Rôles et responsabilités
- Chercheur scientifique principal, Génétique des cultures et génomique
- Chef d'équipe, Analyse avancée des données
- Professeur adjoint, Département des sciences végétales, Université de la Saskatchewan
- Professeur adjoint, Département des sciences biologiques, Université de Calgary
Recherche et / ou projets en cours
Les recherches actuelles portent sur l'intégration de l'analyse génomique à haut débit, de la validation fonctionnelle et de l'édition génomique par CRISPR afin de développer des méthodes de sélection prédictives et prescriptives qui traduisent les modèles génotype-phénotype en améliorations ciblées et applicables des performances et de la résilience des cultures.
Énoncés de recherches / projets
- Créer une variété de pois résiliente face au changement climatique grâce à l'innovation génomique: exploiter les technologies omiques avancées et de l'analyse des données pour développer des variétés de pois résilientes au climat afin de surmonter des défis majeurs comme la pourriture des racines et la sécheresse qui limitent l'adoption des pois dans l'agriculture canadienne. Ce travail contribue à un avenir résilient et respectueux de l’environnement pour l’agriculture canadienne en faisant progresser la production de pois et la décarbonisation.
- Sources de financement : Génome Canada, Genome Alberta, Genome Prairie, Results Driven Agriculture Research, Saskatchewan Pulse Growers, Alberta Pulse Growers, Western Grains Research Foundation, Corteva Agriscience, CNRC, AAC, PacBio, Province de la Saskatchewan (ADF)
- Plateforme de génomique fonctionnelle du canola: Optimisation des caractéristiques de qualité des graines de canola, y compris la quantité, la qualité et la transformabilité des protéines, de l'huile et des fibres des graines.
- Sources de financement : Corteva Agriscience, CNRC, Province de la Saskatchewan (ADF)
- Enrichir le génome du blé avec une variation naturelle: Développer des ressources génétiques et génomiques avancées pour caractériser et améliorer la recombinaison méiotique afin de créer de nouvelles combinaisons de gènes pour la sélection des cultures. Séquençage génomique unicellulaire à base de microspores et stratégie de génotypage pour surveiller la fréquence de recombinaison méiotique chez les plantes. Exploiter la précision de l'édition de gènes dans la sélection des cultures
- Sources de financement: Génome Canada, Partenariat d'AAC, Coalition canadienne pour la recherche sur le blé, Fondation de recherche sur les grains de l'Ouest, Illumina, Commission de développement du blé de la Saskatchewan, Commission de développement du blé de l'Alberta, Commission de développement du blé et de l'orge du Manitoba, Viterra, Province de la Saskatchewan (ADF), ministère du Développement économique, de la Création d'emplois et du Commerce de l'Ontario, Génome Alberta, Frontier Agri-Science Inc., CNRC.
Études
- Ph.D. en biologie, Western University (anciennement University of Western Ontario), Canada
- M.Sc. en pathologie végétale, Université agricole du Tamil Nadu, India
- B.Sc. en agriculture, Université des sciences agricoles de Dharwad, India
Activités professionnelles / intérêts
- Chef de file du Consortium international de séquençage du génome du pois (Pisum 60+): Le projet Pisum 60+ est un partenariat mondial (Canada, Australie, Allemagne, Royaume-Uni, États-Unis, Espagne) visant à caractériser le pan-génome du pois afin de capturer toute la diversité génétique des espèces de Pisum, contribuant ainsi à la sélection, la recherche et les améliorations agricoles mondiales.
- Co-responsable, PeaCE (Pea Climate Efficient) : Génome Canada - Agriculture et systèmes alimentaires intelligents face au climat (CSAFS) - équipe de défi interdisciplinaire (TIC).
- Responsable du Plateforme de génomique fonctionnelle du canola : permet la découverte rapide de gènes, la caractérisation et l'optimisation des caractères, offrant des informations essentielles pour la sélection du canola et les améliorations génétiques visant à améliorer les caractères de composition des graines.
- Responsable du Génomique des cultures orphelines : séquençage du génome du petit mil et amélioration des cultures.
