant plus de 5 000 séquences d'ADN.

2.2 Élaboration de politiques publiques fondées sur des faits et développement de nouvelles connaissances et technologies

Comme l'évaluation précédente et le secrétariat de l'IRDG l'ont déjà mentionné^{Note de bas de page 40}, les histoires de réussite suivantes sont de bons exemples de l'impact d'EEQ sur l'élaboration de politiques publiques fondées sur des faits :

• Les données de l'IRDG sur le mildiou, un agent pathogène de la fève de soja, ont contribué au maintien d'exportations annuelles d'une valeur de 85 millions de dollars canadiens en Malaisie. Selon certains répondants, cette réalisation est attribuable à l'efficacité de la collaboration interministérielle dans le développement de bibliothèques de codes à barres d'ADN, de méthodes d'extraction de l'ADN, d'outils diagnostiques et de canaux de communication. Le projet EEQ a plus particulièrement permis à des chercheurs fédéraux d'utiliser les collections historiques de spécimens dans l'élaboration des PON sur l'extraction d'ADN qui ont ensuite servi au développement et à l'utilisation de nouvelles technologies d'identification.
• Les données sur les champignons générées par l'IRDG ont également permis d'éviter des résultats faussement positifs de présence dans des produits canadiens de base d'agents sélectionnés en vertu de la réglementation américaine, ce qui aurait pu nuire au commerce et créer des perturbations dont les retombées sur les exportations canadiennes de maïs auraient été importantes.
• Les données de l'IRDG sur les nématodes ont permis d'identifier officiellement des nématodes précédemment mal identifiés dans les pois jaunes, ce qui a facilité les négociations sur l'accès des pois canadiens au marché indien.
• Les méthodes de détection directe au moyen du séquençage de nouvelle génération (SNG) ont été appliquées à un virus qui infecte les arbres fruitiers et les vignes. La valeur de cette méthode et son potentiel de réduction des coûts et des délais et d'augmentation de la capacité de détection de nouvelles variantes de virus ont déjà été démontrés.
• La base de données et les outils de détection rapide mis au point durant le projet EEQ de l'IRDG sont testés afin de voir s'ils pourraient contribuer à contrôler la transmission d'un virus qui se propage par les aphidés qui colonisent les plants de framboises.

Les entretiens tenus dans le cadre de l'évaluation ont confirmé que le projet EEQ a joué un rôle important dans le développement d'initiatives scientifiques et technologiques susceptibles de soutenir l'élaboration des politiques publiques. Dans le budget de 2016, AAC a reçu 30 millions de dollars du Conseil du Trésor pour numériser sa collection. En 2017, des crédits de 80 millions de dollars ont été alloués à la construction d'un nouveau centre de recherche pour l'ACIA, le Centre pour la protection des végétaux. Situé à Sidney en Colombie-Britannique, ce nouveau laboratoire est la seule installation de quarantaine post-entrée, de recherche et de diagnostic qui se consacre aux arbres fruitiers, aux vignes et aux petits fruits, et il lui incombe d'effectuer les tests de détection de virus dans les plantes (Centre pour la protection des plantes, laboratoire de Sidney). Le lien entre EEQ et ce centre a été reconnu par la haute direction.

2.3 Connaissances ou technologies transférées aux utilisateurs finaux

• Bien que nous ne disposions d'aucune donnée de suivi sur l'utilisation des PON, ces dernières ont été transférées avec succès à tous les MO participants ainsi qu'à plusieurs groupes de recherche universitaires.
• Des lignes directrices, de la formation et un soutien ont été offerts aux utilisateurs finaux et aux collaborateurs.
• Des sites SharePoint ont été créés sur le Web pour héberger les versions les plus récentes de certains documents et de certaines données afin que tous les participants aux projets et les comités consultatifs y aient accès.
• Des accords de partage des données avec les intervenants de l'administration fédérale et d'autres ont été conclus dans le cadre du projet EEQ.
• Les données de projet ont été déposées dans les bases de données génomiques fédérales et dans les bibliothèques publiques utilisées par les MO et les établissements de recherche universitaires et les organisations provinciales ou de l'extérieur de l'administration fédérale (voir figure 2).
• Des ateliers de transfert de connaissances ont été organisés à l'intention d'intervenants et d'utilisateurs finaux.

Le PPC a généré un volume important de publications revues par des pairs ou de présentations qui ont contribué à la diffusion de l'information aux utilisateurs finaux.

L'analyse bibliométrique a recensé un total de 220 publications associées au PPC EEQ de l'IRDG. De ces 220 publications utilisées pour une analyse des réseaux de collaboration, environ 60 % étaient des présentations à des conférences (46 %) ou des participations à des conférences (14 %) et les autres étaient surtout des articles (29 %). Pour les 59 publications indexées dans Scopus, le nombre moyen de citations par document a été de 50,8, avec un facteur d'impact pondéré par discipline élevé (FIPD) de 2,09. Les publications d'EEQ représentent 15 % de la tranche des 10 % de publications les plus citées dans la discipline.

Figure C2.1 : Analyse des réseaux de collaboration — PPC EEQ (avec plus de 3 publications conjointes)

Figure C2.1 - Version textuelle

Diagramme Web de l'analyse du réseau collaboratif pour les PPP concernant les EEQ.

Les intervenants comprennent 13 institutions universitaires, 3 ministères provinciaux ou d'État, 7 ministères fédéraux canadiens et une organisation de recherche et de technologie, CNRS, France.

AAC a établi des liens de collaboration avec 11 intervenants :

• Université d'Auburn, Australie
• Université de la Saskatchewan
• Université de Veracruz, Mexique
• Université Harvard, États-Unis
• Université de Californie, États-Unis
• Département de l'Agriculture des États-Unis, États-Unis
• RNCan
• SC
• ASPC
• CCG

Le volume de transferts entre AAC et les intervenants varie de 23 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre AAC et l'ACIA.

L'ACIA a établi des liens de collaboration avec 11 intervenants :

• Université de la Colombie-Britannique
• Université de La Rochelle, France
• Université de Guelph
• FP Innovations
• Musée royal de la Colombie-Britannique
• CNRS, France
• SC
• CNRC
• RNCan
• AAC
• MPO

Le volume de transferts entre l'ACIA et les intervenants varie de 23 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre l'ACIA et AAC.

Le MPO a établi des liens de collaboration avec 11 intervenants :

• Université de Guelph
• Université Saint Mary's
• Université Dalhousie
• Université de Windsor
• Université de Washington, États-Unis
• Université de Toronto
• Université de La Rochelle, France
• Musée royal de la Colombie-Britannique
• Ministère de l'Environnement de la Colombie-Britannique
• CNRS, France
• ACIA

Le volume de transferts entre Le MPO et les intervenants varie de 22 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre le MPO et l'ACIA.

ECCC a établi des liens de collaboration avec 2 intervenants :

• Université Concordia
• Université Dalhousie

Le volume de transferts entre ECCC et les intervenants varie de 8 à 3, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre ECCC et l'Université Concordia.

SC a établi des liens de collaboration avec 2 intervenants :

• ACIA
• AAC

Le volume de transferts entre SC et les intervenants varie de 8 à 7, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre SC et l'ACIA.

Le CNRC a établi un lien de collaboration avec 1 partie prenante :

• ACIA

Le volume de transferts entre le CNRC et l'ACIA est de 4.

L'ASPC a établi un lien de collaboration avec 1 partie prenante :

• AAFC

Le volume de transferts entre l'ASPC et AAC est de 3.

La CCG a établi un lien de collaboration avec 1 partie prenante :

• AAFC

Le volume de transferts entre la CCG et AAC est de 6.

Ces publications sont le fruit du travail de 394 chercheurs venant de 173 institutions et 37 pays. Plus de la moitié ont été produites en collaboration par au moins deux organisations (58 %) et plus du tiers par trois organisations ou plus (36 %). Le projet EEQ est celui des quatre PPC dont le taux de collaboration est le plus élevé. Il a attiré de nombreux collaborateurs universitaires canadiens et étrangers (figure C2.1 ci dessus). Les chercheurs du projet EEQ ont aussi donné des conseils scientifiques et joué un rôle prépondérant dans des comités nationaux ou internationaux dans le domaine de la génomique.

2.4 Impact des technologies transférées

Selon la plupart des répondants et des documents, la position enviable du Canada sur la scène mondiale de l'utilisation des outils génomiques à des fins de réglementation est en partie attribuable au PPC EEQ. Un bon nombre des personnes interrogées estiment que le PPC EEQ a procuré au Canada les outils pour rester concurrentiel en lui fournissant la capacité et les données de codes à barres nécessaires à l'exécution de projets utilisant le séquençage de nouvelle génération (SNG) d'échantillons environnementaux dans des disciplines comme la métagénomique.

• Les PON et les prototypes d'outils microfluidiques de détection directe (dans des échantillons environnementaux, prélevés sur le terrain et en vrac) développés dans le cadre du projet EEQ ont servi de base au PPC Écobiomique.
• La plateforme de bio-informatique du projet EEQ et les leçons qu'on a retenues du projet ont aussi été utiles au PPC Écobiomique dans le cadre duquel on met actuellement au point une plateforme dotée d'une capacité accrue de calcul, d'outils d'analytique en bio-informatique, et d'une capacité améliorée de stockage et de partage de données.

Le rapport bilanciel du PPC EEQ et les entretiens révèlent également que des projets dérivés et des extrants ont émergé de ce PPC.

• De multiples PON d'extraction de l'ADN ont été transférées à des groupes d'utilisateurs et le suivi assuré auprès des utilisateurs finaux a démontré une amélioration des résultats des activités d'extraction d'ADN et une augmentation de l'efficacité des diagnostics.
• Des spécimens additionnels ont été séquencés avec succès et rendus accessibles au moyen de l'application Web développée à l'interne par AAC (SeqDB) qui sert à la gestion de la collection de matériel biologique et au suivi des séquences d'ADN intégrées en plus d'être utilisée par les bases de données publiques (notamment, BOLD et GenBank).
• Les protocoles d'EEQ sont maintenant devenus des PON standard dans les laboratoires d'AAC et ont été intégrés aux programmes de recherche de tous les projets en cours et à venir portant sur le codage à barres d'ADN et sur la taxonomie.
• Des références seront utilisées dans un nouveau projet sur la détection directe des espèces envahissantes d'invertébrés marins en Colombie-Britannique. Trois nouveaux projets financés par le MPO et le gouvernement de la Colombie-Britannique découlent des compétences ou des capacités développées dans le cadre du projet EEQ en lien avec les invertébrés aquatiques.
• ECCC intègre maintenant les parasites au projet STAGE de lutte contre la pollution (application stratégique des technologies génomiques dans le domaine de l'environnement) et le financement du programme sert aussi à discriminer les parasites dans des projets d'étude du stress cumulatif.
• Un chercheur d'AAC a obtenu du financement pour une étude systématique approfondie des complexes d'espèces de rouilles identifiés dans le cadre des analyses préliminaires des codes à barres d'ADN du projet EEQ.
• Les protocoles du projet EEQ sont maintenant utilisés dans les travaux de l'ACIA en métagénomique. Ils servent de bases de données ou d'outils de référence pour la surveillance des champignons dans des sites d'intérêt précis.
• Des équipes de chercheurs du MPO (à Moncton et Nanaimo) travaillent maintenant conjointement dans le cadre de nouveaux projets.
• Une collection de codes à barres de plantes envahissantes est accessible au laboratoire de diagnostic de l'ACIA et est à la source de deux projets dérivés financés par l'ACIA qui appliqueront les PON du projet EEQ. Le projet EEQ a également contribué à la caractérisation de nouveaux virus, à la création de nouvelle information sur la distribution des virus et sur de nouvelles trajectoires potentielles.
• RNCan et l'ACIA procèdent à l'analyse de la quantité d'ADN récupérés en fonction de la taille des organismes pour déterminer si des niveaux peuvent être établis pour dénombrer les organismes dans des extractions de masse.

Toutefois, l'objectif du projet EEQ de mettre en œuvre un outil diagnostique de terrain pour tester des échantillons afin d'y détecter la présence d'agents pathogènes et d'espèces envahissantes réglementées et pour surveiller l'arrivée de nouveaux organismes potentiels n'a pas été atteint. Selon certains répondants, la recherche sur les virus de l'ACIA et d'AAC au Centre pour la défense des végétaux conduira éventuellement au développement d'outils diagnostiques améliorés en automatisant le séquençage du génome des plantes à la recherche de virus. Cette technologie pourrait au bout du compte être transférée à des producteurs et des importateurs pour surveiller si les plantes sont exemptes de virus un certain temps après leur importation. Mais pour l'instant, l'intégration d'outils diagnostiques génomiques aux activités générales des organismes de réglementation et des autres organisations actives au sein de l'industrie, et leur utilisation pour régler des problèmes d'accès aux marchés et d'autres problèmes commerciaux ne se sont pas encore concrétisées.

