Rôles et responsabilités
Un agent principal de recherches en exploration de données scientifiques au Centre de recherche en technologies numériques.
Responsable de l’analyse des données ayant des applications dans les domaines des sciences de la vie et de la santé humaine.
Recherche et / ou projets en cours
Un agent principal de recherches en exploration de données scientifiques au Centre de recherche en technologies numériques.
Responsable de l’analyse des données ayant des applications dans les domaines des sciences de la vie et de la santé humaine.
Énoncés de recherches / projets
Utiliser l’apprentissage profond et les mégadonnées génomiques pour un diagnostic précoce et personnalisé du cancer.
Étudier la reprogrammation transcriptionnelle de plantes cultivées (p. ex., le blé et le canola) soumises à des stress biotiques et abiotiques.
Explorer les profils d’expression différentielle des caractéristiques des gènes à l’aide d’approches d’apprentissage automatique.
Études
Maîtrise en informatique, 2002
Doctorat en biologie, 1994
Activités professionnelles / intérêts
Rédacteur régional en chef (adjoint)
Bentham – Current Bioinformatics (http://benthamscience.com/journals/current-bioinformatics/), de 2005 à 2018
Bentham – The Open Applied Informatics Journal (http://benthamopen.com/toainfoj/home), de 2007 à 2013
Conseiller en rédaction
Bentham – Open Medical informatics (http://benthamopen.com/TOMINFOJ/home/), de 2007 à aujourd’hui
ScienPress – Journal of Computations & Modeling, de 2011 à aujourd’hui
Science Publishing Group – Health Informatics, de 2012 à 2015
Prix
Prix pour réalisations exceptionnelles en recherche, ITI-CNRC (2009)
Prix d’excellence en recherche générale, ITI-CNRC (2005)
Bourse de recherche scientifique postdoctorale, CNRC-CRSNG (de 1996 à 1998)
Bourse postdoctorale, CRSNG (1996)
Bourse d’études supérieures, Université Dalhousie (de 1989 à 1994)
Principales publications
- Brauer EK, Rocheleau H, Balcerzak M, Pan Y, Fauteux F, Liu Z, Wang L, Zheng W, Ouellet T (2019). Transcriptional and hormonal profiling of Fusarium graminearum-infected wheat reveals an association between auxin and susceptibility. Physiological and Molecular Plant Pathology, accepted.
- Pan Y, Li Y, Liu Z, Surendra A, Wang L, Foroud NA, Goyal RK, Ouellet T, Fobert PR (2019). Differential expression feature extraction (DEFE) and its application in RNA-seq data analysis. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/511188, pdf
- Li Y, Pan Y, Liu Z (2019). Multi-class non-negative matrix factorization for comprehensive feature pattern discovery. IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems 30:615-629. Appeared online July 16, 2018. https://doi.org/10.1109/TNNLS.2018.2849932. pdf
- Wang L, Li Q, Liu Z, Surendra A, Pan Y, Li Y, Zaharia LI, Ouellet T, Fobert PR (2018). Integrated transcriptome and hormone profiling highlight the role of multiple phytohormone pathways in wheat resistance against fusarium head blight. Plos One 13(11): e0207036. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0207036. pdf
- Li Y, Fauteux F, Zou J, Nantel A, Pan Y (2018). Personalized prediction of genes with tumor-causing somatic mutations based on multi-modal deep Boltzmann machine. Neurocomputing 324:51-62. pdf
- Pan Y, Liu Z, Rocheleau H, Fauteux F, Wang Y, McCartney M, Ouellet T (2018). Transcriptome dynamics Associated with Resistance and Susceptibility against Fusarium Head Blight in Four Wheat Genotypes. BMC Genomics 19:642. pdf.