Affiliations
- Membre, Société canadienne de biologie végétale
- Membre, SynBio Canada
- Membre, Groupe de travail sur la stratégie de recherche sur le blé de Cereals Canada
- Membre, Groupe de travail d'experts sur la recherche collaborative internationale sur la méiose et la recombinaison
Prix
- Prix C. D. Nelson, Société canadienne de biologie végétale
- Prix SEB-Wiley-The Plant Journal du meilleur article de référence (2023)
- Prix pour réalisations exceptionnelles en science, Agriculture et Agroalimentaire Canada (2017)
- Prix d'excellence en leadership, Centre de recherche en développement des cultures et des ressources aquatiques (2016)
- Prix Moisson d’or, Agriculture et Agroalimentaire Canada (2015)
- Bourse de recherche scientifique du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG) (2008-2010)
- Bourse d’études supérieures de l’Ontario, ministère de la Formation et des Collèges et Universités (2005-2006)
- Bourse du recteur pour les études supérieures, University of Western Ontario (2002-2003)
- Médaille d'or Hexamer et prix de la meilleure thèse, Université agricole du Tamil Nadu (2002)
- Prix M. P. S. Jivanna Rao du meilleur étudiant, Université agricole du Tamil Nadu (2002)
- Université des sciences agricoles, Dharwad Médaille d'or, Université des sciences agricoles de Dharwad (1999)
- Collège agricole, médaille d'or du jubilé d'argent de Dharwad, Université des sciences agricoles de Dharwad (1999)
- Médaille d'or du professeur R. W. Mensinkai, Université des sciences agricoles de Dharwad (1999)
Principales publications
- Ma, X., Kthiri, D., Gill, M.S., Pozniak, C.J., et Kagale, S.* (2025). Cas9 endonuclease: a molecular tool for in vitro cloning and CRISPR edit detection (Endonucléase Cas9 : un outil moléculaire pour le clonage in vitro et la détection des modifications CRISPR). Frontiers in Genome Editing 7 : 1565297.
- Harish, J., Prasannakumar, M.K., Venkateshbabu, G., Karan, R., Mahesh, H.B., Devanna, P., Sarangi, A.N., Patil, S.S., Tejashwini, V., Lohithaswa, H.C., et Kagale, S. (2025). Molecular and genomic insights into the pathogenicity of Sarocladium zeae causing maize stalk rot disease (Aperçus moléculaires et génomiques de la pathogénicité de Sarocladium zeae, responsable de la pourriture des tiges du maïs). Microbiological Research 296 : 128-146.
- Pahari, S., Vaid, N., Soolanayakanahally, R., Kagale, S., Pasha, A., Esteban, E., Provart, N., Stobbs, J.A., Vu, M., Meira, D., Karunakaran, C., Boda, P., Prasannakumar, M.K., Nagaraja, A., Jain, A. 2024. Nutri-cereal developmental transcriptome atlas: functional integration of gene expression to identify mineral uptake pathways in little millet (Panicum sumatrense) (Atlas du transcriptome développemental nutri-céréalier : intégration fonctionnelle de l'expression des gènes pour identifier les voies d'absorption des minéraux chez le petit mil (Panicum sumatrense)). Plant Journal 19, 577–594.
- Sertse, D., Haile, J. K., Sari, E., Klymiuk, V., N’Diaye, A., Pozniak, C. J., Cloutier, S., & Kagale, S.* (2023). Genome scans capture key adaptation and historical hybridization signatures in tetraploid wheat (Les analyses du génome capturent les principales signatures d’adaptation et d’hybridation historiques du blé tétraploïde). Plant Genome, e20410.
- Da Ros, L., Bollina, V., Soolanayakanahally, R., Pahari, S., Elferjani, R., Kulkarni, M., Vaid, N., Risseuw, E., Cram, D., Pasha, A., Esteban, E., Konkin, D., Provart, N., Nambara, E., and Kagale, S.* (2023). Multi-omics atlas of combinatorial abiotic stress responses in wheat (Atlas multi-omique des réponses combinatoires au stress abiotique chez le blé). Plant Journal 116, 1118-1135.
- Jiang, Y., N'Diaye, A., Koh, C.S., Quilichini, T.D., Shunmugam, A.S.K., Kirzinger, M.W., Konkin, D., Bekkaoui, Y., Sari, E., Pasha, A., Esteban, E., Provart, N.J., Higgins, J.D., Rozwadowski, K., Sharpe, A.G., Pozniak, C.J., and Kagale, S.* (2023). The coordinated regulation of early meiotic stages is dominated by non-coding RNAs and stage-specific transcription in wheat (La régulation coordonnée des premiers stades méiotiques est dominée par les ARN non codants et la transcription spécifique au stade chez le blé). Plant Journal 114: 209-224.