3.0 Collaboration interministérielle dans la recherche

Les répondants ont unanimement confirmé que le PPC EEQ avait accru le nombre de projets menés en collaboration avec d'autres ministères et que dans de nombreux cas, cette collaboration aurait été impossible en l'absence du PPC. L'existence d'un budget précis, l'accès au site et à une collection d'échantillons grâce à la participation des MO ainsi qu'un ensemble commun de PON et une volonté de collaborer sont autant de facteurs qui ont été soulignés comme jouant un rôle crucial dans la réussite de cette collaboration. Dans les deux évaluations, des preuves de l'augmentation de la collaboration ont été citées par les répondants de tous les MO participants. De plus, bon nombre d'entre eux ont souligné que des possibilités de collaboration ont continué de se présenter après la fin du PPC EEQ. Les propos suivants sont représentatifs de ce point de vue :

« Oui, le projet a amélioré la collaboration interministérielle. Dans le cas d'Écobiomique et du projet EEQ, les PPC ont permis de nouvelles collaborations avec des ministères utilisant les mêmes approches et techniques que nous, mais avec qui nous n'interagissons pas habituellement parce qu'ils ne travaillent pas dans les mêmes disciplines ou ne cherchent pas à répondre aux mêmes besoins. »

Comme l'a souligné un répondant, les PPC de l'IRDG sont attrayants et suscitent beaucoup l'attention et l'intérêt de partenaires éventuels, ce qui permet de mobiliser des fonds d'autres provenances. En 2016, les équipes des PPC SAE et EEQ ont reçu conjointement un Prix d'excellence de la fonction publique pour leur contribution scientifique et leur saine gestion interministérielle^{Note de bas de page 41}. L'analyse du réseau de collaboration illustre bien les liens interministériels créés par la publication conjointe d'articles. Tous les MO ayant participé au projet sont représentés dans le réseau des publications conjointes. Comme l'illustre la figure C2.2, AAC et l'ACIA dominent la carte de la collaboration en ce qui concerne le projet EEQ, les liens les plus forts ayant été créés entre l'ACIA, RNCan, le MPO et ECCC. SC, l'ASPC et ECCC ont moins de liens de publication conjointe avec les autres partenaires.

Figure C2.2 : Analyse du réseau de collaboration du PPC (ministères fédéraux seulement)

Figure C2.2 - Version textuelle

Diagramme Web de l'analyse du réseau collaboratif pour les PPP concernant les EEQ (ministères fédéraux uniquement)

Les ministères fédéraux comprennent AAC, ACIA, RNCan, SC, ASPC, ECCC, MPO, CNRC, CCG

AAC et l'ACIA ont établi le plus grand nombre de liens de collaboration.

AAC a établi des liens de collaboration avec 7 organismes ministériels :

• CCG
• CNRC
• RNCan
• MPO
• ACIA
• ASPC
• SC

Le volume de transferts entre AAC et les intervenants varie de 23 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre AAC et l'ACIA.

L'ACIA a établi des liens de collaboration avec 7 organismes ministériels :

• AAC
• CNRC
• RNCan
• MPO
• ECCC
• ASPC
• SC

Le volume de transferts entre AAC et les intervenants varie de 23 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre l'ACIA et AAC.

3.1 Leçons retenues et pratiques exemplaires découlant de la collaboration interministérielle

Pratiques exemplaires

La pratique exemplaire la plus souvent mentionnée par presque tous les répondants est la collaboration interministérielle inhérente à tous les projets. Les aspects suivants ont plus particulièrement été soulignés :

• Décision de réserver des fonds à la collaboration interministérielle dans le cadre d'un grand projet. Un répondant a souligné qu'on envisageait actuellement de présenter le modèle du projet EEQ comme base pour des discussions interministérielles sur la création d'un nouveau pôle de recherche fédéral.
• Gouvernance à l'échelle de la haute direction (sous-ministres adjoints et comité consultatif de direction). Cette caractéristique a été perçue comme déterminante et était réputée comme un élément du succès du projet parce qu'elle a attiré l'attention sur ses objectifs communs et permis de se concentrer sur ceux-ci.
• Solidité de la démarche, de la structure et des outils de gestion du projet. Ces facteurs ont aussi été considérés par les répondants comme un élément du succès du projet EEQ parce qu'ils ont permis d'établir des attentes claires et des livrables précis.
• Outils de gestion des connaissances (charte de projet et modèles/outils de gestion, lignes directrices et notes de pratiques).

Leçons retenues

Selon tous les répondants, les problèmes liés à l'infrastructure informatique commune et au réseau intégré pendant la mise en œuvre du volet de bio-informatique constituent le facteur qui a le plus nui à la collaboration entre les MO et ces problèmes ont donc eu des conséquences sur les progrès rendus possibles par le PPC EEQ. Le stockage et l'échange de données à des fins de bio-informatique constituent un des principaux goulots d'étranglement des projets de génomique et la mise sur pied d'une infrastructure intégrée commune pour tous les ministères et organismes participants représentait un véritable défi. Les enjeux liés à la participation de SPC au projet ne font pas partie du périmètre de l'évaluation. Nous pouvons tout de même dire que selon certains répondants, l'équipe du projet a accompli un bon travail en présentant les besoins de bases de données de l'IRDG comme un modèle dont SPC devrait s'inspirer pour intégrer, à l'occasion de futurs projets, des fonctions de partage de données scientifiques et de collaboration à une infrastructure informatique.

La cyberintrusion et l'interruption connexe des services informatiques survenues au CNRC (en 2014) ont eu de graves effets sur certains éléments clés du projet. Les chercheurs du projet EEQ ont eu des problèmes à accéder à leurs données de séquençage; il leur a parfois fallu attendre jusqu'à six mois pour les obtenir après l'envoi des échantillons au CNRC. Ces problèmes informatiques ont causé des retards dans le séquençage et le transfert des données dans la base de données centrale. En conséquence, une équipe de chercheurs, de représentants de SPC et de hauts dirigeants ont accepté de travailler en étroite collaboration à l'amélioration de l'infrastructure informatique.

Des problèmes administratifs et financiers interministériels avaient été détectés par l'évaluation précédente. L'embauche de PHQ était compliquée, ce qui n'a pas été sans effet sur la prestation du PPC EEQ. La R-D en génomique dépend fortement de la contribution des chercheurs postdoctoraux. Dans un cas précis, ECCC et le MPO ont éprouvé des difficultés initiales à établir leur capacité de séquençage et à recruter les personnes possédant les compétences requises, car l'embauche (et la rémunération conjointe) prévue d'un boursier postdoctoral qu'ils souhaitaient se partager a été retardée (de neuf mois) par des obstacles administratifs. Parmi les principales leçons retenues mentionnées dans l'évaluation précédente, il avait été établi que les processus financiers et administratifs des projets devaient être vérifiés (préarrangés et préapprouvés) et harmonisés dans tous les MO participants. De plus, les dépenses de fonctionnement et d'entretien admissibles à l'enveloppe budgétaire de l'IRDG devraient être révisées afin de permettre le financement des salaires des employés qui travaillent dans le cadre du PPC.

De plus, les dépenses de fonctionnement et d'entretien admissibles à l'enveloppe budgétaire de l'IRDG devraient être révisées afin de permettre le financement des salaires des employés qui travaillent dans le cadre du PPC.

Finalement, de l'avis de nombreux répondants, la fin du financement après cinq ans a fait perdre bon nombre d'occasions, car il est impossible à l'intérieur d'une période si courte de résoudre des problèmes d'une telle complexité, et de développer entièrement et transférer des technologies utilisées à des fins de réglementation. La citation suivante illustre bien le besoin continu de soutenir la collaboration interministérielle du projet EEQ :

« De nombreux éléments mis en place dans le cadre du projet EEQ sont prêts à être utilisés et sont en fait utilisés par d'autres groupes, et c'est un bel héritage de ce projet. Toutefois, si nous avions été en mesure de faire les choses différemment, notamment en prolongeant la période de financement de quelques années ou peut-être en concentrant le financement sur certains sous-groupes pendant ces quelques années de plus. »

« Certains groupes avaient pratiquement fini de documenter la diversité moléculaire [et étaient presque prêts à développer et à tester sur le terrain des outils diagnostiques]. J'étais favorable à la poursuite du projet EEQ. Nous l'avons dit. Toutefois [la haute direction] a décidé de passer à autre chose [à un autre thème du projet]. »

C3 : Résistance aux antimicrobiens (RAM)

1.0 Objectifs et activités du projet

1.1 Contexte et besoins

L'exercice de la médecine humaine et vétérinaire moderne dépend lourdement des antimicrobiens. Il s'ensuit que le développement de toute résistance aux antimicrobiens menace gravement la santé mondiale. Les infections résistantes aux antimicrobiens sont pourtant de plus en plus fréquentes et de plus en plus difficiles à traiter^{Note de bas de page 42}. En 2019, l'administratrice en chef de la santé publique du Canada a rappelé que si aucune action n'est prise, d'ici 2050, le nombre annuel de décès attribuables à la résistance aux antimicrobiens pourrait être aussi élevé que 10 millions^{Note de bas de page 43}. Chaque année, au Canada, plus de 18 000 patients hospitalisés contractent des infections résistantes aux antimicrobiens. « Les seuls décès directement liés au Clostridium difficile ont quintuplé au cours des dix dernières années^{Note de bas de page 44} ».

Pendant les ateliers de planification du PPC RAM tenus en 2015, les ministères fédéraux ont constaté un chevauchement des problèmes de résistance aux antimicrobiens chez les humains, les animaux et dans l'environnement, dans le contexte de l'approche « un monde, une santé ». Vu l'utilisation répandue des antibiotiques dans la production alimentaire et les retombées possibles de cette pratique sur la présence de bactéries résistantes dans les aliments, le projet s'est d'abord concentré dans ce domaine d'études de la RAM^{Note de bas de page 45}. Le projet fait partie de la réponse du Canada à la RAM et correspond d'ailleurs au pilier « innovation » mentionné dans le document paru en 2015 intitulé Résistance et recours aux antimicrobiens au Canada – Cadre d'action fédéral.

1.2 But, objectifs et activités de recherche

Amorcé en 2016, le PPC RAM se poursuivra jusqu'en 2021 grâce à une enveloppe budgétaire totale de neuf millions de dollars venant de l'IRDG. Le responsable du projet appartient à AAC, et l'ACIA, SC, l'ASPC et le CNRC y participent.

Le projet s'appuie sur la génomique pour mieux comprendre comment la production alimentaire contribue au développement de la résistance aux antimicrobiens. Le projet explore également des stratégies de réduction de la résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production alimentaire. Les deux objectifs primordiaux du projet se définissent par conséquent comme suit :

1. en venir à une compréhension des activités critiques qui contribuent au développement de la résistance aux antimicrobiens dans les systèmes de production alimentaire et les voies d'exposition critiques par lesquelles les bactéries résistantes parviennent jusqu'aux humains;
2. contribuer à la validation de technologies, de pratiques et de politiques publiques viables sur le plan économique afin de ralentir le développement de la RAM dans les systèmes de production alimentaire.

Le projet comportait cinq blocs de tâches qui contribuent chacun à différents aspects de ces deux objectifs plus généraux.

Bloc de tâches 1 : Séquençage du génome entier (dirigé par l'ACIA avec la collaboration d'AAC et de l'ASPC)
Au moyen des collections de bactéries, des échantillons et des capacités de séquençage et d'informatique des différents ministères (l'ASPC, SC, AAC, EC et l'ACIA), l'équipe procède au séquençage et à l'évaluation d'un grand nombre de bactéries afin de tester leur résistance aux antibiotiques.

Bloc de tâches 2 : Trousse d'outils (dirigé par l'ASPC avec la collaboration de l'ACIA, de SC et d'AAC)
Ce bloc vise à faire progresser la technologie et les méthodes utilisées pour obtenir et analyser les données génomiques portant sur la RAM. L'équipe travaille au développement d'outils de laboratoire, de bio-informatique et de visualisation/modélisation.

Bloc de tâches 3 : Dynamique de la transmission de la RAM (dirigé par l'ASPC avec la collaboration d'AAC, de SC et de l'ACIA)
Des experts génèrent des renseignements améliorés portant précisément sur la base génétique de la RAM dans les bactéries résistantes.

Bloc de tâches 4 : Atténuation (dirigé par AAC, avec la collaboration du CNRC)
L'équipe évalue des stratégies d'atténuation de la RAM dans les systèmes de production alimentaire.

Bloc de tâches 5 : Risque (dirigé par l'ASPC avec la collaboration de SC et de l'ACIA)
L'équipe travaille au développement d'une série de produits d'évaluation des risques de RAM qui pourront ensuite être utilisés dans l'élaboration des politiques publiques.

1.3 Harmonisation avec les mandats et priorités de l'administration fédérale

La RAM est un problème très préoccupant qui touche directement la santé des Canadiens et la salubrité de la chaîne de production alimentaire. Selon le Cadre d'action fédéral, la tâche consistant à freiner la menace croissante que représente la résistance aux antimicrobiens est une responsabilité commune et le rôle de l'administration fédérale consiste, entre autres choses, à diffuser des connaissances et à faciliter l'innovation dans ce domaine.

Les documents de planification du projet et des entretiens avec les principaux informateurs soulignent l'importance pour l'administration fédérale d'effectuer de la recherche maintenant afin d'éclairer le développement des futures politiques publiques et des futurs règlements sur la RAM. La recherche sur la question est par ailleurs au diapason avec le mandat fédéral de surveillance et d'intendance dans le domaine de la salubrité des aliments et de la santé humaine. Le projet vise plus particulièrement à apporter une contribution au Système canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (SCSRA) et au Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA), deux programmes relevant de la responsabilité de l'ASPC.