- Tchagang AB, Fauteux F, Tulpan D, Pan Y (2017). Bioinformatics identification of new targets for improving low temperature stress tolerance in spring and winter wheat. BMC Bioinformatics 18:174. pdf
- Wang Y, Richard R, Pan Y (2016). Prior knowledge guided eQTL mapping for identifying candidate genes. BMC Bioinformatics 17:531. pdf
- Fauteux F, Hill J, Jaramillo ML, Pan Y, Phan S, Famili F, O’Connor-McCourt M (2016). Computational Selection of Antibody-Drug Conjugate Targets for Breast Cancer. Oncotarget 7(3): 2555-2571, DOI: 10.18632/oncotarget.6679. pdf
- Tulpan D, Leger S, Tchagang A, Pan Y (2015). Enrichment of Triticum aestivum gene annotations using ortholog cliques and gene ontologies in other plants. BMC Genomics, 16:299. pdf
- Wang Y and Pan Y (2014) Semi-supervised consensus clustering for gene expression data analysis. BioData Mining 7:7. pdf
- Tchagang AB, F. Famili, and Y Pan (2014). Subspace-clustering of DNA Microarray Data: Theory, Evaluation, and Applications. International Journal of Computational Models and Algorithms in Medicine (IJCMAM) 4(2): 1-52.
- Tchagang AB, S Phan, F Famili, H Shearer, P Fobert, Y Huang, J Zou, D Huang, A Cutler, Z Liu, and Y Pan (2012) Mining biological information from 3D short time-series gene expression data: the OPTricluster algorithm. BMC Bioinformatics 13:54. pdf
- Pan Y, S Phan, F Famili, ML Jaramillo, AEG Lenferink, and E Wang (2010). Differences in promoters of orthologous genes. The Open Bioinformatics Journal 4: 41-49. pdf
- Tchagang AB, A Gawronski, H Bérubé, S Phan, F Famili, and Y Pan (2010). GOAL: A software tool for assessing biological significance of genes group. BMC Bioinformatics 11: 229. pdf
- Liu Z, S Phan, F Famili, Y Pan, AEG Lenferink, C Cantin, C Collins, MD. O’Connor-Mccourt (2010). A multi-strategy approach to informative gene identification from gene expression data. Journal of Bioinformatics and Computational Biology 8: 19-23. pdf
Expérience de travail antérieure
English:
1999-2001 Guest Worker - Canadian Bioinformatics Resource, National Research Council Canada (NRC), Halifax
1999-2001 Lecturer - Department of Biology, Saint Mary’s University, Halifax.
1996-98 Post-doctorate (NSERC Visiting Fellow) – Institute for Marine Bioscience (IMB), NRC, Halifax
1994-96 Instructor - Department of Biology, Saint Mary’s University, Halifax
1989-96 Consultant - Bedford Institute of Oceanography (BIO), DFO, Halifax
1988-89 Visiting Scientist - Bedford Institute of Oceanography, DFO, Halifax
French:
De 1999 à 2001 – travailleur invité. Réseau de bio-informatique canadien, Conseil national de recherches du Canada (CNRC), Halifax.
De 1999 à 2001 – chargé de cours. Département de biologie, Université Saint Mary’s, Halifax.
De 1996 à 1998 – étudiant postdoctoral (adjoint invité au CRSNG). Institut des biosciences marines (IBM), CNRC, Halifax.
De 1994 à 1996 – chargé de cours. Département de biologie, Université Saint Mary’s, Halifax.
De 1989 à 1996 – consultant. Institut océanographique de Bedford, MPO, Halifax.
De 1988 à 1989 – chercheur invité. Institut océanographique de Bedford, MPO, Halifax.
Expérience ou travail international
De 1998 à 1999. Attaché de recherche – Marine Biomedicine and Environmental Sciences (MBES), Medical University of South Carolina; Center for Coastal Environmental Health and Biomolecular Research, NOAA/NOS, Charleston, Caroline du Sud, États-Unis.
De 1982 à 1988. Attaché de recherches (en 1987 et 1988) et adjoint à la recherche (de 1982 à 1987) – Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences (中国科学院海洋研究所), Qingdao, Chine.