- Chaudhary, R., Koh, C.S., Perumal, S., Jin, L., Higgins, E.E., Kagale, S., Smith, M.A., Sharpe, A.G., and Parkin, I.A.P. (2023). Sequencing of Camelina neglecta, a diploid progenitor of the hexaploid oilseed Camelina sativa (Séquençage de Camelina négligencea, un ancêtre diploïde de la graine oléagineuse hexaploïde Camelina sativa). Plant Biotechnology Journal. 21, 521-535.
- Ramsay, L., Koh, C.S., Kagale, S., Gao, D., Kaur, S., Haile, T., Gela, T.S., Chen, L.-A., Cao, Z., Konkin, D.J., Toegelová, H., Doležel, J., Rosen, B.D., Stonehouse, R., Humann, J.L., Main, D., Coyne, C.J., McGee, R.J., Cook, D.R., Varma Penmetsa, R., Vandenberg, A., Chan, C., Banniza, S., Edwards, D., Bayer, P.E., Batley, J., Udupa, S.M., and Bett, K.E. (2021). Genomic rearrangements have consequences for introgression breeding as revealed by genome assemblies of wild and cultivated lentil species (Les réarrangements génomiques ont des conséquences sur la sélection par introgression, comme le révèlent les assemblages génomiques d'espèces de lentilles sauvages et cultivées). BioRxiv 2021.2007.2023.453237.
- Lyzenga, W.J., Pozniak, C.J., and Kagale, S. (2021). Advanced domestication: harnessing the precision of gene editing in crop breeding (Domestique avancée : exploiter la précision de l'édition de gènes dans la sélection des cultures). Plant Biotechnology Journal 19, 660-670.
- Lyzenga, W.J., and Kagale, S. (2021). Wheat improvement using genome editing technology (Amélioration du blé à l'aide de la technologie d'édition du génome). BioTechniques 71:577-579.
- Gao, P., Quilichini, T.D., Yang, H., Li, Q., Nilsen, K.T., Qin, L., Babic, V., Liu, L., Cram, D., Pasha, A., Esteban, E., Condie, J., Sidebottom, C., Zhang, Y., Huang, Y., Zhang, W., Bhowmik, P., Kochian, L.V., Konkin, D., Wei, Y., Provart, N.J., Kagale, S., Smith, M., Patterson, N., Gillmor, C.S., Datla, R., and Xiang, D. (2021). Evolutionary divergence in embryo and seed coat development of U’s Triangle Brassica species illustrated by a spatiotemporal transcriptome atlas (Divergence évolutive dans le développement de l'embryon et du tégument des espèces de Brassica du Triangle de U illustrée par un atlas spatio-temporel du transcriptome). New Phytologist 233:30-51.
- Kagale, S. and Close T.J. (2021) Legume: Embracing the Genome Era (Légumineuse : embrasser l'ère du génome). Legume Science 3: e113.
- Bhowmik, P., Konkin, D., Polowick, P., Hodgins, C.L., Subedi, M., Xiang, D., Yu, B., Patterson, N., Rajagopalan, N., Babic, V., Ro, D.-K., Tar'an, B., Bandara, M., Smyth, S.J., Cui, Y., and Kagale, S. (2021). CRISPR/Cas9 gene editing in legume crops: Opportunities and challenges (Édition de gènes CRISPR/Cas9 dans les cultures de légumineuses : opportunités et défis). Legume Science 3: e96.
- Moghaddam, S.M., Oladzad, A., Koh, C., Ramsay, L., Hart, J.P., Mamidi, S., Hoopes, G., Sreedasyam, A., Wiersma, A., Zhao, D., Grimwood, J., Hamilton, J.P., Jenkins, J., Vaillancourt, B., Wood, J.C., Schmutz, J., Kagale, S., Porch, T., Bett, K.E., Buell, C.R., and McClean, P.E. (2021). The tepary bean genome provides insight into evolution and domestication under heat stress (Le génome du haricot tépari donne un aperçu de l'évolution et de la domestication sous stress thermique). Nature communications 12, 2638.