Il y a aussi une concordance certaine entre le projet et le mandat de chacun des principaux ministères comme ils sont décrits dans le Cadre d'action fédéral^{Note de bas de page 46}.

• L'ASPC est à la tête des efforts déployés à l'échelle nationale pour étudier les effets sur la santé publique de la résistance aux antimicrobiens et de l'utilisation de ceux-ci. L'Agence travaille avec des partenaires nationaux et internationaux dans les domaines de la surveillance, des analyses en laboratoire, des éclosions de maladies infectieuses, de la sensibilisation du public et de l'élaboration de lignes directrices en matière de santé publique.
• Santé Canada réglemente l'approbation des médicaments antimicrobiens pour humains et animaux en vente au Canada et il lui incombe d'établir les politiques publiques et les normes liées à la salubrité et à la qualité nutritive des approvisionnements alimentaires.
• L'ACIA applique la réglementation canadienne en matière de santé et sécurité des animaux et des approvisionnements alimentaires. Pour appliquer la réglementation, l'ACIA a recours aux outils suivants : inspections; activités de surveillance, délivrance de permis et système d'enregistrement dans les secteurs des aliments pour le bétail, des produits biologiques d'usage vétérinaire et des produits de santé ou des aliments pour les animaux. L'ACIA participe à l'élaboration des normes nationales en biosécurité et dirige le Programme de reconnaissance de la salubrité des aliments à la ferme.
• AAC appuie le développement et l'adoption des systèmes de soins pour les animaux, de biosécurité et d'assurance de la salubrité des aliments à la ferme par l'industrie ainsi que la recherche de solutions de remplacement aux antimicrobiens. Le Ministère exerce aussi une surveillance sur les échanges commerciaux et l'accès aux marchés. AAC travaille en étroite collaboration avec le secteur de la production animale pour garantir sa pérennité sur un marché mondial de plus en plus concurrentiel.

Les contacts du CNRC avec l'industrie et sa capacité dans le domaine de la génomique sont utilisés dans le cadre du bloc de tâches 4 où il contribue à l'évaluation de la nature de la RAM sur le continuum « de la ferme à l'assiette ».

1.4 Partenaires, collaborateurs et intervenants

Le projet met surtout en cause des chercheurs de cinq ministères et organismes fédéraux en l'occurrence, AAC, l'ACIA, SC, l'ASPC et le CNRC (dans un seul bloc de tâches). Un large éventail d'intervenants fédéraux et d'utilisateurs finaux ont aussi été mobilisés, notamment des représentants des milieux universitaires et de l'industrie. La nature et la portée de cet engagement et de la collaboration sont décrites avec plus de détails ci-dessous.

1.5 Profil financier

La distribution des fonds de l'IRDG aux différents ministères dans le cadre de ce PPC est illustrée au tableau C3.1 ci-dessous.

2.0 Réalisations

2.1 Développement de capacités uniques au sein de l'administration publique fédérale

En 2018-2019, le PPC RAM a appuyé au sein de l'administration fédérale les travaux de plus de 80 chercheurs, professionnels et techniciens ainsi que de 5 boursiers postdoctoraux ou chercheurs invités, de 23 étudiants diplômés, de 12 étudiants de premier cycle et de 2 agents d'administration. En ce qui concerne le développement de capacités uniques au sein de l'administration publique fédérale, le projet a jusqu'à maintenant contribué aux réalisations suivantes :

• Création d'une communauté scientifique sur la RAM grâce à la collaboration interministérielle et à l'adoption de protocoles communs de séquençage. Les multiples blocs de tâches contribuent au développement d'outils et de techniques qui sont ensuite partagés par l'entremise de l'Integrated Rapid Infectious Disease Analysis Project (IRIDA) et mis à contribution par des chercheurs des différents ministères.
• Intégration de la génomique aux activités quotidiennes, et notamment à l'amélioration de la capacité de détection et de prédiction de la résistance des laboratoires de l'ACIA qui ont intégré la surveillance des gènes codant la résistance aux antimicrobiens à l'analyse génétique courante des bactéries pathogènes, notamment les souches d'E. coli et de Salmonella à l'origine de la maladie. Les personnes interrogées ont souligné que ce faisant, l'ACIA se dote des capacités nécessaires pour mettre ensuite en place des évaluations de risques et de nouveaux règlements.
• Intégration du séquençage génomique aux programmes de surveillance et de suivi et dans les modèles de l'ASPC et de l'ACIA
• Pilotage et déploiement réussis des technologies de Nanopore pour le séquençage à grande échelle dans les laboratoires de SC, de l'ASPC et de l'ACIA
• Capacité de l'ASPC de développer des modèles d'évaluation des risques liés à la salubrité des aliments
• Communication d'information utile à SC et à l'ASPC pour leurs répertoires pharmaceutiques.

En ce qui concerne les développements à venir, les personnes interrogées d'AAC sont convaincues que la science générée par le PPC RAM soutiendra les politiques publiques et la réglementation en évolution dans le secteur agricole et aura des retombées sur des enjeux allant du commerce international aux produits alimentaires.

2.2 Nouvelles réalisations scientifiques

Même si le PPC RAM se poursuit, il a déjà généré plusieurs réalisations scientifiques. Voici quelques exemples :

Volume important de séquences de génome entier fournies aux partenaires du projet. Le PPC contribue à une très importante collection de séquences de génome entier créée pour étudier la RAM dans le contexte canadien. Selon le plus récent rapport sur le rendement du PPC RAM, « le développement d'une importante collection de séquences du génome de bactéries qui sera utilisée afin d'en venir à une meilleure compréhension de la propagation de la RAM dans la chaîne d'approvisionnement alimentaire est bien engagé, et on a maintenant terminé l'établissement du génome entier provisoire de 6 000 bactéries et de 48 métagénomes "tronqués" ».

Meilleure compréhension de la manière dont la production alimentaire contribue au développement et à la transmission de la RAM. Par exemple, les chercheurs ont démontré que la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens dans le sol augmente après sa fertilisation avec de la matière organique issue des déchets d'aliments ou de résidus de jardinage compostés. De plus, l'ACIA a réussi à appliquer la technologie génomique dans l'analyse des collections existantes de bactéries obtenues dans le cadre des activités de surveillance afin de comprendre la RAM dans le porc, la volaille et le bœuf. Par exemple, il a été démontré que l'administration d'antimicrobiens à la volaille augmente clairement le décompte de bactéries résistantes aux antimicrobiens dans les excréments de volaille, ce qui pose un risque pour la santé humaine.

Définition et essai de solutions de rechange naturelles aux antimicrobiens et méthodes de réduction et de prévention de la RAM dans la production alimentaire. Les chercheurs du PPC RAM ont découvert que des huiles essentielles et certains extraits de fruits peuvent aider à combattre les infections contractées par la volaille. Les chercheurs du PPC RAM ont aussi démontré que des bactéries prélevées dans un élevage de porcs résistaient à un plus grand nombre d'antimicrobiens que celles provenant de porcs n'ayant jamais reçu d'antimicrobiens et que « la digestion anaérobie du fumier supprime les bactéries qui créent la RAM en plus de libérer un biogaz à combustion propre, susceptible de procurer aux agriculteurs un revenu d'appoint ». Les constatations issues du bloc de tâches 4 du PPC RAM ont ensuite été utilisées dans d'autres projets de recherche hors des cadres de l'IRDG. Par exemple, une entreprise (en collaboration avec l'Université Laval et AAC) a reçu des fonds du CRSNG pour mener un projet sur l'utilisation d'extrait de canneberge comme solution de remplacement aux antibiotiques dans la production porcine.

Méthodes de recherche nouvelles ou améliorées. Le rapport annuel sur le rendement de 2018-2019 des PPC indique que 14 outils de recherche et 12 méthodes ont été développés ou améliorés grâce au projet RAM. Voici quelques exemples :

• approches de séquençage à faible coût et diverses méthodes de préparation des échantillons;
• nouveau test de réaction en chaîne de la polymérase (PCR) pour les gènes qui confèrent la résistance à certains antimicrobiens (céphalosporines et fosfomycine);
• outil d'analyse des cartes thermiques avec programmation à l'interne dans le continuum de la production porcine;
• base de données graphiques intégrée servant à prévoir le phénotype des bactéries en temps réel et à découvrir des marqueurs génétiques de la virulence et de la RAM;
• développement d'un modèle murin pour étudier la transmission horizontale des gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les intestins.

2.3 Élaboration de politiques publiques fondées sur des faits et développement de nouvelles connaissances et technologies

Les participants aux entretiens ont confirmé que l'utilisation de technologies génomiques de pointe est essentielle à l'étude de la RAM et à la création de nouveau savoir. La RAM est persistante, mais selon la majorité des personnes interrogées, les connaissances générées grâce au PPC RAM auront une incidence sur la réglementation et les politiques publiques dans un proche avenir. Selon le rapport sur le rendement 2018-2019 du projet RAM, les ressources et publications découlant du projet contribueront de manière appréciable à « combler le déficit de connaissances » et pourront « étayer les politiques et décisions à venir ». Toutefois, pour l'instant, l'effet du PPC RAM sur les politiques publiques demeure à démontrer.

On trouvera ci-dessous quelques exemples de technologies développées dans le cadre du projet. Les rapports ne précisent pas toujours quels ministères ou organisations utilisent ces produits, mais ils indiquent que les utilisateurs finaux des technologies découlant du PPC RAM sont, entre autres, des équipes de recherche et des organismes à vocation scientifique des secteurs de l'agroalimentaire, de la salubrité des aliments et de la santé publique qui s'intéressent à la RAM :

• La technologie StarAMR détecte les gènes codant la RAM et est conçue pour fonctionner de manière synchrone avec d'autres ressources existantes, y compris CARD et ResFinder, des technologies créées par des chercheurs universitaires. Selon un scientifique du projet RAM, StarAMR a été téléchargé 7 000 fois. De nouveaux crédits de Génome Canada ont été accordés en juin 2018 afin de promouvoir l'adoption de ce logiciel qui est actuellement utilisé par l'ASPC, l'ACIA et des collaborateurs universitaires (Dalhousie et McMaster). Le code est distribué gratuitement par l'entremise de GitHub et des archives publiques.
• La « suite MOB » est un outil d'analytique capable de prédire le phénotype de la RAM ainsi que les mécanismes de transmission associés à cette résistance. Ce logiciel est offert gratuitement aux chercheurs du projet RAM de l'IRDG et à d'autres.
• Le travail de développement d'un modèle intégré d'évaluation (IAM) se poursuit. Des simulations préliminaires ont été effectuées afin de tester la validité de ce modèle. Un modèle préliminaire d'évaluation quantitative des risques microbiens de Salmonella heidelberg dans la volaille a été mis au point.
• Les chercheurs du projet RAM ont développé le cadre statistique PhenoRes, un logiciel qui sert à prédire la concentration minimale de 13 antimicrobiens inhibant Salmonella grâce à des données sur la séquence de son génome.

Le projet se poursuit et la plupart des retombées à moyen ou à long terme des recherches effectuées ne se sont pas encore concrétisées. Toutefois, les chercheurs ainsi que la haute direction des ministères participants insistent fortement sur l'importance de ces travaux et s'attendent à ce que les technologies, les outils et les constatations qui émaneront du PPC aident l'État à s'attaquer à la RAM et à concevoir de nouvelles politiques publiques et de nouveaux règlements. Certains chercheurs ont cependant soulevé des questions sur la poursuite des travaux au-delà de la période de financement du PPC, mais aucun n'avait de doute sur la pertinence des travaux effectués jusqu'à maintenant.

2.4 Connaissances ou technologies transférées aux utilisateurs finaux

Activités de transfert de connaissances

Le plan de transfert des connaissances mis à jour du PPC RAM stipule que les connaissances et les méthodologies développées dans le cadre du projet doivent être entièrement transférées aux programmes fédéraux pertinents à la fin de la période de financement. Le plan de transfert des connaissances indique aussi que dans la dernière année du projet, « un atelier sera organisé afin de discuter de la communication des résultats du projet aux groupes d'utilisateurs finaux et d'élaborer des stratégies de transfert et d'adoption efficaces des outils et des connaissances générés par le projet au sein des communautés d'utilisateurs finaux. »

Jusqu'à maintenant, les chercheurs du PPC RAM ont organisé plusieurs réunions afin de faciliter la circulation de l'information entre les équipes affectées aux différents blocs de tâches. Les outils d'analyse des données prêts à être adoptés sont hébergés sur la plateforme IRIDA. Le projet transfère les données de séquençage du génome entier dans des bases de données de séquences accessibles au public comme la US National Center of Biotechnology Information (NCBI) et la Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD).

Les bio-informaticiens du projet RAM et les chercheurs en génomique ont aussi travaillé directement avec des utilisateurs finaux du domaine de la réglementation et de la surveillance au sein de l'administration fédérale. Les chercheurs du PPC RAM se sont réunis mensuellement avec des représentants du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA). En 2018-2019, par exemple, on a prévu qu'une forte proportion de bactéries E. coli synthétisant la toxine de Shiga prélevées dans le cadre d'un programme de surveillance du veau seraient résistantes à de multiples souches et agents antimicrobiens et elles ont été désignées pour transfert au PICRA afin que leur caractérisation puisse se poursuivre.

