Le CNRC s'est joint à un consortium qui regroupe des établissements pour unir leurs ressources de calcul de haute performance afin de les exploiter pour étudier la COVID-19.
Une équipe de recherche, composée de Sergey Gusarov (Ph.D.) du Centre de recherche en nanotechnologie du CNRC et de Stanislav Stoyanov (Ph.D.) de Ressources naturelles Canada, a été récompensée pour avoir utilisé des systèmes de calcul de haute performance afin d'accélérer la lutte contre la COVID-19.
Leur projet intitulé « The Competition of Antiviral Drugs with ATP to Inhibit the SARS-CoV-2 RNA‑dependent RNA Polymerase: A Key to Enhanced Drug Screening » (La compétition entre les médicaments antiviraux et l'ATP pour inhiber l'ARN du SRAS-CoV-2 dépendante de l'ARN polymérase : une clé pour améliorer le dosage des médicaments) entend démontrer un nouveau calcul informatique pour le dosage amélioré des médicaments. Leur approche de dosage concurrentiel permettrait une comparaison directe du comportement d'un médicament afin de mieux comprendre les réactions qui se produiront dans l'organisme.
Les nœuds de calcul de Haswell et de KNL qui seront utilisés dans le cadre du projet proviennent du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada et du Centre de calcul en parallèle de l'organisation UK Research and Innovation. Pour atteindre leurs objectifs de recherche, MM. Gusarov et Stoyanov utiliseront l'outil logiciel libre appelé RISM (Reference Interaction Site Model) pour le calcul de haute performance, qui a été mise au point au CNRC en collaboration avec l'Université de l'Alberta.
Cette collaboration est possible grâce au consortium de calcul de haute performance (CHP) pour lutter contre la COVID-19 (COVID-19 High Performance Computing [HPC] Consortium, en anglais seulement). Ce consortium rassemble les capacités de calcul de certains des ordinateurs les plus puissants et les plus avancés au monde. Le consortium vise à réunir le gouvernement fédéral, l'industrie et les universités afin de donner aux chercheurs les moyens d'accélérer la compréhension du virus de la COVID-19 et la mise au point de traitements et de vaccins pour lutter contre les infections. Les systèmes de calcul de haute performance utilisés permettront aux chercheurs de traiter de grandes quantités de données et de se concentrer sur le coronavirus à l'échelle atomique.
Depuis la formation du consortium, les chercheurs ont élargi leurs travaux en faisant le pont avec les programmes existants du CNRC, plus exactement celui de l'intelligence artificielle au service de la conception et celui des matériaux pour combustibles propres. À présent, leur étude s'est aiguillée dans deux nouvelles directions :
- utiliser l'outil de gestion des risques en calcul informatique de pointe, un outil de source ouverte, pour en apprendre davantage sur la COVID-19;
- élaborer de nouveaux descripteurs fondés sur la chimie quantique pour accélérer le développement de médicaments par l'apprentissage automatique.
Ces nouvelles pistes de recherche tirent parti de la synergie qu'engendre la modélisation à de multiples niveaux. Leurs résultats seront bientôt rendus publics.
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Partenaires
- Université d'Alberta (Anglais seulement)