- Walkowiak, S., Gao, L., Monat, C., Haberer, G., Kassa, M.T., Brinton, J., Ramirez-Gonzalez, R.H., Kolodziej, M.C., Delorean, E., Thambugala, D., Klymiuk, V., Byrns, B., Gundlach, H., Bandi, V., Siri, J.N., Nilsen, K., Aquino, C., Himmelbach, A., Copetti, D., Ban, T., Venturini, L., Bevan, M., Clavijo, B., Koo, D.-H., Ens, J., Wiebe, K., N’Diaye, A., Fritz, A.K., Gutwin, C., Fiebig, A., Fosker, C., Fu, B.X., Accinelli, G.G., Gardner, K.A., Fradgley, N., Gutierrez-Gonzalez, J., Halstead-Nussloch, G., Hatakeyama, M., Koh, C.S., Deek, J., Costamagna, A.C., Fobert, P., Heavens, D., Kanamori, H., Kawaura, K., Kobayashi, F., Krasileva, K., Kuo, T., McKenzie, N., Murata, K., Nabeka, Y., Paape, T., Padmarasu, S., Percival-Alwyn, L., Kagale, S., Scholz, U., Sese, J., Juliana, P., Singh, R., Shimizu-Inatsugi, R., Swarbreck, D., Cockram, J., Budak, H., Tameshige, T., Tanaka, T., Tsuji, H., Wright, J., Wu, J., Steuernagel, B., Small, I., Cloutier, S., Keeble-Gagnère, G., Muehlbauer, G., Tibbets, J., Nasuda, S., Melonek, J., Hucl, P.J., Sharpe, A.G., Clark, M., Legg, E., Bharti, A., Langridge, P., Hall, A., Uauy, C., Mascher, M., Krattinger, S.G., Handa, H., Shimizu, K.K., Distelfeld, A., Chalmers, K., Keller, B., Mayer, K.F.X., Poland, J., Stein, N., McCartney, C.A., Spannagl, M., Wicker, T., and Pozniak, C.J. (2020). Multiple wheat genomes reveal global variation in modern breeding (Plusieurs génomes de blé révèlent des variations mondiales dans la sélection moderne). 588, 277-283.
- Perumal, S., Koh, C.S., Jin, L., Buchwaldt, M., Higgins, E.E., Zheng, C., Sankoff, D., Robinson, S.J., Kagale, S., Navabi, Z.-K., Tang, L., Horner, K.N., He, Z., Bancroft, I., Chalhoub, B., Sharpe, A.G., and Parkin, I.A.P. (2020). A high-contiguity Brassica nigra genome localizes active centromeres and defines the ancestral Brassica genome (Un génome de Brassica nigra à haute contiguïté localise les centromères actifs et définit le génome ancestral de Brassica). Nature Plants 6, 929-941.
- Cram, D., Kulkarni, M., Buchwaldt, M., Rajagopalan, N., Bhowmik, P., Rozwadowski, K., Parkin, I.A.P., Sharpe, A.G., and Kagale, S. (2020). WheatCRISPR: a web-based guide RNA design tool for CRISPR/Cas9-mediated genome editing in wheat (WheatCRISPR : un outil de conception d'ARN guide basé sur le Web pour l'édition du génome médiée par CRISPR/Cas9 chez le blé). BMC Plant Biology 19, 474.
- Huang D., Zheng Q., Melchkart T., Bekkaoui Y., Konkin D.J.F., Kagale S., Martucci M., You FM., Clarke M., Adamski N.M., Chinoy C., Steed A., McCartney C., Cutler A.J., Nicholson P., Feurtado J.A. (2020). Dominant Inhibition of Awn Development by a Zinc-Finger Transcriptional Repressor Expressed at the B1 Locus in Wheat (Inhibition dominante du développement des arêtes par un répresseur transcriptionnel à doigt de zinc exprimé au locus B1 chez le blé). New Phytologist 225: 340-355.
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Shunmugam, A.S.K., Bollina, V., Dukowic-Schulze, S., Bhowmik, P.K., Ambrose, C., Higgins, J.D., Pozniak, C., Sharpe, A.G., Rozwadowski, K. et Kagale, S. (2018). MeioCapture: an efficient method for staging and isolation of meiocytes in the prophase I sub-stages of meiosis in wheat (MéioCapture : une méthode efficace pour la stadification et l’isolement des méiocytes dans les sous-stades de la prophase I de la méiose chez le blé). BMC plant biology, 18: 293.