Les personnes interrogées ont relevé que le projet suppose des partenariats directs avec des utilisateurs finaux appartenant à l'industrie. Des recherches sur des produits de rechange aux antimicrobiens sont notamment menées dans des exploitations agricoles en collaboration directe avec les producteurs (notamment de gros producteurs porcins québécois). Certaines stratégies antimicrobiennes définies dans le cadre du projet sont actuellement utilisées sur le terrain (notamment afin d'établir des lignes directrices sur la production durable de bœuf). Les personnes interrogées ont aussi constaté que le PPC RAM s'efforce de mobiliser le secteur des soins de santé humains, même si cette tâche est perçue comme plus difficile, car elle exige la mobilisation des autorités provinciales et suppose un processus plus complexe comme les essais cliniques et l'accès restreint (pour des raisons de confidentialité) aux isolats d'origine humaine provenant d'établissements de santé publique provinciaux.

Le PPC RAM a aussi donné lieu à de la collaboration avec des chercheurs universitaires. Par exemple, des participants au PPC RAM ont travaillé avec des collègues de l'Université Dalhousie à l'établissement d'une base de données sur la virulence de Salmonella et à l'étude des liens entre la virulence et le génotype qui confère la résistance. Des membres du projet RAM ont aussi été invités à participer comme codemandeurs au projet de Génome Canada intitulé « Résistance aux antimicrobiens : émergence, transmission et écologie (ARETE) ».

Le PPC RAM englobe également tout un éventail d'autres activités de transfert de connaissances comme des entrevues avec les médias, la publication de communiqués de presse, des présentations à la collectivité et des documents destinés au grand public. Dans l'ensemble, les rapports sur le rendement pour 2018-2019 indiquent que 5 consultations avec des utilisateurs finaux ont eu lieu de même qu'une assemblée publique; que des experts du PPC RAM ont offert à 12 reprises des conseils scientifiques (y compris à de hauts dirigeants); qu'une entente de transfert a été signée; que 3 ateliers de transfert de connaissances avec des intervenants et des utilisateurs finaux ont eu lieu et que 25 demandes de résultats de recherche, d'articles, de collaborations ont été présentées. Voici quelques exemples de ces activités :

• participation à l'atelier canadien de bio-informatique sur l'épidémiologie génomique des maladies infectieuses qui a eu lieu à Toronto (du 10 au 12 juillet 2018);
• participation à la rencontre des utilisateurs régionaux de la recherche sur les innovations alimentaires qui a eu lieu au Guelph Research and Development Centre le 18 juin 2018;
• présentation au ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation et des Affaires rurales de l'Ontario (OMAFRA) en mars 2018 sur le modèle intégré d'évaluation et de caractérisation de la relation entre le recours aux antimicrobiens dans le bétail et la résistance aux antimicrobiens dans la population ontarienne

Le PPC RAM a produit un fort volume de publications et de présentations examinées par des pairs, ce qui a contribué à la diffusion d'information auprès des utilisateurs finaux. L'analyse bibliométrique a recensé au total 187 documents de l'IRDG publiés dans le cadre du PPC RAM. En ce qui concerne les 46 documents indexés dans Scopus, le taux de citations moyen par document était de 9,2 avec un facteur d'impact pondéré par discipline (FIPD)^{Note de bas de page 47} de 1,61. Sur les 146 publications du projet RAM utilisées pour l'analyse du réseau de collaboration, environ 60 % étaient des présentations données dans le cadre de conférences (33,6 %) ou des participations à une conférence (26,7 %) tandis que le reste des publications étaient surtout des articles (34,9 %). Ces publications ont été rédigées par 300 chercheurs provenant de 79 établissements et de 17 pays différents. Plus de la moitié sont l'œuvre d'au moins deux organisations (54,8 %) et presque le tiers de toutes les publications étaient l'œuvre de trois organisations ou plus (29,5 %). Les collaborations avec des partenaires universitaires, surtout canadiens, ont été nombreuses. Voir figure C3.1.

Figure C3.1 : Analyse du réseau de collaboration – PPC RAM

Figure C3.1 - Version textuelle

Diagramme Web de l'analyse du réseau collaboratif pour les PPP concernant la RAM.

Les intervenants comprennent 20 institutions universitaires, 7 ministères provinciaux ou d'État, 4 ministères fédéraux canadiens, 2 organisations de recherche et de technologie et une organisation d'entreprise.

AAC a établi 23 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université de Tsinghua, Chine
• Université de Hong Kong, Hong Kong
• Université Western
• Université de Lethbridge
• Université de l'État du Colorado, États-Unis
• Université de Sherbrooke
• Université de Calgary
• Université du Manitoba
• Université de la Colombie-Britannique
• Université Dalhousie
• Université Simon Fraser
• Université de l'Alberta
• Université Harvard, États-Unis
• Université de Göteborg, Suède
• Université d'Helsinki, Finlande
• ACIA
• ASPC
• Services de laboratoire de Calgary
• Département de l'Agriculture des États-Unis, États-Unis
• Feedlot Health Management Services Ltd.
• Ministère de l'Agriculture et du Développement rural de l'Alberta
• Centre de recherche en sciences animales de Deschambault

Le volume de transferts entre AAC et les intervenants varie de 12 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre AAC et l'ASPC.

L'ASPC a établi 23 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université du Manitoba
• Université de la Colombie-Britannique
• Université Dalhousie
• Université Simon Fraser
• Université de Lethbridge
• Université de l'Alberta
• Université de Calgary
• Université de Guelph
• Université de l'Île-du-Prince-Édouard
• Université de la Saskatchewan
• Université de l'État du Colorado, États-Unis
• CDC Atlanta, États-Unis
• Ministère de l'Agriculture et du Développement rural de l'Alberta  
• Santé publique de la Colombie-Britannique
• Services de laboratoire de Calgary
• Institut national de santé publique du Québec
• Public Health Ontario Labs
• Alberta Provincial Lab for Public Health (Laboratoire provincial de santé publique de l'Alberta)
• ACIA
• AAC
• SC
• Centre de recherche en sciences animales de Deschambault
• Centre commun de recherche de la Commission européenne, Italie

Le volume de transferts entre l'ASPC et les intervenants varie de 23 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre l'ASPC et l'Université de Guelph.

L'ACIA a établi 20 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université de Göteborg, Suède
• Université d'Helsinki, Finlande
• Université Harvard, États-Unis
• Université de Bologne, Italie
• Université de Lisbonne, Portugal
• Université de Tsinghua, Chine
• Université de Hong Kong, Hong Kong
• Université Western
• Université de Calgary
• Université du Manitoba
• Université de la Colombie-Britannique
• Université Simon Fraser
• Université de Guelph
• Département de l'Agriculture des États-Unis, États-Unis
• AAC
• ASPC
• SC
• Services de laboratoire de Calgary
• Ministère de l'Agriculture et du Développement rural de l'Alberta
• Centre commun de recherche de la Commission européenne, Italie

Le volume de transferts entre l'ACIA les intervenants varie de 11 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre l'ACIA et AAC.

SC a établi 19 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université du Manitoba
• Université de la Colombie-Britannique
• Université Dalhousie
• Université Simon Fraser
• Université de l'Alberta
• Université de Calgary
• Université de Guelph
• Université de Sherbrooke
• Université de l'Île-du-Prince-Édouard
• Université de la Saskatchewan
• ASPC
• ACIA
• AAC
• Institut national de santé publique du Québec
• Public Health Ontario Labs
• Alberta Provincial Lab for Public Health (Laboratoire provincial de santé publique de l'Alberta)
• Santé publique de la Colombie-Britannique
• CDC Atlanta, États-Unis
• Services de laboratoire de Calgary

Le volume de transferts entre SC et les intervenants varie de 13 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre SC et l'Université de Guelph.

À l'échelle internationale, les experts du PPC RAM ont donné des conseils scientifiques et joué un rôle prééminent dans le cadre de l'Initiative de programmation conjointe sur la résistance aux antimicrobiens (IPCRAM) et au sein du Groupe de travail transatlantique sur la résistance aux antimicrobiens (TATFAR). Des experts canadiens ont également participé à des réunions de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture et de l'Organisation mondiale de la santé sur la résistance aux antimicrobiens d'origine alimentaire.

2.5 Impact des technologies transférées

Comme nous l'avons mentionné précédemment, le PPC RAM se poursuit. Les effets des technologies et des méthodes développées dans le cadre du projet et partagées avec les utilisateurs finaux sont donc difficiles à évaluer avec précision pour l'instant. Toutefois, les personnes interrogées sont convaincues que le réseau de chercheurs travaillant au projet RAM contribue fortement aux progrès nationaux et internationaux en améliorant la compréhension qu'ont les intervenants de la RAM (à l'intérieur et à l'extérieur des administrations publiques) et en étudiant des stratégies susceptibles d'empêcher le développement de la RAM dans les systèmes alimentaires. Certains répondants ont aussi souligné l'importance de développer des outils efficaces d'évaluation des risques exploitant la métagénomique, car il est à prévoir qu'il faudra éventuellement concevoir de nouvelles politiques publiques et de nouveaux règlements.

Le rapport sur le rendement le plus récent du PPC RAM contient une liste des retombées socio économiques découlant du projet. Cette section décrit l'importante collection de séquences du génome entier comme « une ressource précieuse » pour la recherche « actuelle et à venir » sur la RAM en contexte canadien. Le rapport souligne aussi les gains d'efficacité qui découlent des nouvelles approches de séquençage déployées pour les partenaires du projet : « Dans la première année du projet, nous avons séquencé sept génomes au coût de 1 000 dollars par génome. Au cours des deux dernières années, nous en avons séquencé presque 1 000 au coût unitaire de 85 dollars. » Le rapport parle aussi de résultats avant gardistes sur le développement de la RAM dans la chaîne de production alimentaire et de solutions de rechange susceptibles de l'empêcher.

3.0 Collaboration interministérielle

Toutes les personnes interrogées à propos du projet RAM avaient une opinion très positive de la collaboration interministérielle dans le cadre de ce PPC et jugeaient qu'il aurait été impossible d'accomplir des progrès aussi rapides sans le financement et la structure axée sur la collaboration du projet. Voici un exemple : « Nous faisons en ce moment de la recherche scientifique qui aurait été impensable sans les liens que nous avons tissés. » Le fait que des chercheurs pouvaient compter sur la capacité et les compétences de multiples ministères tout en s'engageant directement auprès des utilisateurs finaux a joué un rôle déterminant dans bon nombre des réalisations du projet. Selon les répondants, la collaboration interministérielle dans le cadre de ce PPC a permis le séquençage d'un énorme volume de données fondées sur des échantillons détenus par de multiples ministères. La collaboration a aussi été bénéfique en ce qui concerne le soutien à l'approche « un monde, une santé » qui fait des liens entre la santé animale, humaine et environnementale. Le PPC RAM a permis aux chercheurs participants d'exploiter leurs compétences et de diffuser de manière efficace dans les différents ministères une information précieuse ainsi que des processus et des technologies. Les participants aux entretiens ont indiqué que la collaboration interministérielle a contribué à la création d'une communauté scientifique sur la RAM tissée serrée au Canada, ce qui positionne notre pays comme un chef de file dans cette discipline. Parmi les difficultés mentionnées par les chercheurs participants, mentionnons le partage des données entre les différents ministères en raison de problèmes informatiques.

Une analyse du réseau de collaboration illustre les liens interministériels entre les coauteurs des publications. Quatre des cinq ministères participants au projet sont représentés dans le réseau et ils ont, tous les quatre, collaboré à des publications. Comme l'illustre la figure C3.2, AAC et l'ASPC ont dominé la carte de la collaboration pour le PPC RAM, mais les liens entre AAC, l'ASPC et l'ACIA ne sont pas négligeables. Dans l'ensemble, SC compte moins de publications dans l'ensemble et a participé à moins de publications conjointes avec d'autres partenaires fédéraux.

Figure C3.2 : Analyse du réseau de collaboration – PPC RAM – ministères fédéraux seulement

Figure C3.2 - Version textuelle

Diagramme Web de l'analyse du réseau collaboratif pour les PPP concernant la RAM – ministères fédéraux uniquement

AAC et l'ASPC ont 12 publications conjointes
AAC et l'ACIA ont 11 publications conjointes
L'ASPC et l'ACIA ont 8 publications conjointes
L'ASPC et SC ont 4 publications conjointes
L'ACIA et SC ont 3 publications conjointes

3.1 Leçons retenues et pratiques exemplaires découlant de la collaboration interministérielle

Les personnes interrogées qui connaissent bien le PPC RAM ont affirmé que les pratiques de gestion et la collaboration se sont améliorées du PPC SAE au PPC RAM. Les gestionnaires ont plus précisément géré plus efficacement les projets à collaborateurs multiples en définissant mieux les blocs de tâches et en organisant un plus grand nombre de conférences téléphoniques. Ces améliorations ont accru la sensibilisation des participations et leur engagement et contribué à une plus grande intégration des différents projets de recherche appuyant la poursuite des objectifs du PPC.

Le premier rapport annuel sur le rendement du PPC RAM (2015-2016) faisait état des leçons retenues dans chaque bloc de tâches. Les notes portent sur les détails de différents aspects, dont quelques problèmes de dotation et de capacités; certaines difficultés dans le suivi des dépenses et la gestion des frais généraux; des retards et des problèmes pratiques; des problèmes de communication, etc. Ce rapport indiquait aussi que les leçons retenues seraient étudiées pendant l'atelier annuel du PPC RAM de l'IRDG. Aucun de ces problèmes ne semble avoir causé d'inconvénients majeurs dans l'exécution du projet. Aucun de ces éléments n'a été mentionné par les participants aux entretiens.

C4 : Écobiomique

1.0 Objectifs du projet et activités

1.1 Contexte et besoins

Les écosystèmes canadiens sont endommagés ou exploités d'une manière non durable qui abîme les sols et qui est liée au développement économique dans plusieurs secteurs comme l'agriculture, les pêches, l'urbanisation, la consommation d'eau et l'exploitation des ressources naturelles (p. ex., la foresterie, les pâtes, les mines, l'énergie/pétrole et gaz). Par ailleurs, sous l'effet conjugué des perturbations anthropiques et des changements climatiques, l'habitat des espèces se modifie aussi, ce qui nuit à la biodiversité et cause la disparition d'espèces. Ce déclin de la biodiversité des dernières décennies est reconnu à l'échelle mondiale comme l'un des problèmes environnementaux les plus graves auxquels est aux prises l'humanité. En réponse à cette menace et dans le cadre de ses obligations en tant que signataire de la Convention sur la diversité biologique des Nations Unies, le Canada s'est doté de sa première Stratégie canadienne de la biodiversité en 1995^{Note de bas de page 48}. En appui à cette stratégie et dans la poursuite des objectifs figurant dans leurs mandats respectifs, les différents ministères et organismes (MO) fédéraux à vocation scientifique s'efforcent actuellement de faire progresser la science afin de se doter des outils de surveillance, d'évaluation et de prévision de ces changements des écosystèmes et de la biodiversité nécessaires pour y répondre.

Les progrès accomplis dans les domaines du métacodage à barres et de la métagénomique microbienne, environnementale et appliquée offrent maintenant « une capacité sans précédent de caractériser l'énorme diversité des micro-organismes et invertébrés qui maintiennent la santé du sol et la qualité de l'eau^{Note de bas de page 49} ». Ces outils nous permettent de passer du séquençage d'espèces individuelles (comme dans le cadre du PPC EEQ) au séquençage de communautés entières d'organismes et à l'étude de leurs interactions avec l'environnement. S'appuyant sur l'avancement des méthodes et des outils génomiques, le projet Écobiomique a été créé pour tenter de répondre aux menaces qui pèsent sur l'intégrité des écosystèmes canadiens, sur la biodiversité et sur la santé humaine, et qui sont imputables aux perturbations et changements environnementaux anthropiques^{Note de bas de page 50}.

1.2 But, objectifs et activités de recherche

Le PPC Écobiomique applique la métagénomique à l'évaluation et à la surveillance de la qualité du sol et de l'eau en intégrant l'analyse métagénomique des communautés de microbes et d'invertébrés de plusieurs écosystèmes un peu partout au Canada. Misant sur la plateforme de bio-informatique développée dans le cadre du PPC EEQ, le PPC Écobiomique contribue au développement d'une plateforme utilisée à l'échelle de toute l'administration fédérale pour centraliser et harmoniser les données de séquençage, ainsi que les flux de travail nécessaires à l'analyse bio informatique ou métagénomique. Le PPC Écobiomique a trois grands objectifs^{Note de bas de page 51} :

• Développer des méthodes standard d'analyse du sol et de l'eau et une plateforme de bio‑informatique fédérale afin d'harmoniser les analyses du métacodage à barres et des données métagénomiques et métatranscriptomiques des divers ministères et organismes fédéraux et d'en communiquer les résultats aux Canadiens.
• Établir des observatoires de génomique et les bases fondamentales complètes de la biodiversité afin de pouvoir évaluer son évolution dans les eaux et dans le sol sur des sites canadiens de surveillance environnementale à long terme.
• Développer de nouvelles connaissances afin de rehausser la qualité des eaux et la santé du sol en caractérisant de manière exhaustive le microbiome aquatique, le microbiome des sols et le zoobiome des invertébrés, et tester les hypothèses établies pour améliorer les évaluations environnementales, la surveillance et les activités de remédiation.

Le PPC comprend six blocs de tâches regroupés en fonction de thèmes qui correspondent à ses objectifs généraux. Au total, les 16 activités de projet de recherche consistent à échantillonner et à analyser le microbiome du sol, le microbiome aquatique et le zoobiome des invertébrés sur sept sites de recherche répartis un peu partout au Canada (figure C4.1). Un certain nombre d'activités de projet correspondant à d'autres thèmes se déroulent sur certains sites afin de faciliter la collaboration interministérielle et la recherche interdisciplinaire à l'interface du sol et des eaux. Ces sites sont le parc Wood Buffalo (à Fort McMurray en Alberta), la rivière Ells (en Alberta) et le bassin hydrographique de la rivière South Nation (en Ontario).

Figure C4.1 : Emplacements des sites d'échantillonnage du projet Écobiomique (observatoires génomiques)

Figure C4.1 - Version textuelle

Carte du Canada illustrant l'emplacement des sites d'échantillonnage pour le projet Écobiomique (observatoires génomiques)

Des cercles de différentes tailles sur la carte représentent les différentes concentrations des sites d'échantillonnage pour le projet Écobiomique au Canada. La concentration la plus élevée se trouve dans la région des sables bitumineux du nord de l'Alberta et dans la région des Grands Lacs du sud de l'Ontario. D'autres concentrations plus faibles se trouvent réparties en Ontario, dans le sud du Québec et au Nouveau-Brunswick.

Selon les participants aux entretiens et les documents du projet, ces emplacements appelés observatoires génomiques ont été sélectionnés dans l'objectif d'avoir des sites d'étude déjà établis dans le cadre des programmes de surveillance continue (et de recourir à la collaboration déjà établie avec les acteurs économiques et environnementaux locaux). Les six thèmes et les MO participants sont présentés ci-dessous. Le nom de l'organisme responsable de chaque thème est en caractères gras.

Thème 1 : Échantillonnage/préparation de l'acide nucléique (dirigé par l'ACIA, avec la collaboration de tous les MO)

• Évaluer les méthodes d'extraction utilisées par les différents MO à des fins d'uniformisation; améliorer les méthodes d'échantillonnage du sol et d'extraction de l'acide nucléique au moyen de la microfluidique (plateforme Power Blade du CNRC) et évaluer et établir des PON et des protocoles.

Thème 2 : Microbiome du sol (dirigé par RNCan, avec la collaboration du CNRC, d'ECCC, d'AAC et de l'ACIA)

• Séquençage de communautés microbiennes à partir de multiples échantillons de sol et de racines récoltés dans le cadre de projets expérimentaux en cours dans la région des sables bitumineux (en Alberta), dans les forêts boréales (Ontario et Québec) et sur des sites d'essais menés de longue date sur des terres agricoles (Ontario). Amélioration de la compréhension de l'effet des perturbations anthropiques sur le cycle des éléments nutritifs du sol et sur la qualité de l'eau, et modélisation du rôle du microbiome du sol dans la réhabilitation des sols à des fins de développement durable des ressources.

Thème 3 : Microbiome aquatique (dirigé par le CNRC, avec la collaboration d'ECCC, de l'ACIA, de RNCan, d'AAC et de l'ASPC)

• Évaluation des impacts temporels et spatiaux sur le microbiote du sol et le microbiote aquatique de l'eutrophisation et sur les perturbations de l'utilisation des terres sur de longues périodes en vertu de scénarios différents (climatiques et de gestion) dans le cadre de deux projets et sur les sites d'étude associés.
• Impacts sur la biodiversité de la prolifération d'algues nuisibles (HAB) (cyanobactériennes) d'origine agricole et urbaine dans le bassin hydrographique du lac Érié/Thames/Leamington de celui du lac Champlain et du fleuve Saint-Laurent, et de celui de la rivière South Nation (CNRC, EC, RNCan, AAC, ACIA, ASPC).
• Analyse comparative de l'écosystème du sol et de l'écosystème aquatique en foresterie : rivières de l'Atlantique (nord du Nouveau-Brunswick), bassin hydrographique perturbé par les activités minières (Athabasca) et milieux naturels (RNCan, EC, CNRC).

Thème 4 : Zoobiome d'invertébrés (dirigé par ECCC, avec la collaboration du MPO, de l'ACIA, de RNCan, de l'ASPC et d'AAC)

• Pour ce thème, les activités se sont concentrées sur l'identification de groupes cibles clés d'invertébrés grâce à l'identification de sous-ensembles de marqueurs clés, sur le développement de méthodes de terrain pour l'échantillonnage et le transport du matériel échantillonné; sur l'échantillonnage et le développement de cas pour la collecte de données sur la biodiversité des séquences d'ADN d'invertébrés en rapport avec les principes d'évaluation des effets cumulatifs. Les sites ont été sélectionnés afin d'optimiser la synergie entre les capacités des différents ministères (p. ex., habitat du saumon [MPO], habitat forestier [RNCan], surveillance des rivières [EC] au Canada atlantique; atténuation de l'utilisation des terres agricoles [AAC], surveillance des rivières [ECCC], insectes volants [ASPC; ACIA] dans l'étude expérimentale du bassin hydrographique de la rivière South Nation [Ontario] [AAC]).

Thème 5 : Plateforme de bio-informatique (dirigé par AAC avec la collaboration du CNRC)

• S'appuyant sur la plateforme du projet EEQ, ce thème vise la création d'une infrastructure commune de stockage et de calcul grâce au développement d'une plateforme de calcul haute performance (CHP) avec capacité d'analyse, de gestion de données et d'organisation intégrée du travail de génomique sur le Web.

Thème 6 : Intégration des évaluations environnementales (codirigé par ECCC et AAC, avec la collaboration de tous les MO)

• Intégration des résultats des activités des autres thèmes et démonstration de la valeur ajoutée créée par la métagénomique en améliorant les évaluations environnementales, la surveillance et les activités de remédiation.

1.3 Harmonisation avec les mandats et priorités de l'administration fédérale

La Stratégie canadienne de la biodiversité^{Note de bas de page 52} explique les besoins et les responsabilités du Canada en ce qui concerne la réponse à la menace croissante que représentent la dégradation des écosystèmes et la perte de diversité des espèces et génétique qui sont imputables à l'activité humaine. Le PPC aide le Canada à s'acquitter de ses obligations en vertu de la Convention sur la diversité biologique^{Note de bas de page 53}. Les résultats de la Stratégie fédérale de développement durable^{Note de bas de page 54} sont surveillés par plusieurs MO au moyen des Indicateurs canadiens de durabilité de l'environnement (ICDE) (comme la qualité de l'eau et des écosystèmes aquatiques régionaux, la biodiversité, les changements climatiques, la protection et l'utilisation des ressources naturelles, la pollution et les déchets et la santé humaine environnementale). Plusieurs de ces MO apportent une contribution individuelle qui porte uniquement sur certains indicateurs précis, confirmant par le fait même que la protection de la biodiversité et des écosystèmes est une responsabilité partagée.

Le rôle de l'administration fédérale dans la diffusion des connaissances et la stimulation de l'innovation concorde avec les priorités de recherche décrites dans la nouvelle stratégie de l'administration fédérale intitulée Aller de l'avant dans le domaine des sciences, de la technologie et de l'innovation^{Note de bas de page 55} qui reconnaît que la protection de l'environnement est un enjeu social important et qui élève au rang de priorité la recherche et le développement de technologies dans le domaine de l'environnement et des changements climatiques.

Les documents de planification du PPC et les informateurs clés avec qui nous nous sommes entretenus soulignent tous l'importance (une priorité pour tous les MO fédéraux) pour l'administration fédérale de poursuivre ses recherches et de constituer une base de données et de créer des indicateurs de la biodiversité plus précis au moyen de méthodes et d'outils novateurs offrant un bon ratio coût-efficacité. Les activités et responsabilités complémentaires (science, réglementation, gestion des ressources et changements climatiques) devraient être améliorées par l'intégration des tâches des divers MO fédéraux. La vision pour le PPC Écobiomique est donc qu'il génère une capacité accrue d'évaluer et de soutenir les efforts déployés par le Canada pour réduire au minimum les risques économiques et environnementaux que représentent ces phénomènes et pour rehausser l'état de préparation aux situations d'urgence et s'assurer de la pérennité de l'exploitation des ressources naturelles canadiennes. Pour certains répondants, l'exclusion des espèces réglementées de la portée du PPC constitue une occasion perdue. Ces personnes estiment que le PPC aurait pu jouer un rôle beaucoup plus important en exerçant une surveillance sur les espèces envahissantes et les agents pathogènes réglementés susceptibles d'empêcher le Canada de respecter ses engagements sur les marchés internationaux.