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Bhowmik, P., Ellison, E., Polley, B., Bollina, V., Kulkarni, M., Ghanbarnia, K., Song, H., Gao, C., Voytas, D.F., et Kagale, S. (2018). Targeted mutagenesis in wheat microspores using CRISPR/Cas9 (mutagenèse ciblée dans les microspores de blé à l’aide de la technique CRISPR-Cas9. Rapports scientifiques). Scientific reports, 8: 6502.
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Kulkarni, M., Soolanayakanahally, R., Ogawa, S., Uga, Y., Selvaraj, M.G., et Kagale, S. (2017). Drought response in wheat: key genes and regulatory mechanisms controlling root system architecture and transpiration efficiency (réaction à la sécheresse chez le blé : principaux gènes et mécanismes de régulation contrôlant l’architecture du système radiculaire et l’efficience de la transpiration). Frontiers in Chemistry, 5: 106.
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Kagale, S., Nixon, J., Khedikar, Y., Pasha, A., Provart, N.J., Clarke, W.E., Bollina, V., Robinson, S.J., Coutu, C., Hegedus, D.D., Sharpe, A.G., et Parkin, I.A. (2016). The developmental transcriptome atlas of the biofuel crop Camelina sativa (l’atlas des transcriptomes de développement de la culture pour biocarburants Camelina sativa). Plant journal, 88: 879-894.
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Kagale, S., Robinson, S.J., Nixon, J., Xiao, R., Huebert, T., Condie, J., Kessler, D., Clarke, W.E., Edger, P.P., Links, M.G., Sharpe, A.G., et Parkin, I.A. (2014). Polyploid evolution of the Brassicaceae during the Cenozoic era (évolution polyploïde des brassicacées au cours de l’ère cénozoïque). Plant cell, 26: 2777-2791.
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Kagale, S., Koh, C., Nixon, J., Bollina, V., Clarke, W.E., Tuteja, R., Spillane, C., Robinson, S.J., Links, M.G., Clarke, C., Higgins, E.E., Huebert, T., Sharpe, A.G., et Parkin, I.A. (2014). The emerging biofuel crop Camelina sativa retains a highly undifferentiated hexaploid genome structure (la nouvelle culture pour biocarburants Camelina sativa conserve une structure très indifférenciée du génome hexaploïde). Nature communications, 5: 3706.
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Parkin, I.A., Koh, C., Tang, H., Robinson, S.J., Kagale, S., Clarke, W.E., Town, C.D., Nixon, J., Krishnakumar, V., Bidwell, S.L., Denoeud, F., Belcram, H., Links, M.G., Just, J., Clarke, C., Bender, T., Huebert, T., Mason, A.S., Pires, J.C., Barker, G., Moore, J., Walley, P.G., Manoli, S., Batley, J., Edwards, D., Nelson, M.N., Wang, X., Paterson, A.H., King, G., Bancroft, I., Chalhoub, B., et Sharpe, A.G. (2014). Transcriptome and methylome profiling reveals relics of genome dominance in the mesopolyploid Brassica oleracea (l’établissement du profil du transcriptome et du méthylome révèle des vestiges de dominance du génome chez le mésopolyploïde Brassica oleracea). Genome biology, 15: R77.
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Borg, M., Rutley, N., Kagale, S., Hamamura, Y., Gherghinoiu, M., Kumar, S., Sari, U., Esparza-Franco, M.A., Sakamoto, W., Rozwadowski, K., Higashiyama, T., et Twell, D. (2014). An EAR-Dependent Regulatory Module Promotes Male Germ Cell Division and Sperm Fertility in Arabidopsis (un module de régulation dépendant du motif EAR favorise la division des cellules germinales mâles et la fertilité des gamètes mâles chez Arabidopsis). Plant cell, 26: 2098-2113.
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Kagale, S., et Rozwadowski, K. (2011). EAR motif-mediated transcriptional repression in plants: an underlying mechanism for epigenetic regulation of gene expression (la répression de la transcription médiée par le motif EAR chez les végétaux : un mécanisme sous-jacent de régulation épigénétique de l’expression génique). Epigenetics, 6: 141-146.
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Kagale, S., Links, M.G., et Rozwadowski, K. (2010). Genome-wide analysis of ethylene-responsive element binding factor-associated amphiphilic repression motif-containing transcriptional regulators in Arabidopsis (analyse de l’ensemble du génome des régulateurs
Liens supplémentaires
- Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=zKs2yFQAAAAJ&hl=en
- ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Sateesh_Kagale