1.4 Partenaires, collaborateurs et intervenants

Le PPC compte surtout des chercheurs provenant de sept MO fédéraux : AAC, l'ACIA, le MPO, ECCC, le CNRC, RNCan et l'ASPC. Un large éventail d'intervenants fédéraux et d'utilisateurs finaux ont été mobilisés, dont des représentants des universités, des administrations publiques et de l'industrie. La nature et la portée de cette mobilisation et de cette collaboration sont décrites de manière plus détaillée ci-dessous.

1.5 Profil financier

L'échéancier du PPC Écobiomique est de cinq ans soit de 2016-2017 à 2020-2021 avec un financement total de l'IRDG de 9,3 millions de dollars (tableau C4.1). En outre, les MO participants ont investi dans le projet des contributions en nature estimées à 5,7 millions de dollars, soit 38 % des coûts totaux. AAC a reçu la plus importante proportion du financement de l'IRDG (31 %), mais a aussi apporté la contribution en nature la plus importante (44 %).

2.0 Réalisations

2.1 Développement de capacités uniques au sein de l'administration publique fédérale

En 2018-2019, le PPC Écobiomique a soutenu la collaboration entre plus de 60 chercheurs, biologistes, spécialistes de la bio-informatique, technologues et étudiants de premier cycle provenant de sept MO fédéraux. Sur le plan du développement de capacités uniques, le projet a jusqu'à maintenant contribué aux éléments suivants :

• Établissement d'une plateforme de bio-informatique particulière au projet et d'une application Web de gestion de données (SeqDB) accessible à tous les MO participants à l'IRDG et qui comprend bon nombre des outils de bio-informatique couramment utilisés pour les analyses métagénomiques et les analyses des métacodes à barres et propose une démarche harmonisée de gestion des données. Selon plusieurs répondants, cette capacité est unique en ce qu'elle offre aux divers ministères fédéraux une plateforme qui facilite l'harmonisation de la collecte des données et leur analyse, et la comparaison des résultats d'un MO à l'autre.
• Progrès des analyses de bio-informatique qui démontrent déjà les avantages des méthodes métagénomiques par rapport aux méthodes conventionnelles. Ces capacités analytiques de pointe ont permis de mieux caractériser la biodiversité massive des microbes et invertébrés dans le sol et les eaux en plus de générer des normes internationales relatives aux données et aux métadonnées qui serviront de base à de futures comparaisons.
• Développement d'une capacité métagénomique à RNCan, ECCC et au MPO. Le PPC a par exemple influé sur la décision de RNCan de réserver des fonds pour le maintien d'une infrastructure et de compétences en métagénomique et l'embauche d'un scientifique en chef permanent. De plus, le PPC a facilité l'utilisation de la métagénomique au MPO et à ECCC, en plus des méthodes de biosurveillance établies.

Pour un certain nombre de MO participants, le PPC Écobiomique a joué un rôle dans l'établissement et l'avancement de la surveillance environnementale axée sur la métagénomique et dans la création des capacités analytiques connexes.

« Le projet Écobiomique rend possible l'étude de certaines choses comme la disponibilité des réseaux de services au sein des écosystèmes, ce qui permet ensuite de visualiser et d'utiliser ces réseaux à des fins de surveillance, une chose que nous n'aurions jamais pu envisager il y a seulement cinq ans. Le projet Écobiomique est tout simplement transformationnel. »

2.1 Nouvelles réalisations scientifiques

On trouvera ci-dessous un résumé des progrès accomplis par les différents éléments du PPC^{Note de bas de page 56} :

• Depuis 2018, la création de la plateforme de bio-informatique et de son système de gestion de données SeqDB a permis de prélever 7 457 échantillons de sol, d'eau et d'invertébrés partout au Canada.
• En 2018-2019, le projet Écobiomique a poursuivi ses recherches actives sur 16 microbiomes de sol, microbiomes aquatiques et zoobiomes d'invertébrés partout au Canada.
• À ce jour, l'installation de séquençage centralisée dans l'établissement du CNRC à Saskatoon a terminé le séquençage de l'ADN de MiSeq et HiSeq Illumina, une activité qui a généré des millions de lectures de séquences d'ADN à des fins d'analyses bio-informatiques.
• Les travaux se poursuivent dans le cadre du PPC EEQ pour développer avec l'aide du CNRC un dispositif microfluidique et une puce.
• Protocoles améliorés et harmonisés de prélèvement des échantillons d'eau par des chercheurs de tous les MO et contribution à l'élaboration de normes internationales
• La plateforme de bio-informatique et les possibilités de formation connexes ont accompli des progrès significatifs, d'où l'utilisation croissante de la plateforme en appui aux analyses bio‑informatiques
• Les analyses bio-informatiques démontrent les avantages des méthodes métagénomiques par rapport aux méthodes conventionnelles pour obtenir une caractérisation de qualité supérieure de l'énorme biodiversité des microbes et des invertébrés dans le sol et dans l'eau
• L'importance de la caractérisation de cette biodiversité a été démontrée dans la détection des changements de la communauté microbienne présente dans le sol dans le contexte des besoins de remédiation et de reforestation des sols remaniés dans la région des sables bitumineux de l'Athabasca et de la remise en état des sols de la forêt boréale touchés par des perturbations comme des incendies, des infestations d'insectes ravageurs et les pratiques de récolte de la biomasse
• De plus, des études sur des sols agricoles ontariens révèlent actuellement l'effet de certaines pratiques de gestion agricole (p. ex., la rotation des cultures) sur les communautés microbiennes présentes dans le sol et la nécessité de tenir compte de ces changements microbiens dans la gestion des cycles de l'azote et du phosphore dans le sol.
• Des résultats préliminaires suggèrent que le réservoir de la diversité microbienne dans le sol contribue peut-être fortement au microbiome aquatique de certaines rivières comme les rivières Thames et South Nation en Ontario qui sont la cible principale des mesures de gestion et de réduction du phosphore.
• Des projets de métagénomique aquatique enquêtent actuellement sur la prolifération d'algues nuisibles dans les lacs transfrontaliers (Érié, St. Clair, Champlain) en collaboration avec des programmes fédéraux et provinciaux de surveillance de la qualité des eaux afin d'étudier les micro-organismes présents dans le sol et les rivières qui s'implantent en aval dans les lacs.
• Les recherches sur le zoobiome des invertébrés se sont poursuivies en collaboration avec le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) afin de définir les avantages du métacodage à barres dans l'établissement des conditions de base au maintien de la diversité des invertébrés benthiques dans des régions clés comme le delta Peace-Athabasca en aval des régions d'exploitation des sables bitumineux, et la rivière South Nation en Ontario préalablement au retrait expérimental des habitats riverains. D'autres recherches sur les invertébrés se penchent sur l'utilité des communautés d'invertébrés dans les viscères du saumon dans les cours d'eau du Canada atlantique comme nouveau moyen d'évaluer si l'habitat des salmonidés est convenable.
• Un document de recherche qui analyse la dynamique naturelle à l'intérieur d'un écosystème complexe très important en utilisant la génomique dont la publication est prévue dans les comptes rendus de la conférence de l'Académie nationale des sciences est considéré comme novateur et avant-gardiste.

Il importe de souligner que toutes les personnes que nous avons interrogées ont souligné que l'intégration totale de tous les échantillons et de toutes les analyses d'un volet du projet à l'autre se concrétisera seulement quelques années après la fin du PPC Écobiomique. On s'attend à des réalisations scientifiques à la fine pointe du progrès, mais il faudra consacrer plus de temps et d'effort au traitement des données et à la diffusion des connaissances acquises afin de les utiliser dans les stratégies et les mesures d'atténuation prises pour préserver la biodiversité du sol et des eaux. Comme l'a souligné un des chercheurs :

« D'importants résultats scientifiques se concrétiseront seulement après la dernière année de financement. »

2.2 Élaboration de politiques publiques fondées sur des faits et développement de nouvelles connaissances et technologies

Les participants aux entretiens ont confirmé que les technologies génomiques de pointe sont essentielles aux travaux du PPC Écobiomique ainsi qu'à la création de nouvelles connaissances. Le PPC Écobiomique se poursuit, mais selon la documentation et les personnes interrogées, de multiples études de cas dérivées d'ateliers qui auront lieu d'ici deux ou trois ans devraient démontrer que des applications de la métagénomique sont en mesure d'appuyer la prise de décisions scientifiques plus éclairées et plus rapides et avec un ratio coût-efficacité supérieur de manière à protéger la biodiversité et les écosystèmes partout au Canada. Comme l'ont mentionné certains répondants, une période additionnelle de 10 à 15 ans sera nécessaire pour observer les résultats à long terme en matière de développement durable, de gestion des ressources et de réduction des dommages causés à l'environnement.

2.3 Connaissances ou technologies transférées aux utilisateurs finaux

Le plan de transfert des connaissances (TC) mis à jour pour le PPC Écobiomique mentionne que des consultations ont été organisées pendant la conception du PPC. Toutefois, certains répondants ont insisté sur la nécessité de faire appel aux utilisateurs finaux plus tôt dans le processus d'établissement de la portée du projet et de ses objectifs, et de les mobiliser plus efficacement pendant la totalité du projet afin 1) d'en arriver à une meilleure harmonisation entre les objectifs et les livrables et, ce qui est encore peut-être plus important, 2) de s'assurer que les utilisateurs finaux adoptent les connaissances et les outils développés à la fin du cycle de financement. Comme l'ont souligné certains répondants, le PPC Écobiomique est la toute première étape d'un programme de recherche très ambitieux et pourtant essentiel qui exigera des fonds additionnels et de nouveaux efforts de collaboration, car il cherche à résoudre des questions très complexes d'une grande importance pour les Canadiens.

Le travail d'intégration dont il est question dans le sixième thème à la fin du PPC devrait générer des livrables susceptibles de favoriser la mobilisation des utilisateurs finaux et « officialiser le lien entre la plateforme bio-informatique d'Écobiomique et les autres bases de données sur les sols et les eaux des programmes environnementaux ». On espère également que les nouveaux outils, données et analyses métagénomiques seront pris en compte et intégrés dans des programmes d'AAC, de l'ACIA, du MPO, d'ECCC, de RNCan et du CNRC. Les activités du projet Écobiomique se veulent des activités de démonstration qui faciliteront des partenariats à plus long terme avec les organisations suivantes^{Note de bas de page 57} :

• le Réseau canadien de biosurveillance aquatique (RCBA) d'ECCC dans le contexte de la surveillance de la diversité des invertébrés benthiques, et le Programme national de surveillance de la qualité de l'eau pour créer des liens Web ou des mécanismes de partage de données avec les bases de données du RCBA et leur site Web;
• l'Agence d'évaluation d'impact du Canada (AEIC) et d'autres organismes de réglementation fédéraux et provinciaux à qui il incombe de procéder aux évaluations d'impact environnemental afin de concevoir des directives sur l'intégration de la métagénomique;
• les programmes d'évaluation des risques de la réglementation des produits chimiques et biotechnologiques grâce à l'élaboration de directives sur les méthodes métagénomiques qui amélioreront la qualité des évaluations des risques environnementaux pour la protection de la biodiversité dans le sol et les eaux;
• l'ACIA et l'ASPC, afin de démontrer aux organismes de réglementation les capacités de dépistage de la bio-informatique par l'identification des microbes ou des invertébrés nuisibles ou susceptibles de justifier une quarantaine.

Les participants aux entretiens ont souligné que les publications sont générées dans la mesure du possible dans le cadre des PPC. Les rencontres annuelles sont également selon eux une excellente occasion d'interagir avec des utilisateurs finaux des autres MO. La participation des utilisateurs finaux est considérée comme très bonne à ce jour compte tenu du fait que la protection de la biodiversité est une responsabilité partagée par de multiples MOVS sans qu'aucun d'entre eux dispose d'un mandat clair en ce qui concerne l'intendance environnementale des secteurs exploitant les ressources naturelles. Se fiant à l'expérience du PPC EEQ et à ses résultats, la plupart des personnes qui ont répondu à nos questions souhaitent que les données générées par le PPC Écobiomique soient ouvertes et accessibles au public lorsque les résultats scientifiques et technologiques auront été publiés.

À ce jour, le PPC a généré un fort volume de publications ou de présentations examinées par des pairs et qui ont contribué à la diffusion d'information aux utilisateurs finaux. L'analyse bibliométrique a répertorié au total 123 publications de l'IRDG associées au PPC Écobiomique. De ces 123 publications utilisées pour l'analyse du réseau de collaboration, 53 % étaient des présentations données à des conférences, 18 % des participations à des conférences, 17 % des articles, 5 % des livres et 7 % d'autres publications. En ce qui concerne les 21 publications indexées dans Scopus, le taux de citations moyen par document a été de 12,6 avec un facteur d'impact pondéré par discipline (FIPD) de 2,35. Les publications du PPC Écobiomique sont celles qui sont le plus représentées (50 %) parmi les 10 % de publications les plus souvent citées dans cette discipline.

Ces publications sont l'œuvre de 179 scientifiques venant de 46 institutions et 8 pays. Plus de la moitié ont été publiées en collaboration par au moins deux organisations (53 %) et plus du tiers de toutes les publications ont été le fruit du travail de trois organisations ou plus (36 %). Les collaborateurs universitaires canadiens et étrangers sont nombreux (figure C4.2). Les experts du PPC Écobiomique ont également donné des conseils scientifiques et joué un rôle prééminent dans les comités de génomique nationaux ou internationaux.

Figure C4.2 : Analyse du réseau de collaboration – PPC Écobiomique (plus de 2 copublications)

Figure Figure C4.2 - Version textuelle

Diagramme Web de l'analyse du réseau collaboratif pour les PPP concernant l'Écobiomique avec >2 publications conjointes

Les intervenants comprennent 12 institutions universitaires, 1 ministère provincial ou d'État, 7 ministères fédéraux canadiens et 1 organisation de recherche et de technologie.

ECCC a établi 15 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Sydney Inst of Marine Science, Australie
• Université de Nouvelle-Galles-du-Sud, Australie
• Université du Nouveau-Brunswick
• Université de Guelph
• Université Macquarie, Australie
• Université du Minnesota, États-Unis
• Université de la Saskatchewan
• Musée royal de la Colombie-Britannique
• CSIRO Australie
• RNCan
• MPO
• CNRC
• ACIA
• AAC
• ASPC

Le volume de transferts entre ECCC et les intervenants varie de 14 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre ECCC et l'Université de Guelph.

RNCan a établi 11 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université de Guelph
• Université McMaster
• INRS
• Université de Montréal
• Université du Nouveau-Brunswick
• MPO
• ACIA
• ASPC
• CNRC
• ECCC
• AAC

Le volume de transferts entre RNCan et les intervenants varie de 12 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre RNCan et l'Université McMaster.

AAC a établi 13 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université de Waterloo
• Université McMaster
• Université Macquarie, Australie
• Université du Nouveau-Brunswick
• Université de Nouvelle-Galles-du-Sud, Australie
• Université de Guelph
• INRS
• MPO
• ECCC
• ASPC
• CNRC
• ACIA
• Food Standards Australia New Zealand, Australie

Le volume des transferts entre AAC et les intervenants varie de 6 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre AAC et l'Université de Waterloo ainsi qu'entre AAC et Food Standards Australia New Zealand, Australie.

Le MPO a établi 9 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université McMaster
• Université de Guelph
• Université du Nouveau-Brunswick
• ECCC
• RNCan
• CNRC
• AAC
• ASPC
• ACIA

Le volume de transferts entre AAC et les intervenants varie de 5 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre le MPO et RNCan.

Le CNRC a établi 8 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• RNCan
• ECCC
• AAC
• ACIA
• INRS
• Université de Montréal
• Université de Toronto
• Université de la Saskatchewan

Le volume de transferts entre le CNRC et les intervenants varie de 6 à 2, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre le CNRC et RNCan.

L'ASPC a établi 6 liens de collaboration avec les intervenants suivants :

• Université de Guelph
• AAC
• ACIA
• RNCan
• MPO
• ECCC

Le volume de transferts entre l'ASPC et les intervenants varie de 3 à 1, le plus grand nombre de transferts ayant eu lieu entre l'ASPC et AAC.

2.4 Impact des technologies transférées

Comme nous l'avons souligné précédemment, le PPC Écobiomique se poursuivait au moment de rédiger ces lignes et l'intégration et l'analyse des échantillons collectés un peu partout au Canada restent à faire. Il est donc difficile d'établir pour l'instant l'impact des technologies et des méthodes développées dans le cadre du PPC.

Bien que certaines des personnes interrogées soient convaincues que le réseau de scientifiques travaillant au projet Écobiomique contribue aux progrès nationaux et internationaux en développant des outils d'évaluation de pointe, d'autres ont réitéré que dans le contexte du long spectre de l'innovation, les évaluations environnementales fondées sur la métagénomique en sont encore à une étape embryonnaire. Selon de nombreux participants aux entretiens, il faudra encore de 10 à 20 années de recherche pour caractériser la complexité de la biodiversité des écosystèmes et de leurs liens avec les changements environnementaux anthropomorphiques et avant que des technologies puissent être transférées aux utilisateurs finaux. La plupart des répondants ont reconnu que le projet Écobiomique se situe à la très fine pointe de la science, mais qu'il demeure fondamental puisque les PPC ont pour objet de répondre à des priorités nationales à l'intérieur d'un calendrier de financement de cinq ans.

Le plus récent rapport sur le rendement du PPC Écobiomique (2018-2019) dresse la liste des retombées du projet. Les principales retombées sont la création d'une plateforme bio-informatique, l'augmentation du nombre d'échantillons séquencés et la formation en bio-informatique donnée à un nombre croissant de participants au projet Écobiomique qui communiquent ensuite ces connaissances à des communautés d'utilisateurs finaux et qui contribuent ainsi à la création de retombées socio-économiques. Par exemple, des représentants du réseau RCBA d'ECCC et du Programme national de surveillance de la qualité de l'eau restent mobilisés. Des équipes de projet se sont également jointes à des ministères et à la Canada's Oil Sands Innovation Alliance (COSIA) pour assurer un suivi sur l'évolution des exigences environnementales et sur leurs retombées.

Les documents font aussi état d'un engagement régulier auprès des utilisateurs finaux du programme de surveillance de la qualité de l'eau d'ECCC et du ministère de l'Environnement de l'Ontario pour s'assurer que le plan d'échantillonnage de l'eau du projet Écobiomique est intégré aux programmes prioritaires fédéraux et provinciaux concernant les Grands Lacs. Le réseau d'observation de la biodiversité du Groupe sur l'observation de la Terre (GEO BON) a été créé et plusieurs présentations ont été données par des membres et dirigeants du Global Omics Observation Network (GLOMICON) afin de sensibiliser les instances nationales et internationales à la nécessité d'établir des normes relatives aux données métagénomiques. Récemment, le projet s'est engagé auprès d'un nouvel utilisateur final potentiel (l'Institut canadien des politiques agroalimentaires ou ICPA).

Des chercheurs du PPC Écobiomique ont également siégé au sein du comité fédéral-provincial de Santé Canada ayant pour mandat de réviser les recommandations sur la qualité des eaux utilisées à des fins récréatives au Canada et ont participé à l'élaboration des Normes d'information sur la biodiversité ainsi qu'aux activités de différents groupes de travail au Canada et en Europe (Forum international sur la bioéconomie : groupe de travail sur le microbiome, conférence du Consortium sur les normes en génomique et programme-cadre européen Horizon 2020).

Certains des 16 sous-projets se sont déjà engagés auprès d'utilisateurs finaux et on constate des retombées à court terme sur le mode de gestion des sols et des eaux par les programmes fédéraux. À plus long terme, on pense que les outils génomiques permettront d'identifier de nouveaux organismes ou de nouvelles séquences d'ADN qui pourraient être des indicateurs avancés de problèmes à venir dans la gestion des sols et des eaux et une preuve confirmant la nécessité de recommandations normatives à l'intention de l'industrie. Parmi ces outils, mentionnons l'obligation faite aux acteurs des secteurs agricole et forestier de réhabiliter les sites d'exploitation, notamment les sites miniers et pétroliers. À ce jour, le projet a généré les connaissances nécessaires pour étayer les nouvelles obligations de réhabilitation imposées aux secteurs agricole et forestier à l'égard notamment des sites miniers et pétroliers^{Note de bas de page 58}.

• Le projet pilote industriel (dirigé par RNCan) mené sur des sites d'exploitation des sables bitumineux à réhabiliter de Canadian Natural Resources Limited (CNRL) à Fort McMurray contribue en ce moment à l'avancement du savoir-faire en génomique de RNCan dans l'examen des perturbations et incidences sur l'environnement causées par l'exploitation des sables bitumineux dans le cadre d'un programme de biosurveillance à Fort McMurray. Le PPC est considéré comme un franc succès au sein du Ministère. Ses résultats préliminaires ont déjà permis de mettre au point une solution pour la restauration des sites d'exploitation des sables bitumineux en « créant à l'intention des administrations publiques et des sociétés des lignes directrices opérationnelles fondées sur la science et ainsi accélérer la restauration des écosystèmes résilients et fonctionnels dans les sols abîmés. »
• L'étude d'application s'appuyant sur des outils génomiques menée en 2013 au Centre de recherche et de développement de Harrow d'AAC a contribué à la réhabilitation et à la gestion améliorées des éléments nutritifs dans les sols agricoles et des pratiques culturales.

Pour certains répondants, la capacité métagénomique a influé sur d'autres programmes de gestion de la biodiversité des écosystèmes et des ressources naturelles. Certains pensent aussi que le futur rapport de l'ONU sur les écosystèmes bénéficierait d'une telle approche. Finalement, on pense faire de la plateforme et du logiciel de bio informatique des outils à source ouverte.

3.0 Collaboration interministérielle

Tous les répondants avaient une opinion très positive de la collaboration interministérielle obtenue dans le cadre du PPC et pensaient que les progrès accomplis n'auraient pas été du même calibre ni n'auraient été obtenus aussi rapidement sans le financement obtenu par le projet et sans l'insistance mise sur la collaboration. Voici quelques citations qui illustrent bien la valeur ajoutée de la collaboration interministérielle :

« Nous collaborons actuellement avec des scientifiques avec qui nous n'aurions autrement jamais pu même penser collaborer. J'en veux pour exemple la collaboration entre les spécialistes de la forêt et ceux de l'agriculture. Cette collaboration permet de comparer la biodiversité d'un environnement à l'autre, un concept assez nouveau. »

« L'avantage de la collaboration est qu'elle met à la disposition de tous certaines compétences et infrastructures spéciales très coûteuses (traitement d'échantillons au laboratoire du MPO et séquençage dans les installations du CNRC à Saskatoon). La manutention des échantillons et la bio-informatique se font à l'interne ici au laboratoire, mais les analyses sont ensuite effectuées par un autre groupe. Nous mettons en commun notre savoir-faire. »

Figure C4.3 : Analyse du réseau de collaboration – PPC Écobiomique (MO fédéraux seulement)

Figure C4.3 - Version textuelle

Diagramme Web de l'analyse du réseau collaboratif pour les PPP concernant l'Écobiomique – ministères fédéraux uniquement

• AAC et le MPO ont 3 publications conjointes
• AAC et ECCC ont 5 publications conjointes
• AAC et l'ASPC ont 3 publications conjointes
• AAC et le CNRC ont 4 publications conjointes
• AAC et l'ACIA ont 5 publications conjointes
• ECCC et le MPO ont 5 publications conjointes
• ECCC et RNCan ont 9 publications conjointes
• ECCC et l'ACIA ont 5 publications conjointes
• ECCC et l'ASPC ont 1 co-publication
• L'ASPC et RNCan ont 1 co-publication
• L'ASPC et le CNRC ont 3 publications conjointes
• Le CNRC et le MPO ont 2 publications conjointes
• Le CNRC et RNCan ont 8 publications conjointes
• Le CNRC et l'ACIA ont 3 publications conjointes
• L'ACIA et RNCan ont 8 publications conjointes
• L'ACIA et le MPO ont 3 publications conjointes

De plus, selon certains répondants, grâce aux interactions rendues possibles par le PPC Écobiomique, des projets dérivés ont été lancés par les mêmes collaborateurs, mais sans financement de l'IRDG, cette fois. À l'extérieur de l'IRDG, ces projets sont semble-t-il, très bien vus, particulièrement la collaboration interministérielle. Par exemple, il existe maintenant une forte relation de collaboration entre AAC, ECCC et RNCan dans le domaine de la recherche sur les sols. L'analyse du réseau de collaboration illustre bien les liens interministériels créés par la publication conjointe d'articles. Tous les MO ayant participé au projet sont représentés dans le réseau des publications conjointes. Comme on peut le voir à la figure C4.3, ECCC, RNCan et AAC dominent la carte de la collaboration pour le projet Écobiomique et les liens sont particulièrement étroits entre l'ACIA, le CNRC et le MPO. L'ASPC compte un peu moins de publications conjointes.

3.1 Leçons retenues et pratiques exemplaires découlant de la collaboration interministérielle

Pratiques exemplaires

Sur le plan des pratiques exemplaires, pratiquement tous les répondants ont mentionné la collaboration interministérielle qui découle du travail conjoint dans un même projet de MO ayant des mandats différents et actifs dans des secteurs différents, mais travaillant tous dans un but commun avec des objectifs précis (communications régulières et intégration véritable des données d'échantillonnage et d'analyse). Pour bon nombre des répondants, l'attribution d'un financement commun spécial et la structure de gestion axée sur la collaboration interministérielle qui ont donné des protocoles, des procédures, des flux de travail et des technologies communs devraient être considérées comme une pratique exemplaire. Bien des répondants jugent que le modèle du PPC Écobiomique est unique. Il a d'ailleurs récemment été présenté dans une publication comme une pratique exemplaire^{Note de bas de page 59} et sa mise en œuvre devrait être envisagée dans d'autres disciplines prioritaires de l'administration fédérale. Grâce aux PPC EEQ et Écobiomique, l'administration fédérale canadienne est devenue une référence en ce qui concerne les normes relatives aux données et la définition de la génomique environnementale.

Les répondants qui connaissent bien tous les PPC des phases V et VI estiment que les pratiques de gestion, la collaboration et l'intégration des pratiques de recherche se sont améliorées du PPC EEQ au PPC Écobiomique. Plusieurs participants aux entretiens ont mentionné un document publié à propos du PPC Écobiomique le citant comme un modèle d'intégration de la métagénomique à des programmes de surveillance que devraient suivre les autres administrations publiques de par le monde. De nombreux participants vont jusqu'à affirmer qu'il serait tout simplement insensé de mener désormais des recherches autrement que dans l'environnement intégré développé dans le cadre de ce projet. Selon bon nombre des participants, l'approche et le modèle de l'IRDG constituent une pratique exemplaire qui devrait être appliquée dans l'ensemble de l'administration, être mieux financée sur une période plus longue et on devrait lui porter une attention particulière dans le prochain cycle de financement des projets scientifiques fédéraux.

Leçons retenues

La planification et le financement du volet informatique du projet depuis ses débuts constituent la principale leçon retenue du projet, selon les répondants. La plateforme de TI, même si elle s'est améliorée avec le temps, demeure un problème et un défi, ainsi qu'un facteur qui limite les succès du projet. La gestion de l'infrastructure par Services partagés Canada (SPC) continue de poser un problème d'accès et de mise à jour des logiciels qui ralentit la satisfaction des besoins du PPC qui changent constamment. Pour de nombreux répondants, le véritable défi réside plutôt dans le recrutement et le maintien de PHQ capables de travailler dans le cadre de ces PPC. Un groupe de travail interministériel sur la bio informatique a été créé en 2017-2018 dans le cadre du PPC. Ce groupe continue d'être utilisé pour stimuler le débat et mettre en commun des expériences en utilisant le bassin de connaissances en bio-informatique créées dans les différents MO.

Même si le projet Écobiomique commence déjà à générer des applications, le gouvernement fédéral doit mieux soutenir les applications environnementales de la génomique afin d'en tirer des avantages à long terme, comme ce fut par exemple le cas des projets sur le génome humain dont les avantages ont mis plusieurs années à se matérialiser. Certains répondants ont souligné qu'une période de financement de cinq ans pour un programme de recherche scientifique susceptible d'avoir des effets à si long terme créera nécessairement des pertes d'efficacité et des occasions perdues sur le plan de l'innovation scientifique. De plus, la nature de la métagénomique et la complexité de la mise en œuvre des projets ainsi que de l'environnement réglementaire global ajoutent d'autres défis à l'obtention de retombées à long terme et à l'évaluation de ces retombées. Comme des personnes interrogées l'ont mentionné :

« L'infrastructure informatique que nous avons utilisée pour le projet ne sera plus disponible à la fin de celui-ci et nous cherchons actuellement des moyens de nous assurer que ce que nous avons bâti ne disparaîtra pas avec la fin du financement du PPC. Les travaux réalisés dans le cadre du projet Écobiomique exigent une grande capacité de calcul et le projet a généré une quantité énorme de données qu'il faut stocker et, bien évidemment, tenir à jour. »

« La poursuite des PPC dans le temps est essentielle, car il est impossible de résoudre les problèmes, de mettre au point les technologies et de les transférer en seulement cinq ans. Il devrait être possible, grâce à un soutien continu, de maintenir plus de cinq ans la collaboration qui s'est installée entre tous les MO dans le cadre de ce projet prioritaire. »

Surtout, de nombreux répondants ont insisté sur la nécessité de mobiliser davantage d'utilisateurs finaux à l'intérieur et à l'extérieur de l'administration fédérale. Certains ont souligné la nécessité d'amener ces utilisateurs à participer au projet plus tôt dans le processus, que ce soit au moment de la sélection des sous-thèmes ou des projets d'un PPC ou encore, pendant la planification des activités de transfert de connaissances. Cette mobilisation des utilisateurs finaux est nécessaire pour optimiser l'adoption des développements scientifiques et technologiques générés par le projet, pour assurer la continuité et pour se servir des investissements dans les PPC de l'IRDG comme d'un levier pour en obtenir d'autres lorsque le financement quinquennal prendra fin.

Annexe D – Pratiques exemplaires et leçons retenues

On trouvera dans la présente annexe un bilan des pratiques exemplaires et des leçons retenues relevées pendant l'évaluation des PPC de l'IRDG. Ces constatations découlent des entretiens et de l'examen des documents, mais ne sont en aucun cas consensuelles ni reflètent un point de vue majoritaire. Certaines constatations s'appuient même sur une source unique (voire une seule personne).

Pratiques exemplaires

• Collaboration interministérielle comme pratique exemplaire de gestion et d'exécution d'activités scientifiques au sein de l'administration fédérale
  • La confiance entre chercheurs et entre MO se bâtit avec le temps.
  • Les méthodes et données sont mises en commun de même que le personnel hautement qualifié (PHQ) comme les boursiers postdoctoraux.
  • Les chercheurs travaillent ensemble à un même thème et dans un même but plutôt que de travailler séparément à la poursuite d'un objectif commun.
  • La collaboration pousse les chercheurs en dehors de leur zone de confort à la recherche de points communs et complémentaires.
• Gouvernance, gestion structurée et pratiques de coordination
  • Leadership de la haute direction dans la structure de gouvernance pour fixer les orientations et hiérarchiser les projets scientifiques et les investissements.
  • Création d'un secrétariat qui se consacre exclusivement à la coordination et qui est dirigé par un seul MO.
  • Communication et surveillance des progrès et intégration
  • L'adoption d'une structure et d'un budget communs crée une dépendance mutuelle entre les scientifiques participants qui favorise de meilleures communications et un meilleur soutien au sein d'une équipe qui travaille à la production de livrables interdépendants et d'importance critique pour le projet.
• Processus de développement et de sélection des thèmes des PPC et des activités de projet
  • Processus descendant pour les thèmes généraux communs et mandat étoffé par un processus ascendant, ce qui présente l'avantage de réfléchir aux solutions possibles au sein de groupes composés par des personnes des différents MO.
• Modèle de financement efficace misant sur les capacités et les infrastructures des MO participants
• Création de documents et formation sur les publications, la propriété intellectuelle et les règles d'engagement entre PPC. La création d'un code de conduite/d'éthique a vraiment été une bonne pratique et cette solution devrait être mise en œuvre dès le début des futurs PPC, voire des autres programmes de l'administration fédérale
• Leçons tirées des phases précédentes pour mettre en place un processus d'amélioration continue et réaliser des gains d'efficacité en étudiant :
  • exploitation de la capacité bio-informatique développée dans les PPC de la phase V;
  • potentiel de création d'outils et de techniques au moyen d'une plateforme bio informatique commune développée pendant la phase V;
  • potentiel d'intégration des compétences du CNRC.
• Leçons tirées des premières années des PPC et application de ces leçons par la suite.
  • Dans le cas des PPC RAM et Écobiomique, le premier rapport annuel sur le rendement faisait état de leçons découlant des problèmes de dotation et de capacité; des difficultés d'assurer un suivi sur les dépenses; des retards et problèmes pratiques éprouvés pendant les projets de séquençage et d'autres; de l'importance de la collaboration et des connaissances locales; des problèmes de communication et des questions liés aux frais indirects, etc.

Voici quelques pratiques exemplaires définies dans certains PPC en particulier :

• EEQ/Écobiomique
  • Production et transfert de protocoles et procédures opérationnelles normalisées, des pratiques exemplaires de recherche et des technologies à tous les MO participants
• SAE/RAM
  • Blocs de tâches bien définis et conférences téléphoniques fréquentes qui ont mené à une sensibilisation et à une participation accrues des participants, et à une intégration supérieure des différentes activités de recherche pour le plus grand avantage du but commun de l'ensemble des projets.
  • Possibilité de répondre aux demandes d'information sur la RAM et ajustement du contenu et offre de présentations devant différents auditoires.

Leçons retenues

• Les coûts de l'infrastructure informatique (et bio-informatique) sont importants et devraient être prévus et planifiés.
• Il faut obtenir rapidement des partenaires extérieurs un engagement affirmé, car la recherche est grandement facilitée par leur participation.
  • L'accès à un serveur de traitement de données de haute performance à Dorval a été identifié comme un facteur positif, mais la capacité informatique demeure un problème.
  • La principale difficulté est de faire comprendre à Services partagés Canada la complexité des besoins découlant de la désuétude des serveurs et de l'incapacité des logiciels de bio-informatique actuels de répondre aux besoins de la recherche.
• Le processus d'élaboration des thèmes devrait être lancé plus tôt, ce qui permettrait de négocier les compromis nécessaires pour en venir à un objectif principal suffisamment étroit pour simplifier l'élaboration des sous-thèmes et des activités de projet.
• Les attentes des MO participants à l'égard du rôle qu'ils pourraient jouer dans les PPC devraient être gérées en insistant sur ce qui est le mieux pour le Canada et l'administration fédérale dans son ensemble.
• Mobilisation hâtive des intervenants et des utilisateurs finaux aux fins des PPC, à la fois à l'intérieur et à l'extérieur de l'administration fédérale.
  • Elle permettrait de mieux circonscrire les problèmes, d'obtenir une contribution plus soutenue dans la prise des décisions, d'améliorer les relations afin d'en tirer des avantages mutuels et un taux supérieur d'adoption des technologies à venir.
  • La conversion et les transferts ne se sont pas concrétisés comme prévu.
  • Il faudrait peut-être centraliser la conversion des résultats en applications pratiques et la sensibilisation de la fonction publique aux projets de recherche et à leur réalisation.
• L'embauche et le maintien de PHQ demeurent un défi important. Les problèmes sont plus précisément les suivants : maintien des bonnes PHQ, particulièrement dans le contexte de la définition approximative des postes et du caractère temporaire des projets; discordance entre la durée des PPC et le cycle de formation des étudiants des deuxième et troisième cycles qui provoque le départ de PHQ avant que les projets se terminent.
• Il importe de développer la collaboration avec des parties extérieures à l'administration fédérale et plus particulièrement avec Génome Canada et les universités afin que les disciplines visées par les thèmes, le processus de sélection et le financement soient dirigés directement vers la résolution des enjeux prioritaires pour le Canada.
  • On aurait ainsi un meilleur accès aux PHQ (aux boursiers postdoctoraux) et on se doterait d'une capacité de financement suffisante pour proposer des emplois dont la durée irait au-delà du cycle de financement actuel des PPC.
• Il est nécessaire de planifier la relève pour tenir compte des différents événements dans la vie (p. ex., les départs à la retraite) des collaborateurs, car ces événements peuvent causer des perturbations et d'autres problèmes dans un projet d'une durée de cinq ans.
• La fin du financement des PPC après cinq ans constitue un défi majeur, car un financement à si court terme peut faire perdre des investissements, des possibilités et l'impulsion nécessaire à l'atteinte des objectifs ciblés et à l'obtention des résultats escomptés.
  • Les transferts inachevés de technologie à l'industrie après cinq ans ont obligé des MO à financer l'achèvement de certains projets en raison des engagements pris auprès de l'industrie et des attentes des entreprises.
  • Continuer de financer les éléments les plus prometteurs des PPC (susceptibles d'avoir des retombées dans un délai de deux à trois ans) et appuyer les activités qui doivent se poursuivre afin d'éviter qu'elles soient interrompues.
• Transition du financement temporaire aux services votés
  • Représente un risque pour les PPC, parce qu'ils pourraient alors être utilisés de manière différente par les MO participants.
  • Change les dates d'allocation du financement, d'où la possibilité de retards dans la disponibilité des fonds pour les PPC.
• L'IRDG devrait étudier d'autres initiatives interministérielles fédérales et internationales à des fins d'analyse comparative et de définition des pratiques exemplaires.

Leçons retenues dans le cadre de certains PPC en particulier :

• EEQ/Écobiomique :
  • Occasion perdue en raison du choix de ne pas intégrer entièrement les données du projet EEQ dans la nouvelle infrastructure à Dorval
  • Étudier les possibilités d'autres projets de recherche en génomique dans d'autres disciplines d'intérêt pour l'administration fédérale (y compris des projets qui ont été exclus de la portée des PPC comme la toxicogénomique/virologie) pour tirer parti de la plateforme uniformisée de TI/bio-informatique développée dans le cadre du projet Écobiomique.
• RAM/SAE :
  • L'amélioration des communications entre les MO participants est la leçon retenue la plus importante et cette amélioration découle de la décision de tenir des téléconférences à intervalles réguliers et de la détermination à trouver de meilleurs moyens de communiquer.
  • Le fait que de nombreux chercheurs participants au projet SAE travaillaient à d'autres projets a créé des contraintes de temps. La taille des groupes de recherche devrait être réduite parce que le nombre de chercheurs et les attentes étaient trop élevés.
  • Des possibilités existent qu'un réseau de chercheurs du PPC RAM contribue à la satisfaction des besoins nationaux et internationaux d'outils d'évaluation des risques s'appuyant sur la métagénomique (y compris au plan d'action pancanadien à venir d'atténuation des risques de RAM).
• Il faut trouver davantage de possibilités de discussion sur la gestion opérationnelle ou créer un forum officiel sur cette question où les chercheurs affectés à chaque bloc de tâches auront un droit de parole, pas uniquement les dirigeants de projet.
• • Il est nécessaire de tenir annuellement des rencontres en personne où les étudiants et les boursiers postdoctoraux pourront présenter les travaux accomplis à ce jour.